De novo Бактериялык Геном Ассамблеясы
Биз 0 боштуктарды кепилденген толук бактериялык геномду чогултуу кызматын көрсөтөбүз. Бул монтаждоо үчүн Nanopore жана PacBio сыяктуу көпкө окулуучу секвенирлөө технологияларын интеграциялоо жана монтажды валидациялоо жана ONT окууларынын каталарын оңдоо үчүн Illumina менен кыска окуу секвенирлөө аркылуу мүмкүн болот. Биздин кызмат конкреттүү изилдөө максаттарын аткаруу менен чогултуу, функционалдык аннотация жана өркүндөтүлгөн биоинформатикалык анализден толук биоинформатикалык иш агымын камсыз кылат. Бул кызмат ар кандай генетикалык жана геномдук изилдөөлөр үчүн так шилтеме геномдорду иштеп чыгууга мүмкүндүк берет. Кошумчалай кетсек, ал штаммдарды оптималдаштыруу, гендик инженерия жана микробдук технологияларды өнүктүрүү сыяктуу колдонмолор үчүн негиз болуп, илимий түшүнүктөрдү жана биотехнологиялык инновацияларды өркүндөтүү үчүн маанилүү ишенимдүү жана боштуксуз геномдук маалыматтарды камсыз кылат.
Кызмат өзгөчөлүктөрү
● Геномдун толуктугунун каалаган даражасына жараша тандоо үчүн эки мүмкүн болгон вариант менен.
● Долбоор Геном опциясы: Illumina NovaSeq PE150 менен кыска окуу секвенирлөө.
● Толук 0 боштук геному.
● геномду чогултуу үчүн Nanopore PromethION 48 же PacBio Revio боюнча узак окуу секвенциясы.
● Геномду валидациялоо жана каталарды оңдоо (Nanopore) же геномдун долбоорун түзүү үчүн Illumina NovaSeq боюнча кыска окуу секвенциясы.
Кызматтын артыкчылыктары
●Нөл аралык геном гарантияланган: Бул узак окуу секвенирлөө (Nanopore же PacBio) менен Illumina секвенирлөө интеграциясына байланыштуу.
●Толук биоинформатика иш процесси:Бул геномду чогултууну жана бир нече геномдук элементтерди болжолдоону, гендин функционалдык аннотациясын жана Circos сюжети сыяктуу геномдун визуализациясын камтыйт.
●Extensive Expertise: 20 000ден ашуун микробдук геномду чогулткан BMKGENE он жылдык тажрыйбаны, жогорку квалификациялуу анализ тобун, ар тараптуу мазмунду жана сатуудан кийинки эң сонун колдоону алып келет.
●Сатуудан кийинки колдоо:Биздин милдеттенмебиз 3 айлык сатуудан кийинки тейлөө мөөнөтү менен долбоордун аяктоосунан ашат. Бул убакыттын ичинде биз натыйжаларга байланыштуу суроолорду чечүү үчүн долбоордун артынан, көйгөйлөрдү аныктоо боюнча жардамды жана суроо-жооп сессияларын сунуштайбыз.
●Бир нече иреттөө стратегиялары жеткиликтүү:Ар кандай изилдөө максаттары жана геномдун толуктугунун талаптары үчүн.
Кызмат спецификациялары
| Кызмат | Секвенирлөө стратегиясы |
| Геном долбоору | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (милдеттүү эмес) |
Үлгү талаптары:
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы суммасы (мкг) | Көлөмү (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Бактериялар: ≥3,5x1010 клеткалар
Кызматтын иш агымы
Үлгү жеткирүү
Китепкананын курулушу
Секвенциялоо
Маалыматтарды талдоо
Сатуудан кийинки кызматтар
Төмөнкү анализди камтыйт:
● Берилиштердин сапатын көзөмөлдөө
● Геном ассамблеясы
● Геном компонентинин анализи: CDS жана бир нече геномдук элементтерди болжолдоо
● Бир нече жалпы маалымат базалары (GO, KEGG ж.б.) жана өркүндөтүлгөн маалымат базалары (CARD, VFDB ж.б.) менен функционалдык аннотация
● Геномдун визуализациясы
Биз геномду оңой жеткиликтүү фаста форматында жана геномдун аннотация файлын (gff) беребиз.
Ген аннотациясы – GO
Ген аннотациясы – CAZY углеводдор
Геномдун визуализациясы - Circos сюжети
BMKGeneнин бактериялык геномду чогултуу кызматтары тарабынан жасалган жетишкендиктерди тандалып алынган басылмалар жыйнагы аркылуу изилдеңиз.
Дай, В. (2023) 'Адамдын дени сак ичегинин жаралуу колитин дарылоо үчүн коопсуз жана жаңы пробиотикалык бактерия катары Bacteroides uniformis F18-22 ачылышы',Молекулярдык илимдердин эл аралык журналы, 24(19), б. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Канг, Q. жана башкалар. (2021) "Кытайдагы жапайы жаныбарлардан blaOXA-1 жана blaNDM-1 алып жүрүүчү көп дарыга туруктуу Proteus mirabilis изоляциялары: коомдук ден соолук коркунучун жогорулатуу",Интегралдык зоология, 16(6), 798–809-бб. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Bacillus flexus KLBMP 4941 эндофитинин толук геномдук ырааттуулугу анын өсүмдүктөрдүн өсүшүн илгерилетүү механизмин жана тузга толеранттуулуктун генетикалык негизин ачып берет',Биотехнология журналы, 260, 38–41-бб. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Ван, X. жана башкалар. (2021) "Клебсиелла бир нече репликондук резистенттик плазмиддери микробго каршы гендердин кеңири жайылышына ортомчулук кылат",Микробиологиядагы чек аралар, 12, стр. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
