BMKMANU S3000_SPATIAL транскриптому
BMKMANU S3000 SPatial транскриптомия техникалык схемасы
Өзгөчөлүктөр
- Токтом: 3.5 μm
- Spot диаметри: 2.5 μm
- Такталардын саны: болжол менен 4 млн
- 3 Мүмкүн болгон тартуу чөйрөсүн форматтайт: 6.8 мм * 6.8 мм, 11 мм * 11 мм же 15 мм * 20 мм
- Ар бир баржанын эки бөлүгүн 4 бөлүмдөн турган праймерлер менен жүктөлөт:
МРНК приминг жана CDNA синтези үчүн POLY (DT) куйругу,
Университеттик аныктагыч (Уми)
• мейкиндик штрих-код
• Жарым-жартылай байлануу ырааттуулугу 1де
- H & E жана Флуоресценттик боолор
- Клетка сегментация технологиясын колдонуу мүмкүнчүлүгү: H & e Staining, Флуоресценттик боёктун интеграциялоосу, ар бир клетканын чек араларын аныктоо жана ар бир клетканын гендигин туура бөлүштүрүү. Клетка идишке негизделген Spatial профилдөө анализин иштеп чыгуу.
- Миллигиналыктарды талдоого жетишүү үчүн: 100UMден 3,5 миллионге чейин ийкемдүү көп деңгээлдүү анализ оптималдуу чечимде ар түрдүү ткандарды чечүү үчүн 3,5 миллионга чейин.
BMKMANU S3000 артыкчылыктары
-Басып алуу тактарын 4 миллионго чейин эки эсеге көбөйтүү: Бир клетка үчүн 3,5 UM жана UMI аныктоо боюнча 3,5 умдуу чечим чыгарат. Натыйжада, ткандардын түзүлүшүнө дал келген эң майда-чүйдөсүнө чейин, бул транскрипцияланган профилдерге негизделген клеткалардын жакшырышына алып келет.
- суб-уюлдук резолюция:Ар бир тартуу чөйрөсү, диаметри 2,5 метр аралыкта жайгашкан 2 миллион мейкиндикке салынуучу жай жана спатикалык транскриптомдун ортосундагы 5 мамдын аралыгында 5 мам.
-Көп деңгээлдеги чечилиш талдоосу:Ийкемдүү көп деңгээлдүү анализ оптималдуу резолюцияда ар түрдүү ткандарды чечүү үчүн 100 метрден 5 метрге чейин.
-"Үч слайдда" клеткадагы үч сегментация технологиясын колдонуу мүмкүнчүлүгү:Флуоресценттиктик боолорду, H & E-кашекти жана РНК менен бир слайддагы ырааттуулук менен, "Үч-бүлөлүк" талдоо, алгоритм алгоритм алгоритми андан кийинки клетка негизделген транскриптомтор үчүн клетка чектерин идентификациялоого күч берет.
-Бир нече статистикалык платформалар менен шайкеш келетМЕНЕН ЭЛДЕРИ ЭГИГИ ЭГИГИ ЖАНА УКУКТУУ ОКУУГОН СЕЗГЕНДЕР.
-Ийкемдүү дизайны 1-8 жигердүү алуу аянты: Колго түшүрүлгөн аймактын көлөмү ийкемдүү, 3 форматты колдонууга болот (6.8 мм * 6.8 мм, 11 мм * 11 мм жана 15 мм * 20 мм)
-Бир-бирдиктүү кызмат: Бардык тажрыйбаларды жана чеберчиликтин бардык кадамдарын, анын ичинде Croo-section аттуу кадамдарын, ботко, ткандарды оптималдаштыруу, мейкиндикке баркодинг, китепкананы даярдоо, ырааттуулугу жана биоинформатика.
-Ар тараптуу биоинформатика жана натыйжаларды колдонуучуга ылайыкташтырылган визуализациялоо:Пакетке 29 талдоо жана 100+ сапаттуу маалыматтарды камтыйт, клетканы элестетүү жана жай бөлүштүрүү жана жайылтуу үчүн, майдын иштелип чыккан программасы менен биргеликте бириктирилген.
-Ыңгайлаштырылган маалыматтарды талдоо жана визуализация: Ар кандай изилдөө сурамдары үчүн жеткиликтүү
-Жогорку квалификациялуу техникалык команда: 250дөн ашуун ткандардын арасында жана 100+ түрүндө, анын ичинде адам, чычкан, сүт эмүүчүлөр, балык жана өсүмдүктөр.
-Толук убакыттагы жаңыртуулар бүтүндөй долбоор боюнчаЭксперименталдык прогрессти толук көзөмөлдөө менен.
-Бир клетка MRNA SEQUENCING менен милдеттүү анализ
Кызмат мүнөздөмөлөрү
| Үлгү талаптары | Китепкана | Сезүү стратегия | Берилген маалыматтар | Сапатты көзөмөлдөө |
| Oct-chested Cryo үлгүлөрү (Оптималдуу диаметри: болжол менен. 6 × 6 × 6 mm³) Ар бир үлгү үчүн 2 блок 1 эксперимент үчүн, 1 Камдык көчүрмө үчүн | S3000 CDNA китепканасы | Illumina pe150 | 160K pe 100υм (250 ГБ) окуйт | Рин> 7 |
Үлгүлүү даярдоо боюнча жетекчилик жана тейлөө иштери боюнча көбүрөөк маалымат алуу үчүнBMKGENE EXPER
Кызматтын агымы
Үлгүлүү даярдоо фазасында, жогорку сапаттагы РНКны алуу үчүн баштапкы RNA экстракциялоо сыноосу жүргүзүлөт. Ткань оптимизация этегинде бөлүмдөр булгалап, элестетилген жана элестетилген жана мырзанын жарашыктуу шарттары, кыртыштан бошотулат. Андан кийин оптималдаштырылган протокол китепкананын курулушунда колдонулат, андан кийин ырааттуулук жана маалыматтарды талдоо жүргүзөт.
Толук кызматтын толук иштеши, реалдуу убакыт режиминде жаңыртууларды жана кардарларды керектүү жооптук укуругун жүргүзүү үчүн, долбоордук-көргөзмө кургактыгын камсыз кылуу үчүн тастыктоо кирет.
BMKMANU S3000 тарабынан түзүлгөн маалыматтар "BSTMTRIX" программалык камсыздоосун колдонуп, клетка деңгээлин түзүп, көп клеткалык деңгээлде жана көп-маданият ген матрицасы. Ал жерден стандарттык отчет маалыматынын сапатын контролдоо, ички үлгү талдоо жана топтук талдоо кирет.
- Маалыматтардын сапатын контролдоо:
- маалыматтарды чыгаруу жана сапаттуу упай бөлүштүрүү
- бир жерди генди аныктоо
- Ткань чагылдыруусу
- Inner-Sample анализи:
- Джин Байт
- спот кластер, анын ичинде өлчөмдү азайтылган өлчөмдү талдоо
- кластерлердин ортосундагы дифференциалдык талдоо: Маркер гендерин аныктоо
- маркер генинин функционалдык аннотациясы жана байытуу
Топтардык анализ
- эки үлгүлөрдөн (мисалы,. Оорулуу жана контролдоо жана контролдоо) тактарды кайра айкалыштыруу
- ар бир кластер үчүн маркер гендерин идентификациялоо
- маркер генинин функционалдык аннотациясы жана байытуу
- топтордун ортосундагы бир эле кластердин дифференциалдык көрүнүшү
Андан тышкары, BMKGENE "BSTVIEWER" иштеп чыккан "BSTVIEWER" - бул колдонуучуга гендин сөздүгү жана спастрингди ар кандай токтомдордо элестеткен колдонуучусу.
БМКЖИНА бир клетка резолюциясында мейкиндиктин профилдөө кызматтарын сунуштайт (клетка бин же көпөлөңдүк чарчы челегин 100 сандан 3.5UM).
S3000 слайддагы кыртыш бөлүмдөрүндөгү мейкиндик профилдөө маалыматтары төмөндөдү.
1-ИЗИЛДӨӨ 1: Чычкан мээ
S3000 менен чычкан мээ бөлүмүн талдоо ~ 94 000 камераны идентификациялоого алып келген, бир клетка үчүн ~ 2000 гендин медианасы менен. 3,5 амбанын өркүндөтүлгөн токтому транскрипциялануучу схемалардын негизинде клеткалардын клеткаларынын кластери, мээ дивектордуу түзүлүштөрүн басаңдатуучу клетка кластери менен шартталган. Бул клеткалардын бөлүштүрүлүшүн элигендрондуктар жана микроглиция клеткаларына жайылтуучу клеткалардын бөлүштүрүлүшүн элестетүү менен, тиешелүүлүгүнө жараша, тиешелүүлүгүнө жараша, тиешелүүлүгүнө жараша болот.
2-сабак 2: чычкан эмбрион
S3000 менен чычкан эмбриодук бөлүмүн талдоо ~ 2200 000 клетканын идентификациясын, клеткада ~ 1600 гендин медианасы бар, бир клетка үчүн. 3,5 UM токтомунун өркүндөтүлгөн токтому транскрипциялануу формасына негизделген клеткалардын клеткаларынын кеңири таралышына, көздүн аянтынын аянтындагы 12 кластер жана мээ жаатында 28 кластер.
Inner-Sample талдоо клетканын клеткасы:
Маркер гендерин идентификациялоо жана мейкиндик бөлүштүрүү:
- суб-уюлдук резолюция: S1000 слайдына салыштырмалуу S3000 S3000 сириялуу аянты 4 миллион мейкиндикке баруу аянты, диаметри 2,5 м / метр аралыкка штрихтердин ортосунда 3,5 м / м (Акучу бин: 3.5 μm).
- жогорку тартууну жогорулатуу: S1000 слайдына салыштырмалуу, медианалык_уми 30% дан 70% га чейин көбөйүп, 30% дан 60% га чейин көбөйүү
S1000 схемасы:
S3000 схемасы:
