Эволюциялык генетика
Кызматтын артыкчылыктары
Такаги жана башкалар.Өсүмдүк журналы, 2013
●Комплекстүү биоинформатикалык анализ:түрлөрдүн эволюциялык потенциалын чагылдырган генетикалык көп түрдүүлүктү баалоого мүмкүндүк берет жана конвергенттик эволюциянын жана параллелдүү эволюциянын минималдуу таасири менен түрлөрдүн ортосундагы ишенимдүү филогенетикалык байланышты ачып берет.
●Кошумча ылайыкташтырылган талдоо: мисалы, нуклеотиддердин жана аминокислоталардын деңгээлиндеги вариацияларга негизделген дивергенция убактысын жана ылдамдыгын баалоо.
●Кеңири экспертиза жана жарыялоо жазуулары: BMKGene 15 жылдан ашык убакыттан бери миңдеген түрлөрдү камтыган популяциялык жана эволюциялык генетика долбоорлорунда зор тажрыйба топтогон жана башкалар Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal журналында жарыяланган 1000ден ашык жогорку деңгээлдеги долбоорлорго салым кошкон.
● Жогорку квалификациялуу биоинформатика командасы жана кыска анализ цикли: өнүккөн геномикалык талдоодо чоң тажрыйбасы бар BMKGeneнин командасы комплекстүү анализдерди тез бүтүрүү убактысы менен берет.
● Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Кызматтын спецификациялары жана талаптары
| Секвенирлөө түрү | Сунушталган калктын масштабы | Секвенирлөө стратегиясы | Нуклеотиддерге талаптар |
| Бүтүндөй геномдун тизилиши | ≥ 30 индивид, ар бир подгруппадан ≥ 10 адам
| 10x | Концентрация: ≥ 1 нг/ µL Жалпы суммасы≥ 30нг Чектелген же жок деградация же булгануу |
| Өзгөчө локустун күчөтүлгөн фрагменти (SLAF) | Тег тереңдиги: 10x Тегдердин саны: <400 Мб: WGS сунушталат <1Гб: 100К тег 1 Гб >2Гб: 300К тег Макс 500к тэг | Концентрация ≥ 5 нг/мкЛ Жалпы суммасы ≥ 80 нг Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Агароз гели: бузулуу же булгануу жок же чектелген
|
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Кызмат популяциянын структурасын талдоону (филогенетикалык дарак, ПКА, популяциянын стратификация диаграммасы), популяциянын ар түрдүүлүгүн жана популяцияны тандоону (байланыштын тең салмаксыздыгы, пайдалуу жерлерди тандап алуу) камтыйт. Кызмат ошондой эле ылайыкташтырылган анализди камтышы мүмкүн (мисалы, дивергенция убактысы, ген агымы).
*Бул жерде көрсөтүлгөн демо натыйжалары BMKGENE менен жарыяланган геномдордон алынган
1.Эволюция анализи генетикалык вариацияларга негизделген филогенетикалык дарактын, популяциянын структурасын жана PCA курулушун камтыйт.
Филогенетикалык дарак ата-теги жалпы түрлөрдүн ортосундагы таксономиялык жана эволюциялык мамилелерди билдирет.
PCA суб-популяциялардын ортосундагы жакындыкты визуализациялоого багытталган.
Популяциянын структурасы аллель жыштыктары боюнча генетикалык жактан айырмаланган субпопуляциянын болушун көрсөтөт.
Чен, ж.б. ал.,PNAS, 2020
2. Тандалма шыпыруу
Тандалма шыпыруу - бул пайдалуу сайт тандалып алынган жана байланышкан нейтралдуу сайттардын жыштыгы көбөйүп, байланышы жок сайттардын жыштыгы азайып, натыйжада аймактык кыскарган процесс.
Селективдүү тазалоо аймактарында жалпы геномду аныктоо белгилүү бир кадамда (10 Кб) жылма терезенин (100 Кб) ичиндеги бардык SNPлердин популяциясынын генетикалык индексин (π，, Fst, Tajima's D) эсептөө аркылуу иштетилет.
Нуклеотиддердин ар түрдүүлүгү (π）
Тажиманын Д
Фиксация индекси (Fst)
Ву, ж.б. ал.,Молекулярдык өсүмдүк, 2018
3.Gene Flow
Ву, ж.б. ал.,Молекулярдык өсүмдүк, 2018
4. Демографиялык тарых
Чжан ж.б. ал.,Жаратылыш экологиясы жана эволюциясы, 2021
5. Дивергенция убактысы
Чжан ж.б. ал.,Жаратылыш экологиясы жана эволюциясы, 2021
BMKGeneнин эволюциялык генетика кызматтарынын жетишкендиктерин тандалып алынган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз:
Хасаняр, АК жана башкалар. (2023) 'Бүтүндөй геномду кайра секвенирлөө жолу менен Apis cerana cerana личинкаларында Sacbrood вирусуна туруктуулугу менен байланышкан SNP молекулярдык маркерлеринин жана талапкер гендердин ачылышы',Эл аралык молекулярдык илимдер журналы, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Чаи, Ж. (2022) 'Жапайы, генетикалык жактан таза кытай гигант саламандрынын ачылышы жаратылышты сактоонун жаңы мүмкүнчүлүктөрүн жаратат',Зоологиялык изилдөө, 2022, Т. 43, 3-басылышы, Беттер: 469-480, 43(3), 469-480-бб. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Хан, М. жана башкалар. (2022) 'Цинхай-Тибет платосунда жергиликтүү Elymus sibiricus L. филогенеографиялык калыптары жана популяциясынын эволюциясынын тарыхы',Өсүмдүктөр илиминдеги чек аралар, 13, стр. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) "Хромосома деңгээлиндеги геномдук жыйындан Лонган эволюциясына геномдук түшүнүктөр жана Лонган кошулууларынын популяция геномикасы",Багбанчылык изилдөө, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
