Single- Nuclei Rna Sequencing
Pêveka Teknîkî
Isolation of Nuclei bi 10 × Genomics Chromium ™, ku pergala heşt-Channel Microfluidics bi rêwîtiyên duwemîn pêk tê. Di vê pergalê de, gelek gel bi barcode û primer, enzymes û nucleusek yekane di dropê rûnê nanoliter de têne dorpêç kirin, avakirina Gel Bead-in-emulsion (gem). Carekê Gem têne damezirandin, Lys Lys û serbestberdana barcoodes di her gemiyê de têne kirin. MRNA berevajî li Molekulên CDNA bi 10 × Barcodes û UMI ve hatî veguheztin
Taybetmendiyên
● Amadekirina sekinandina yek-nuclei ji tansiyonên felq
● Formasyona Gel Bead-in-Emulsiyon (Gem) li dû hevgirtina CDNA
● Her bejn li Gemê bi destpêkên ku ji 4 beşan pêk tê ve tê barkirin:
Tail Poly (DT) ji bo Synthes Mrna Priming and CDNA,
Nasnameya Molekulê ya yekta (UMI) ji bo rastkirina paragrafên amplification
10x barcode
Rêzika binding ya destpêka parçeyî ya 1 rêziknameya rêziknameyê
Avantajên
Single-Nucleus RNA Sequencing Supercents The Supercents The Simtion of Single-Cell RNA Sequencing, Enabling:
● Bikaranîna nimûneyên zirav û ne tenê bi nimûneyên nû ve sînorkirin
● stresa kêm a hucreyên fêkiyan dema ku li gorî dermankirina enzymatic ya hucreyên nû, di forma transcriptome de di forma genên kêmtir stres-ê de têne xuyang kirin
● Ne hewceyê ji bo rakirina hucreyên xwînê yên sor
Conder Derya Hucreya bêsînor
● aramiya mezin a nimûneyên ku ji bo analîzê mafdar in, di nav de celebên tûj ên tevlihev û perçebûyî yên ku di dema dorpêçkirina tansiyonê de ji hucreya hucreyê an tunekirinê ne
Nimûneyên ku ji hêla yek-hucreya yek-hucreyê ve nayê analîz kirin û ji bo rêzgirtina yekjimar a nuclei RNA-yê têne analîz kirin:
| Hucr / tansiyonê | Semed |
| Tansiyona tîrêjê ya bêhêz | Nekarin rêxistinên nû an dirêjkirî bistînin |
| Hucreya masûlkan, Megakaryocyte, Fat ... | Diametera Hucreyê pir mezin e ku têkevin hundurê amûrê |
| Ceger… | Pir perçebûyî ji bo şikestinê, nekare ku hucreyên yekane cuda bike |
| Hucreya Neuron, Mêjî ... | Zêdetir hestiyar, hêsan ji stresê, dê encamên rêziknameyê biguhezînin |
| Pankreas, Thyroid ... | Dewlemend di enzîmên endogenous de, bandorê li ser hilberîna sekinandina hucreya yekane |
Yek-nucleus vs single-hucr
| Yek-nucleus | Hucreyek yek |
| Hucreya bêsînor a bêsînor | Rêzeya Cell: 10-40 μm |
| Materyal dikare tansiyonê felq bibe | Pêdivî ye ku materyal tansiyona nû be |
| Stresa kêm a hucreyên qirêj | Dermankirina Enzyme dikare reaksiyona stresê ya hucreyê bibe |
| Ne hewce ye ku hucreyên xwînê yên sor werin rakirin | Pêdivî ye ku hucreyên xwînê yên sor werin rakirin |
| Nukleerî bioinformasyonê îfade dike | Tevahiya hucreyê bioinformasyonê diyar dike |
Taybetmendiyên
| Pêdiviyên nimûneyê | Pirtûkxane | Stratejiya Sequencing | Daneyên pêşniyaz kirin | Kontrola kalîteyê |
| Tesîra heywanê ≥ 200 mg Tesîra nebatê ≥ 400 mg | 10x Genomics SN CDNA Pirtûkxaneya | Illumina PE150 | 100k PE Per Reads Per Reads (100-200 GB) | 700-1200 Nuclei / μl û yekbûna navokî di bin mîkroskopê de hat dîtin |
Ji bo bêtir agahdarî li ser rêberiya amadekirina nimûneyê û xebata karûbarê karûbarê, ji kerema xwe hîs bikin ku bi aPisporê BMKGene
Karê karûbarê diherike
Analîzên jêrîn pêk tîne:
Control Kontrolê: Hejmara hucreyan, tespîtkirina genim, nasnameya rastîn a hucreyan, rna molekul û hejmarên derbirînê
Analîzên nimûneya hundurîn:
Annotasyona Cell û Cluster Cluster
Analîziya vegotinê ya diyarkirî: Nasnameya degs di nav koman de
Annotasyona Fonksiyonel û dewlemendkirina Kevirên Kulikê
Analîziya koma Inter-ya:
Daneyên kombînasyona
Analîzkirina îfadeya cihêreng: Nasnameya degs di koman de
Annotation Fonksiyonel û dewlemendkirina Koma Degs
● Analîzên pêşkeftî:
Analîzên Concle Cell
Analîzên pseudotime
Analîziya ragihandinê ya hucreyê (cellphonedb)
Gene analîzkirina dewlemendkirinê (gsea)
Inner-Sample Analysis
Hucreya Hucreyê:
Analîzên vegotinê yên cihêreng: Kevirên Kulikê
Analîzên navbeynkariyê
Analîzên vegotinê yên diyarkirî: Koma Deg
Analîzek pêşkeftî:
Analîz pseudotime:
Analîzek Cycle Cycle:
Pêşkeftinên ku ji hêla 10x Chromium ve ji hêla 10x Chromium ve di van weşangeriyên hêja de ji hêla BMKGene RNA ve hatî lêgerîn kirin:
Wang, L. Et Al. (2021) 'Analîzên transcriptomîk yek-hucreya yekane perestgeha nemirovî ya lingê di asta astma berxwedanê ya steroid-ê de vedibêje',Dozên Akademiya Neteweyî ya Zanistên Dewletên Yekbûyî yên Amerîkayê, 118 (2), p. E2005590118. DOI: 10.1073 / pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'Torgilokek birêkûpêk a gerdûnî ya ji bo vegotina genimê ya dyregulated û nîşaneya metabolîk a dynormal di hucreyên nemir ên li MicroEnvironment of Graves' Nexweş û Hashimoto ',Li pêşiya nemiriyê, 13, p. 879824. DOI: 10.3389 / FIMMU.2022.879824 / BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) 'transcriptome yek-hucreyê heterogjenity û bersivên nemir ên Leukocytes piştî vakslêdanê bi edaksiyonên nehsandî yên li Flounder (Paralichthys olivaceus)',Aquubulture, 566, p. 739238. DOI: 10.1016 / J.Aquaculture.2023.739238.
YU, Y. ET AL. (2023) 'Terapiya photodynamic encama astengên kontrolê yên nehskirî bi riya bîhnfirehiya dijî-tumor di nexweşên bi penceşêrê gastrîkî de baştir dike',Kansera Gastric, 26 (5), PP 798-813. DOI: 10.1007 / S10120-023-01409-X / Metrics.
