Sequencareserkirina parçeya taybetî-ampûlkirî (SLAF-SEQ)
Xebata xebatê
Pêveka Teknîkî
Taybetmendiyên karûbar
● Sequencing li ser Novaseq bi PE150.
● Amadekirina pirtûkxaneyê bi barcooding dubare, pêkanîna darizandina zêdetirî 1000 nimûneyan.
● Ev teknîkî dikare bi genimek referansê re were bikar anîn, bi bîhnek bioinformatic cûda ji bo her rewşê:
Bi Genoma Reference: Snp û Indel Discovery
Bêyî Genoma Reference: Kifşkirina Kişandina Snp
● Dili SilicoQonaxa pêş-sêwirana pirjimar Pirrjimar Pirrjimar
● Di dema pêşangehê de, sê kombînasyona enzîmê di 3 nimûneyan de têne ceribandin da ku 9 pirtûkxaneyên slafan hilberînin, û ev agahdarî ji bo hilbijartina çalakiya izîmê ya izîmê ji bo projeyê ye.
Karûbarên karûbar
●Kifşkirina nîşana genetîkî ya bilind: Yekkirina pergala barcode ya duwemîn a bi hevdemî destûrê dide hevdemî, û amûrên taybetî-taybetî karbidestan zêde dike, piştrastkirina hejmarên tagê bi daxwazên cihêreng ên pirsên cihêreng.
● Girêdana kêm li ser genomê: Ew dikare bi celebên bi celeb an bêyî genimek referansê were sepandin.
●Sêwirana nexşeya maqûl: Single-Enzyme, Dual-Enzyme, Multi-Enzyme Ewli SilicoPêş-sêwiranê tête çêkirin ku sêwirana enzyme ya çêtirîn piştrast bike.
● Di pîvandina enzymatic de karbidestiya bilind: Girtina anli SilicoPêşîn sêwirandin û ezmûnek ji bo sêwirana çêtirîn ku bi belavkirina slaf re têkildar in, tagên slaf li ser kromozome (1 slaf tag / 4kb) û rêzika dubare kêm kirin (<5%).
●Pisporiya berfireh: Tîmê me ji her projeyê re gelek proje, bi tomara transportê ve girtina 5000 projeyên slaf li ser sedan celeb, tevî nebatan, mammals, çûk, û organîzmayên avî.
● Xebatek Bioinformatic-ya xwe-pêşkeftî: Bmkgene ji bo slaf-seq xebatek bioinformatic pêşve xist da ku pêbawer û rastiya hilberîna dawîn bicîh bîne.
Taybetmendiyên karûbar
| Type of Analysis | Pîvana nifûsa pêşniyar kirin | Stratejiya Sequencing | |
| Kûrahiya nîşana tagê | Hejmara Tag | ||
| Nexşeyên genetîkî | 2 dêûbav û> 150 kursiyan | Dêûbav: 20x WGS Offsping: 10x | Mezinahiya Genome: <400 MB: WGS tê pêşniyar kirin <1 GB: 100k Tags 1-2GB :: 200k Tags > 2 GB: 300k Tags Max 500k Tags |
| Xebatên Komeleya Genome-Wide (GWAS) | ≥200 nimûneyên | 10x | |
| Pêşketina genetîkî | ≥30 nimûneyên, bi> 10 nimûneyên ji her subgroup | 10x | |
Pêdiviyên karûbarê
Hêjmar ≥ 5 ng / μl
Mîqdara tevahî 80 ng
Nanodrop od260 / 280 = 1.6-2.5
Agarose Gel: NO an DEGRADATION OR LIMITED
Delivery Nimûneya Pêşniyar
Konteynir: 2 ml centrifuge tub
(Ji bo piraniya nimûneyan, em pêşniyar dikin ku li etanol biparêzin)
Labelên nimûneyê: Pêdivî ye ku nimûneyên bi zelalî bêne nîşankirin û nasnameya forma agahdariya nimûneyê.
Ipmentandina: Dy-berfê: Divê nimûneyên pêşî li bagên pêşîn werin pak kirin û di berfê ya hişk de werin veşartin.
Karûbarê Karûbarê Karûbarê
QC nimûne
Ezmûna pîlot
Slaf-Experiment
Amadekariya pirtûkxaneyê
Rêzikname
Analîziya daneyê
Karûbarên piştî firotanê
Analîzên jêrîn pêk tîne:
- Daneyên Sequencing QC
- Pêşveçûna Tag Slaf
Nexşe li Genoma Reference
Bêyî genoma referansê: dorpêçkirin
- Analîzkirina Tagên Slaf .: Statîstîk, belavkirin li seranserê genomê
- Marker Discovery: SNP, indel, SNV, CV Call û Annotation
Belavkirina slaf Diruşmên li ser kromozom:
Belavkirina Snps li ser kromozom:
SNP Annotation
| Sal | Rojname | IF | Nav | Serlêdan |
| 2022 | Têkiliyên xwezayê | 17.694 | Bingeha genomî ya giga-kromozomes û giga-genoma darê peony Paeonia osti | Slaf-gwas |
| 2015 | Phytolojiya nû | 7.433 | Şopên domdar herêmên genomîk ên girîngiya cotkomîk in soybeans | Slaf-gwas |
| 2022 | Journal of Lêkolînên Pêşkeftî | 12.822 | Zencîreyên hunerî yên bi gelemperî yên gossypium barbadense li G. Hirsutum Lociii ji bo başkirina hevdemî ya kalîteya fîberê ya pembû û hilberê taybetmendî | Genetîkên Slaf-Pêşîn |
| 2019 | Nebatê molekulî | 10.81 | Nifûsa analîzasyona genomîk û Meclîsa De Novo bi eslê xwedêgiravî eşkere dike Rice wekî lîstikek pêşkeftî | Genetîkên Slaf-Pêşîn |
| 2019 | Genetîkên xwezayê | 31.616 | Rêzeya Genome û cûrbecûr genetîkî ya karwanê hevbeş, carpio cyprinus | Nexşeya Slaf-Linkage |
| 201b | Genetîkên xwezayê | 25.455 | Gundê Peanutê çandî di nav Legume Karyotypes, Polyploid de peyda dike hilweşîn û domandina hilweşînê. | Nexşeya Slaf-Linkage |
| 2022 | Kovara Kovara Bioteknolojiyê Plant | 9.803 | Nasnameya St1-ê hilbijartinê vedibêje ku bi morfolojiya Seed re têkildar e û naveroka neftê di dema domandina soybean de | Pêşveçûna Slaf-Marker |
| 2022 | Kovara Navneteweyî ya Zanistên Molekulî | 6.208 | Nasname û DNA Pêşveçûna Marker DNA ji bo genim-leymus Mollis 2NS (2D) Ragihandina kromozomê ya tevlihev | Pêşveçûna Slaf-Marker |
| Sal | Rojname | IF | Nav | Serlêdan |
| 2023 | Li pêşberî zanistiya nebatê | 6.735 | QTL Nexşe û analîzkirina transcriptome ya naveroka şekir di dema fêkiya pyrus pyrifolia de | Nexşeya genetîkî |
| 2022 | Kovara Kovara Bioteknolojiyê Plant | 8.154 | Nasnameya St1-ê hilbijartinê vedibêje ku di nav domandina Soybean de ji Hitchhiking Morfolojî û naveroka neftê re têkildar e
| SNP bang kirin |
| 2022 | Li pêşberî zanistiya nebatê | 6.623 | Nexşeya komeleyê ya genome-ê di hawîrdora zalimî de nexşe ya bêhêz.
| Gwas |
