Nûnerê Bisulfite Sequencing (RRB) kêm kir
Nûneriya Bisulfite Bisulfite (RRBS) (RRBS) wekî alternatîfek lêçûn û bikêrhatî ji bo çareserkirina tevde ya Bisulfite (WGBS) li DNA di lêkolîna DNA de derket. Dema ku WGBs di çareseriya tevahiya genome de li ser çareseriya bingehîn a yekane, ku bi tevahî Genome-ê re peyda dike, lêçûna wê ya bilind dikare bibe faktorek sînorkirî. RRBs bi stratejîk vê dijwarî ji hêla bijarte ve hatî analîzkirina beşek nûner a genomê vedihewîne. Ev metodolojî li ser dewlemendkirina herêmên dewlemend ên CPG-Girava CPG-ê ji hêla mspi Cleavage ve hatî şopandin ji hêla size size 200-500 / 600 parçeyên BPS. Di encamê de, tenê deverên Proximal ji Giravên CGG re têne sekinandin, dema ku kesên bi giravên cpg ên dûr dûr ji analîzê dûr in. Ev pêvajoyê, bi rêzika Bisulfite re hevbeş e, dihêle ku nêzê methlasyonê DNA, û nêzîkatiya rêziknameyê, bi taybetî jî li ser dawiya navnîşan, lê zêde bike karbidestiya Profylation. RRB amûrek veberhêner e ku lêçûnên lêçûnên DNA-yê lêçûnê lêkolîn dike û zanîna mekanîzmayên epigenetic dike.
Taybetmendiyên karûbar
● Ji genimek referansê hewce dike.
● Lambda DNA ji bo çavdêrîkirina karanîna veguherîna Bisulfite tê bikar anîn.
Imazyêwaza Dermankirina MSPI jî tê şopandin.
● Ji bo nimûneyên nebatan ji hev veqetînin.
● Sequencing li ser Illumina Novaseq.
Karûbarên karûbar
●Alternatîfek bi bandor û bi bandor li WGBS: Ji bo analîzkirina analîzê bi lêçûnek kêmtir û bi daxwazên nimûneya jêrîn re were meşandin.
●Platforma bêkêmasî:Ji pêvajoya nimûneyê, çêkirina pirtûkxaneyê, karûbarek hêja ya yek-rawestandin peyda bikin.
●Pisporiya berfireh: Bi projeyên rêzikên RRBs bi serfirazî li seranserê cûrbecûr cûrbecûr qedand, BMKGene bi dehsala tecrûbeyê, analîzek pir jêhatî, naveroka berbiçav, û piştgiriya piştî firotanê ya hêja,
Taybetmendiyên karûbar
| Pirtûkxane | Stratejiya Sequencing | Daxuyaniya daneya pêşniyar kirin | Kontrola kalîteyê |
| MSPI DIGESTED AND BISULFITE PIRSGEHA DESTPK | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Veguheztina Bisulfite> 99% MSPI Kêmasiya Qutkirina> 95% |
Pêdiviyên nimûneyê
| Tevlihevî (ng / μl) | Mîqdara giştî (μg) |
| |
| Dna genomîk | 30 | ≥ 1 | Degasyon an konteynir sînorkirin |
Karê karûbarê diherike
Delivery Sample
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzikname
Analîziya daneyê
Karûbarên piştî firotanê
Analîzên jêrîn pêk tîne:
● Kontrola kalîteya rêzika RAD;
● Nexşe li Genoma Reference;
● tespîtkirina baregehên 5mc methylated û nasnameya motîf;
● Analîzkirina belavkirina methylation û berhevoka nimûneyê;
● Analîzkirina herêmên cûda methylated (DMRS);
● Annotasyona genimên bi DMR re têkildar in.
Kontrola Qalîteyê: Kêmasiya Dîjîtiyê (di nexşeya genome) de
Kontrola Qalîteyê: Veguheztina Bisulfite (Di Methylation Info Expaction)
Nexşeya Methylation: 5MC Methylation Genome-Wide Distribution
Berhevoka SAMPLE: Analîzên pêkhateya sereke
Analîzên cûda yên methylated (DMRS): HeatMap
Pêşkeftinên lêkolînê ji hêla Tevgera Tevgera Bisume Bisulfite Bmkgene ve hatî saz kirin bi navgîniya berhevoka qencî ya weşangeriyê.
Li, Z. Et Al. (2022) 'High-Fidelity ji nû ve hucreyên leydig-mîna ji hêla aktîvkirina Crispr ve hatî çêkirin û faktorên paracrine',Pnas Nexus, 1 (4). DOI: 10.1093 / pnasnexus / pgac179.
Tian, H. et al. (2023) 'Kêmasiya Methylasyonê ya Kevir ya DNA ya Beşê ya Body-ê di navbên Monozygotic Chinese de',Kovara Ewropî ya lêpirsîna klînîkî, 53 (11), p. E14055. DOI: 10.1111 / ECI.14055.
Wu, Y. ET AL. (2022) 'Rêjeya DNA û Rêjeya Waist-to-Hip: Lêkolînek Komeleya Epigenome di navbên Monozygotic Chinese de,Journal of Lêkolîna Endokrînolojî, 45 (12), PP. 2365-2376. DOI: 10.1007 / S40618-022-01878-4.
