10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Техникалык схема
Өзгөчөлүктөрү
● Чечимдүүлүк: 100 μM
● Так диаметри: 55 мкм
● Тактардын саны: 4992
● Тартуу аянты: 6,5 x 6,5 мм
● Ар бир штрих-коддуу жер 4 бөлүмдөн турган праймерлер менен жүктөлөт:
- мРНКны даярдоо жана кДНК синтези үчүн поли(dT) куйругу
- Уникалдуу молекулярдык идентификатор (UMI) күчөтүү жагын оңдоо
- Мейкиндик штрих-код
- Жарым-жартылай окуу 1 секвенирлөөчү праймердин байлоо ырааттуулугу
● бөлүмдөрдүн H&E боёгу
Артыкчылыктары
●Бир терезе кызматы: бардык тажрыйбаны жана чеберчиликке негизделген кадамдарды, анын ичинде крио-сеекциялоо, боёо, кыртыштарды оптималдаштыруу, мейкиндик штрих коддоо, китепкананы даярдоо, секвенирлөө жана биоинформатиканы бириктирет.
● Жогорку квалификациялуу Техникалык Команда: адам, чычкан, сүт эмүүчү, балык жана өсүмдүктөр, анын ичинде 250 кыртыш түрлөрү жана 100+ түрлөрү боюнча тажрыйбасы бар.
●Бүткүл долбоор боюнча реалдуу убакытта жаңыртуу: эксперименталдык прогрессти толук контролдоо менен.
●Комплекстүү стандарттуу биоинформатика:пакет 29 анализ жана 100+ жогорку сапаттагы сандарды камтыйт.
●Ыңгайлаштырылган маалыматтарды талдоо жана визуалдаштыруу: ар кандай изилдөө суроо-талаптары үчүн жеткиликтүү.
●Бир клеткалуу mRNA ырааттуулугу менен кошумча биргелешкен анализ
Техникалык шарттар
| Үлгү талаптары | Китепкана | Секвенирлөө стратегиясы | Берилиштер сунушталат | Сапатты көзөмөлдөө |
| OCT орнотулган крио үлгүлөрү (Оптималдуу диаметри: болжол менен 6x6x6 мм³) Ар бир үлгү үчүн 2 блок | 10X Visium cDNA китепканасы | Illumina PE150 | Ар бир жерге 50K PE окуйт ( 60 Гб ) | RIN > 7 |
Үлгү даярдоо боюнча көрсөтмөлөр жана кызматтын иш процесси боюнча кененирээк маалымат алуу үчүн аBMKGENE эксперти
Кызматтын иш процесси
Үлгү даярдоо фазасында жогорку сапаттагы РНКны алууну камсыз кылуу үчүн РНКны чыгаруунун баштапкы сыналышы жүргүзүлөт. Кыртыштарды оптималдаштыруу стадиясында бөлүмдөр боёлот жана визуализацияланат жана кыртыштан mRNA чыгаруу үчүн пермеабилизациялык шарттар оптималдаштырылат. Андан кийин оптималдаштырылган протокол китепкананы курууда колдонулат, андан кийин секвенирлөө жана маалыматтарды талдоо.
Толук тейлөө иш процесси долбоордун жылмакай аткарылышын камсыз кылуу үчүн жооп кайтаруу циклин колдоо үчүн реалдуу убакытта жаңыртууларды жана кардар ырастоолорун камтыйт.
Төмөнкү анализди камтыйт:
Маалыматтын сапатын көзөмөлдөө:
o Маалыматтарды чыгаруу жана сапат баллын бөлүштүрүү
o Ар бир генди аныктоо
o Ткандарды жабуу
Ички үлгү анализи:
o Ген байлыгы
o Spot кластерлөө, анын ичинде кыскартылган өлчөм талдоо
o Кластерлердин ортосундагы дифференциалдык экспрессия анализи: маркер гендерин идентификациялоо
o Функционалдык аннотация жана маркер гендерин байытуу
Топтор аралык талдоо
o Эки үлгүдөгү тактарды кайра айкалыштыруу (мисалы, оорулуу жана контролдоо) жана кайра кластер
o Ар бир кластер үчүн маркер гендерин аныктоо
o Функционалдык аннотация жана маркер гендерин байытуу
o Топтор арасында бирдей кластердин дифференциалдык экспрессиясы
Ички үлгү анализи
Spot кластерлөө
Маркер гендерди аныктоо жана мейкиндикте бөлүштүрүү
Топтор аралык талдоо
Эки топтун жана кайра кластердин маалыматтарынын айкалышы
Жаңы кластерлердин маркер гендери
Бул өзгөчөлөнгөн басылмаларда BMKGeneнин мейкиндик транскриптомикалык кызматы тарабынан 10X Visium тарабынан камсыздалган жетишкендиктерди изилдеңиз:
Чен, Д. жана башкалар. (2023) 'mthl1, сүт эмүүчүлөрдүн адгезиясынын GPCRs потенциалдуу Drosophila гомологу, чымындардын инъекцияланган онкогендик клеткаларына шишикке каршы реакцияларга катышат',Америка Кошмо Штаттарынын Улуттук илимдер академиясынын эмгектери, 120(30), б. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Чен, Y. жана башкалар. (2023) "STEEL мейкиндик-убакыттык транскриптомиялык маалыматтардын жогорку чечмелдигин аныктоого мүмкүндүк берет",Биоинформатика боюнча брифингдер, 24(2), 1–10-бб. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. жана башкалар. (2022) "Орхидея гүлдөрүнүн өнүгүүсүндөгү органогенездин мейкиндик-убакыттык атласы",Нуклеиндик кислоталарды изилдөө, 50(17), 9724–9737-бб. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Мекендик транскриптомикалык жана бир ядролуу РНК ырааттуулугун интеграциялоо жатын лейомиомасынын потенциалдуу терапиялык стратегияларын ачып берет',Биологиялык илимдердин эл аралык журналы, 19(8), 2515–2530-бб. doi: 10.7150/IJBS.83510.
