Rêzkirina bisulfîtê ya tevahî genom (WGBS)
Tevahiya Genom Bisulfite Sequencing (WGBS) wekî rêbazek zêr-standard ji bo vekolîna kûr a metilasyona ADN-ê, nemaze pozîsyona pêncemîn di cytosine (5-mC), rêgezek bingehîn a vegotina genê û çalakiya hucreyî de radiweste. Prensîba bingehîn a WGBS tedawiya bisulfîtê vedihewîne, veguheztina sîtosînên nemetîlîkirî ji bo uracil (C ber U) vedigire, di heman demê de sîtosînên methylated neguhezîne. Vê teknîkî çareseriya yek-bingehek pêşkêşî dike, ku rê dide lêkolîneran ku bi berfirehî li metîlomê lêkolîn bikin û şêwazên metîlasyonê yên nenormal ên ku bi şert û mercên cihêreng ve girêdayî ne, bi taybetî kanserê veşêrin. Bi karanîna WGBS, zanyar dikarin di derheqê perestgehên metilasyonê yên li seranserê genomê de têgihiştinên bêhempa bi dest bixin, ku têgihiştinek nuwaze ya mekanîzmayên epigenetîk ên ku di bin pêvajo û nexweşiyên biyolojîkî yên cihêreng de ne peyda dikin.
Taybetmendiyên Xizmetê
● Pêdiviya genomek referansê heye.
● ADN-ya Lambda tê zêdekirin da ku karbidestiya veguherîna bisulfitê bişopîne.
● Rêzkirin li ser Illumina NovaSeq.
Avantajên Service
●Standard Zêrîn ji bo Lêkolîna Methylation DNA: Ev teknolojiya pêvajoyek veguheztina methylasyonê ya gihîştî xwedan rastbûna bilind û nûvekirina baş e.
●Vegirtina Berfireh û Çareserkirina Yek-bingeh:tespîtkirina cihên metilasyonê di asta genomê de.
●Platforma Temam:Ji hilberandina nimûneyê, avakirina pirtûkxaneyê, rêzgirtinê heya analîza biyoinformatics karûbarê hêja yek-stop peyda dikin.
●Pisporê Berfireh: digel projeyên rêzgirtinê yên WGBS ku di nav cûrbecûr cûrbecûr de bi serfirazî hatine qedandin, BMKGENE zêdetirî deh salan ezmûnek, tîmek analîzek pir jêhatî, naverokek berfereh, û piştevaniya post-firotanê ya hêja tîne.
●Ihtîmala Tevlêbûn bi Analîza Transcriptomics: rê dide analîza yekbûyî ya WGBS bi daneyên omîk ên din ên wekî RNA-seq.
Specifications Sample
| Pirtûkxane | Stratejiya Sequencing | Hilberîna daneya pêşniyarkirî | Kontrola kalîteyê |
| Bisulfite tê dermankirin | Illumina PE150 | 30x kûr | Q30 ≥ 85% Veguherîna bisulfite > 99% |
Sample Requirements
| Konsantrekirin (ng/µL) | Hejmara tevahî (μg) | Pêdiviyên Additional | |
| Genomîk DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Xerabûn an pîsbûna sînorkirî |
Xizmeta Kar Herikîna
Sample delivery
derxistina DNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Radestkirina daneyan
Di nav de analîzên jêrîn hene:
● Kontrola kalîteyê ya rêzika xav;
● Nexşeya referansa genomê;
● Tespîtkirina bingehên methylated 5mC;
● Analîzkirina belavkirina methylation û annotation;
● Analîzkirina Herêmên Methylated Differentially (DMRs);
● Şîrovekirina fonksiyonel a genên ku bi DMR-an ve girêdayî ne.
Tespîtkirina methylasyonê ya 5mC: celebên malperên metîlî
Nexşeya Methylation. Belavbûna genomê ya 5 mC ya metilasyonê
Annotation of herêmên pir methylated
Herêmên Methylated Ciyawaz: Genên têkildar
Herêmên Cûda Methylated: Annotation of genên têkildar (Ontolojiya Gene)
Pêşveçûnên lêkolînê yên ku ji hêla tevahiya karûbarên rêzgirtina bisulfitê ya genomê ya BMKGene ve bi navgîniya berhevokek belavokan ve hatî hêsan kirin, bigerin.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analîzkirina profîlên methylasyonê yên DNA'yê di dema pêşkeftina masûlkeyên skeletal ên pez de bi karanîna rêzgirtina bisulfitê ya tev-jenom',BMC Genomics, 21 (1), rûp 1–15. doi: 10.1186 / S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Di karkerên ku ji klorîdê vinyl re rû bi rû ne de kêşeyên nûjen ên metilasyona asîda deoksîrîbonukleîk',Toksîkolojî û Tenduristiya Pîşesazî, 38(7), rûpel 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Têkiliyên di navbera methylasyona genomê de, astên RNA-yên ne-kodker, mRNA û metabolîtan di fêkiyên tomatoyê de digihêjin',Rojnameya Plant, 103 (3), rûpel 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
