Геном боюнча ассоциациянын анализи
Workflow
Кызматтын артыкчылыктары
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо жазуулары: GWASда топтолгон тажрыйбасы менен, BMKGene популяциялык GWAS изилдөөсүндө жүздөгөн түр долбоорлорун аяктады, изилдөөчүлөргө 100дөн ашык макалаларды жарыялоого жардам берди, ал эми кумулятивдик импакт фактору 500гө жетти.
● Комплекстүү биоинформатика анализи: иш агымы талапкер гендердин топтомун жана алардын тиешелүү функционалдык аннотациясын жеткирип, SNP-сыпат ассоциациясынын анализин камтыйт.
●Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы жана кыска анализ цикли: өнүккөн геномикалык талдоодо чоң тажрыйбасы бар BMKGeneнин командасы комплекстүү анализдерди тез бүтүрүү убактысы менен берет.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Кызматтын спецификациялары жана талаптары
| Секвенирлөө түрү | Сунушталган калктын масштабы | Секвенирлөө стратегиясы | Нуклеотиддерге талаптар |
| Бүтүндөй геномдун тизилиши | 200 үлгү | 10x | Концентрация: ≥ 1 нг/ µL Жалпы суммасы≥ 30нг Чектелген же жок деградация же булгануу |
| Өзгөчө локустун күчөтүлгөн фрагменти (SLAF) | Тег тереңдиги: 10x Тегдердин саны: < 400 Мб: WGS сунушталат < 1Гб: 100K тэг 1 Гб > 2Гб: 300К тег Макс 500к тэг | Концентрация ≥ 5 нг/мкЛ Жалпы суммасы ≥ 80 нг Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Агароз гели: бузулуу же булгануу жок же чектелген
|
Материал тандоо
Ар кандай сорттор, түрчөлөр, ландрасалар/генбанктар/аралаш үй-бүлөлөр/жапайы ресурстар
Ар кандай сорттор, түрчөлөр, жер кыртыштары
Жарым сибдүү үй-бүлө/толук сибдүү үй-бүлө/жапайы ресурстар
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
- Геном боюнча ассоциациянын анализи: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM модели
- Талапкер гендердин функционалдык аннотациясы
SNP-белги бирикмеси талдоо - Манхэттен участогу
SNP-сыпат бирикмеси талдоо - QQ участогу
BMKGene's de GWAS кызматтары тарабынан сунушталган басылмалардын жыйнагы аркылуу жетишкендиктерди изилдеңиз:
Lv, L. жана башкалар. (2023) "Геномдук ассоциациянын изилдөөсү менен Sinonovacula constricta устарасындагы аммиакка толеранттуулуктун генетикалык негиздерин түшүнүү",Аквакультура, 569, стр. 739351. дои: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Ли, X. жана башкалар. (2022) '398 түлкү тары кошулмаларынын мульти-омикалык талдоолору үй шартында, метаболиттик касиеттери жана сезгенүүгө каршы таасирлери менен байланышкан геномдук аймактарды ачып берет',Молекулярдык өсүмдүк, 15(8), 1367–1383-бб. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. жана башкалар. (2022) 'Genome-Wide Ассоциациясы кургакчылык чөйрөсүндөгү Hulless эптеп фенотиптеринин картасы',Өсүмдүктөр илиминдеги чек аралар, 13, стр. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Чжао, X. жана башкалар. (2021) 'Сульфотрансферазаны коддогон GmST1 соя мозаикасынын вирусунун G2 жана G3 штаммдарына туруктуулукту көрсөтөт',Өсүмдүк, клетка жана айлана-чөйрө, 44(8), 2777–2792-бб. doi: 10.1111/PCE.14066.
