Эукариоттук мРНК ырааттуулугу-NGS
Өзгөчөлүктөрү
● китепкана даярдоо алдында поли мРНК басып алуу
● Тиркеме-спецификалык секвенирлөө маалыматтарын алууну иштетүү үчүн кошумча багыттагы mRNA китепканасын даярдоо
● Гендердин экспрессиясынын жана транскриптинин структурасынын биоинформатикалык анализи
Артыкчылыктары
●Extensive Expertise: Биздин команда клетка культуралары, кыртыштар жана дене суюктуктары сыяктуу үлгүлөрдүн ар кандай түрлөрүн камтыган BMKgene 600,000ден ашуун үлгүлөрдү иштетти. Биз ар бир долбоорго бай тажрыйба алып келебиз жана ар кандай изилдөө домендеринде 100 000 mRNA-Seq долбоорлорун ийгиликтүү аяктадык.
●Катуу сапатты көзөмөлдөө: Биз үлгүлөрдү жана китепкананы даярдоодон секвенирлөө жана биоинформатикага чейинки бардык этаптарда негизги контролдук пункттарды ишке ашырабыз. Бул кылдат мониторинг ырааттуу жогорку сапаттагы натыйжаларды берүүнү камсыз кылат, бул сиздин долбоордун ишенимдүү колунда экенине кепилдик берет.
●Комплекстүү аннотация: Дифференциалдык экспрессияланган гендерди (DEGs) функционалдык түрдө аннотациялоо жана тиешелүү байытуу анализдерин жүргүзүү үчүн бир нече маалымат базаларын колдонобуз. Бул комплекстүү мамиле транскриптомдук жооптун негизинде жаткан уюлдук жана молекулярдык процесстерге түшүнүк берет, бул сиздин долбоордун натыйжалары жөнүндө толук маалыматка ээ болушуңузга кепилдик берет.
●Сатуудан кийинки колдоо: Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
Үлгү талаптары жана жеткирүү
| Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат | Сапатты көзөмөлдөө |
| Poly A байытылган | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Гб | Q30≥85% |
Үлгү талаптары:
Нуклеотиддер:
| Конц.(нг/мкл) | Суммасы (мкг) | Тазалык | актык | |
| Стандарттык китепкана | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥4,0; Жаныбарлар үчүн: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; чектелген же негизги бийиктиги жок |
| Багыттык китепкана | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Чектелген же жок белок же ДНК булганышы гелде көрсөтүлгөн. | Өсүмдүктөр үчүн: RIN≥4,0; Жаныбарлар үчүн: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; чектелген же негизги бийиктиги жок |
● Өсүмдүктөр:
Тамыр, сабагы же желекчеси: 450 мг
Жалбырак же үрөн: 300 мг
жемиш: 1,2 г
●Жаныбар:
Жүрөк же ичеги: 300 мг
Viscera же мээ: 240 мг
Булчуң: 450 мг
Сөөк, чач же тери: 1г
● муунак буттуулар:
Курт-кумурскалар: 6г
Crustacea: 300 мг
● Толук кан: 1 түтүк
● Клеткалар: 106 клеткалар
Сунушталган үлгү жеткирүү
Контейнер: 2 мл центрифуга түтүгү (калай фольга сунушталбайт)
Үлгү этикеткалоо: Топ+репликация, мисалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Жөнөтүү:
1. Кургак муз: Үлгүлөрдү баштыктарга салып, кургак музга көмүү керек.
2. РНКнын стол түтүктөрү: РНК үлгүлөрүн РНК стабилдештирүүчү түтүктө (мисалы, RNAstable®) кургатып, бөлмө температурасында жөнөтүүгө болот.
Кызматтын иш агымы
Эксперимент дизайны
Үлгү жеткирүү
РНК экстракциясы
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Биоинформатика
Эукариот mRNA секвенирлөө талдоо иш процесси
Биоинформатика
ØЧийки маалыматтардын сапатын көзөмөлдөө
ØМаалымдама геномунун тегиздөөсү
ØТранскрипт структурасын талдоо
ØЭкспрессиянын квантификациясы
ØДифференциалдык экспрессияны талдоо
ØФункцияга аннотация жана байытуу
Геномду түздөө
Data Saturation
Үлгү корреляциясы жана биологиялык репликаларды баалоо
Дифференциалдык экспрессияланган гендер (DEGs)
DEG функционалдык аннотациялары
DEGs функционалдык байытуу
BMKGeneнин эукариоттук NGS mRNA секвенирлөө кызматтары тарабынан түзүлгөн жетишкендиктерди изилдеңиз.
Хуан, Л. жана башкалар. (2023) 'Триклозан жана триклокарбан жыттарды таанууну чектөө, жыт сезүү сигналынын өтүшүн бузуу жана жыт сезүү маалыматын иштетүүнү бузуу менен алтын балыктын жыт билүү жөндөмүн алсыратат', Суу изилдөө, 233, б. 119736. дой: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus грибокту камтыган фагосомаларды деградацияланбаган жолго багыттоо үчүн адамдын p11ин уурдап алат', Cell Host & Microbe, 31(3), 373-388.e10 б. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Джин, К. жана башкалар. (2022) 'Ма бамбуктун (Dendrocalamus latiflorus Munro) бутактарынын өнүгүшүнө тартылган TCP транскрипция факторлору', Frontiers in Plant Science, 13, б. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Вен, X. жана башкалар. (2022) 'The Chrysanthemum lavandulifolium геному жана ар түрдүү капитул түрлөрүнүн негизинде жаткан молекулярдык механизм', Багбанчылык изилдөөлөрү, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Чжан, Южие жана башкалар. (2023) "синергетикалык ROS көбөйтүү жана autophagy бөгөт коюу аркылуу колоректалдык рак боюнча sonodynamic терапия жогорулатуу үчүн каскаддык nanoreactor", Nano Today, 49, б. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
