BMKMANU S1000 мейкиндик транскриптому
BMKMANU S1000 мейкиндик транскриптомунун техникалык схемасы
Өзгөчөлүктөрү
● Чечимдүүлүк: 5 μM
● Так диаметри: 2,5 μM
● Тактардын саны: болжол менен 2 миллион
● Тартуу аймагынын 3 мүмкүн болгон форматтары: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм же 15 мм * 20 мм
● Ар бир штрихкод мончок 4 бөлүмдөн турган праймерлер менен жүктөлөт:
поли(дТ) мРНКны даярдоо жана кДНК синтези үчүн куйрук
Уникалдуу молекулярдык идентификатор (UMI) күчөтүү жагын оңдоо
Мейкиндик штрих-код
Жарым-жартылай окуу 1 секвенирлөөчү праймердин байлоо ырааттуулугу
● H&E жана бөлүмдөрдүн флуоресценттик боёосу
● Колдонуу мүмкүнчүлүгүклетка сегментациялоо технологиясы: ар бир клетканын чектерин аныктоо жана ар бир клеткага ген экспрессиясын туура ыйгаруу үчүн H&E боёо, флуоресценттик боёо жана РНК секвенирлөө интеграциясы.
BMKMANU S1000 артыкчылыктары
●Sub-cellular Resolution: Ар бир тартуу аймагы 2 миллиондон ашык мейкиндик штрих-коддуу тактарды камтыган, диаметри 2,5 мкм жана так борборлорунун ортосундагы 5 мкм аралыкта, суб-клеткалык резолюция (5 мкм) менен мейкиндик транскриптомуна анализ жүргүзүүгө мүмкүндүк берет.
●Көп деңгээлдүү чечим анализи:Оптималдуу чечимде ар түрдүү кыртыш өзгөчөлүктөрүн чечүү үчүн 100 мкмден 5 мкмге чейинки ийкемдүү көп деңгээлдүү талдоо.
●“Бир слайдда үчөө” клетка сегментациялоо технологиясын колдонуу мүмкүнчүлүгү:Флуоресценттик боёону, H&E боёгун жана РНКнын секвенирлөөсүн бир слайдда айкалыштыруу менен, биздин "үчөө биринде" анализ алгоритмибиз кийинки клетканын негизиндеги транскриптомика үчүн клетканын чектерин аныктоого мүмкүнчүлүк берет.
●Бир нече иреттөө платформалары менен шайкеш келет: NGS жана узак окуу ырааттуулугу жеткиликтүү.
●1-8 активдүү басып алуу аймагынын ийкемдүү дизайны: Тартуу аймагынын өлчөмү ийкемдүү, 3 форматты колдонууга мүмкүн (6,8 мм * 6,8 мм., 11 мм * 11 мм жана 15 мм * 20 мм)
●Бир терезе кызматы: Ал бардык тажрыйбаны жана чеберчиликке негизделген кадамдарды, анын ичинде крио-сеекциялоо, боёо, кыртыштарды оптималдаштыруу, мейкиндик штрих коддоо, китепкананы даярдоо, секвенирлөө жана биоинформатиканы камтыйт.
●Комплекстүү биоинформатика жана натыйжалардын колдонуучуга ыңгайлуу визуализациясы:пакетте 29 анализ жана 100+ жогорку сапаттагы фигуралар камтылган, алар клетканын бөлүнүшүн жана спот кластерлерин визуалдаштыруу жана ыңгайлаштыруу үчүн ички иштелип чыккан программалык камсыздоону колдонуу менен айкалышкан.
●Ыңгайлаштырылган маалыматтарды талдоо жана визуалдаштыруу: ар кандай изилдөө суроо-талаптары үчүн жеткиликтүү
●Жогорку квалификациялуу техникалык команда: адам, чычкан, сүт эмүүчү, балык жана өсүмдүктөр, анын ичинде 250 кыртыш түрлөрү жана 100+ түрлөрү боюнча тажрыйбасы бар.
●Бүткүл долбоор боюнча реалдуу убакытта жаңыртуулар: эксперименталдык прогресске толук контролдук кылуу менен.
●Бир клеткалуу mRNA ырааттуулугу менен кошумча биргелешкен анализ
Кызмат спецификациялары
|
Үлгү Талаптар
| Китепкана |
Секвенирлөө стратегиясы
| Берилиштер сунушталат | Сапатты көзөмөлдөө |
| OCT камтылган крио үлгүлөрү, ар бир үлгүгө 3 блок | S1000 cDNA китепканасы | Illumina PE150 (башка платформалар жеткиликтүү) | 100 uM үчүн 100K PE окуйт (60-150 Гб) | RIN>7 |
Үлгү даярдоо боюнча көрсөтмөлөр жана кызматтын иш процесси боюнча кененирээк маалымат алуу үчүн аBMKGENE эксперти
Кызматтын иш агымы
Үлгү даярдоо фазасында жогорку сапаттагы РНКны алууну камсыз кылуу үчүн РНКны алгачкы массалык экстракциялоо сыноосу жүргүзүлөт. Кыртыштарды оптималдаштыруу стадиясында бөлүмдөр боёлот жана визуализацияланат жана кыртыштан мРНКны чыгаруу үчүн өткөрүмдүүлүк шарттары оптималдаштырылат. Андан кийин оптималдаштырылган протокол китепкананы курууда колдонулат, андан кийин секвенирлөө жана маалыматтарды талдоо.
Толук тейлөө иш процесси долбоордун жылмакай аткарылышын камсыз кылуу үчүн жооп кайтаруу циклин колдоо үчүн реалдуу убакытта жаңыртууларды жана кардар ырастоолорун камтыйт.
BMKMANU S1000 тарабынан түзүлгөн маалыматтар BMKGENE тарабынан өз алдынча иштелип чыккан "BSTMatrix" программалык камсыздоосу аркылуу анализденип, Ген экспрессия матрицасын жаратат. Ал жерден стандарттык отчет түзүлөт, ал маалыматтардын сапатын контролдоону, ички үлгүдөгү анализди жана топтор аралык анализди камтыйт.
● Маалыматтын сапатын көзөмөлдөө:
Маалыматтарды чыгаруу жана сапат упайларын бөлүштүрүү
Ар бир генди аныктоо
Тканы жабуу
● Ички үлгүдөгү анализ:
Ген байлыгы
Spot кластерлөө, анын ичинде кыскартылган өлчөм талдоо
Кластерлердин ортосундагы дифференциалдык экспрессия анализи: маркер гендерин аныктоо
Функционалдык аннотация жана маркер гендерин байытуу
● Топтор аралык талдоо:
Эки үлгүдөгү тактардын кайра айкалышы (мисалы, оорулуу жана контролдоо) жана кайра кластер
Ар бир кластер үчүн маркер гендерин аныктоо
Функционалдык аннотация жана маркер гендерин байытуу
Топтор арасында бирдей кластердин дифференциалдык туюнтмасы
Кошумча, BMKGENE иштелип чыккан "BSTViewer" колдонуучуга гендин экспрессиясын жана ар кандай резолюцияларда спот кластерлерин визуалдаштырууга мүмкүндүк берген колдонуучуга ыңгайлуу курал.
BMKGene колдонуучуга ыңгайлуу визуализация үчүн программалык камсыздоону иштеп чыккан
BSTViewer спот кластерлерин көп деңгээлдүү чечүүдө
BSTCellViewer: автоматтык жана кол менен клетка бөлүү
Ички үлгү анализи
Spot кластерлөө:
Маркердик гендерди идентификациялоо жана мейкиндикте бөлүштүрүү:
Топтор аралык талдоо
Эки топтун жана кайра кластердин маалымат айкалышы:
Жаңы кластерлердин маркер гендери:
Бул өзгөчөлөнгөн басылмада BMKManu S1000 технологиясы менен BMKGeneнин мейкиндик транскриптомикалык кызматтарынын жетишкендиктерин изилдеңиз:
Сонг, X. жана башкалар. (2023) "Мейкиндиктик транскриптомика помидор каллусундагы бүчүрлөрдүн регенерациясын илгерилетүү үчүн катышкан жарык менен индукцияланган хлоренхималык клеткаларды ачып берет",Америка Кошмо Штаттарынын Улуттук илимдер академиясынын эмгектери, 120(38), б. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Сиз, Y. жана башкалар. (2023) 'Секвенацияга негизделген мейкиндик транскриптомиялык методдорду системалуу салыштыруу',bioRxiv, б. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
