-
Rêzkirina ARNyê ya yek-nokî
Pêşkeftina girtina yek-hucreyê û teknîkên avakirina pirtûkxaneyên xwerû, digel rêzgirtina berbi bilind, lêkolînên derbirrîna genê di asta hucreyê de şoreş kir. Ev serkeftin rê dide analîzên kûr û berfirehtir ên nifûsa hucreyên tevlihev, derbaskirina tixûbên ku bi navgîniya vegotina genê li ser hemî hucreyan ve girêdayî ne û heterojeniya rastîn di nav van nifûsan de biparêze. Digel ku rêzgirtina RNA-ya yek-hucreyê (scRNA-seq) xwedan avantajên nayên înkar kirin, ew di hin tevnvîsan de bi dijwariyan re rû bi rû dimîne ku çêkirina suspensionek yek-hucreyê dijwar xuya dike û nimûneyên nû hewce dike. Li BMKGene, em vê astengiyê bi pêşkêşkirina rêziknameya RNA-ya yek-nukleus (snRNA-seq) bi karanîna teknolojiya pêşkeftî ya 10X Genomics Chromium re çareser dikin. Ev nêzîkatî di asta yek-hucreyê de spektora nimûneyên ku ji analîza transkrîptomê re têkildar in berfireh dike.
Veqetandina navokan bi çîpa nûjen a 10X Genomics Chromium, ku bi pergalek mîkrofluîdîk a heşt-kanal ve bi derbasbûna ducar ve tê de, pêk tê. Di hundurê vê pergalê de, berikên gêlê ku barkod, primmer, enzîm û yek nucleus vedigirin di nav dilopên rûnê yên bi mezinahiya nanolîterê de têne qewirandin, û Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ava dikin. Piştî avakirina GEM, lîza hucreyê û berdana barkodê di nav her GEM de pêk tê. Dûv re, molekulên mRNA di cDNA-yê de veguherînek berevajî derbas dibin, barkodên 10X û Nasnameyên Molekulî yên Yekta (UMI) vedigirin. Dûv re van cDNA di bin avakirina pirtûkxaneya rêziknameya standard de têne kirin, ku di asta yek-hucreyê de vekolînek zexm û berfireh a profîlên vegotina genê hêsan dike.
Platform: 10× Platforma Genomics Chromium û Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomîka mekanî teknolojiyek pêşkeftî ye ku destûrê dide lêkolîneran ku li ser şêwazên vegotina genê di nav tevnan de lêkolîn bikin di heman demê de ku çarçoweya cîhê xwe diparêzin. Yek platformek hêzdar a di vê domanê de 10x Genomics Visium e ku bi rêzgirtina Illumina re têkildar e. Prensîba 10X Visium li ser çîpek pispor a bi deverek girtina destnîşankirî ye ku li wir beşên tevnvîsê têne danîn. Ev qada girtinê deqên barkodkirî dihewîne, ku her yek bi cîhek cîhek bêhempa ya di nav tevnê de têkildar e. Dûv re molekulên RNA yên ku ji tevneyê hatine girtin, di pêvajoya veguheztina berevajî de bi nasnameyên molekulî yên yekta (UMI) têne nîşankirin. Van deqên barkodkirî û UMI-ê nexşeya cîhê ya rastîn û pîvandina vegotina genê di çareseriyek yek-hucreyê de dihêle. Kombûna nimûneyên barkodkirî yên cîh û UMI rastbûn û taybetmendiya daneya hatî çêkirin piştrast dike. Bi karanîna vê teknolojiya Transcriptomics Spatial, lêkolîner dikarin têgihîştinek kûr a rêxistina cîhê ya hucreyan û danûstendinên molekulî yên tevlihev ên ku di hundurê tevneyan de çêdibin, peyda bikin, li ser mekanîzmayên ku di binê pêvajoyên biyolojîkî de di gelek waran de, di nav de onkolojî, neuroscience, biyolojiya pêşkeftinê, immunolojî de têgihiştinek bêqîmet peyda dikin. , û lêkolînên botanîkî.
Platform: 10X Genomics Visium û Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina mRNA ya Tev-Deng-Nanopore
Dema ku rêzgirtina mRNA-ya NGS-ê amûrek pirreng e ji bo pîvandina vegotina genê, pêbaweriya wê bi xwendina kurt de bandora wê di analîzên tevlihev ên transkrîptomî de sînordar dike. Ji hêla din ve, rêzgirtina nanopore teknolojiyek dirêj-xwendin bikar tîne, ku rêziknameya transkrîpsiyonên mRNA-ya tev-dirêj kar dike. Ev nêzîkatî vekolînek berfireh a veqetandina alternatîf, tevhevkirina genan, polî-adenîlasyon, û pîvandina isoformên mRNA hêsan dike.
Rêzkirina Nanopore, rêbazek ku xwe dispêre îşaretên elektrîkî yên yek-molekûl a nanoporê, di wextê rast de encamên peyda dike. Ji hêla proteînên motor ve têne rêve kirin, ADN-ya dubendî bi proteînên nanoporê yên ku di biyofilmek de cih digirin ve girêdide, dema ku ew di kanala nanoporê re di bin cûdahiyek voltazê re derbas dibe vediqete. Nîşaneyên elektrîkî yên cihêreng ên ku ji hêla bingehên cihêreng ên li ser stûna ADNyê ve têne hilberandin, di wextê rast de têne kifş kirin û têne dabeş kirin, ku rêzika nukleotîdê ya rast û domdar hêsan dike. Vê nêzîkatiya nûjen sînorên xwendina kurt derbas dike û platformek dînamîkî ji bo analîza genomîk a tevlihev, tevî lêkolînên transkriptomî yên tevlihev, bi encamên tavilê peyda dike.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Rêzkirina mRNA ya tev-dirêj -PacBio
Digel ku rêzgirtina mRNA-ya NGS-ê amûrek pirreng e ji bo pîvandina vegotina genê, pêbaweriya wê bi xwendina kurt de karanîna wê di analîzên tevlihev ên transkrîptomî de sînordar dike. Ji hêla din ve, rêzgirtina PacBio (Iso-Seq) teknolojiyek dirêj-xwendin bikar tîne, ku rêzkirina transkriptên mRNA-ya tev-dirêj kar dike. Ev nêzîkatî vekolînek berfireh a veqetandina alternatîf, tevhevkirina genan, û poly-adenylation hêsan dike. Lêbelê, vebijarkên din jî hene ji bo pîvandina diyardeya genê ji ber hêjmara zêde ya daneya hewce. Teknolojiya rêzgirtinê ya PacBio xwe dispêre rêzgirtina yek-molekulek, di dema rast (SMRT) de, ku di girtina transkrîptên mRNA-ya tev-dirêj de feydeyek berbiçav peyda dike. Vê nêzîkatiya nûjen bi karanîna pêlên moda sifir (ZMW) û bîrên mîkrofabrîkî yên ku di dema rêzgirtinê de çavdêriya rast-demê ya çalakiya ADN-ya polîmerazê dimeşîne pêk tîne. Di nav van ZMW-an de, ADN-ya polymerase ya PacBio zencîreyek temamker a ADNyê sentez dike, xwendinên dirêj ên ku tevaya transkriptên mRNA-yê vedihewîne çêdike. Operasyona PacBio di moda Rêzkirina Lihevhatina Circular (CCS) de bi dubarekirina heman molekulê rastbûnê zêde dike. Xwendinên HiFi yên hatine çêkirin xwedan rastbûnek bi NGS-ê ye, ku bêtir beşdarî analîzek berfireh û pêbawer a taybetmendiyên tevlihev ên transkrîptomî dike.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Rêzkirina mRNA ya Eukaryotî-NGS
Rêzkirina mRNA, teknolojiyek piralî, di bin şert û mercên taybetî de profîlkirina berfireh a hemî transkriptên mRNA di nav hucreyan de hêz dike. Bi serîlêdanên xwe yên berfireh, ev amûra pêşkeftî profîlên vegotina genê yên tevlihev, strukturên genê, û mekanîzmayên molekulî yên ku bi pêvajoyên biyolojîkî yên cihêreng ve girêdayî ne eşkere dike. Bi berfirehî di lêkolîna bingehîn, tespîtkirina klînîkî, û pêşkeftina dermanan de hatî pejirandin, rêzgirtina mRNA di derheqê tevliheviyên dînamîkên hucreyî û rêziknameya genetîkî de têgihiştinê pêşkêşî dike, ku meraqa li ser potansiyela wê ya di warên cihêreng de vedike.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Rêzkirina mRNA-NGS-ya ne-Referans
Rêzkirina mRNA di bin şert û mercên taybetî de profîla berfireh a hemî transkriptên mRNA di nav hucreyan de hêz dike. Ev teknolojiya pêşkeftî wekî amûrek hêzdar kar dike, profîlên vegotina genê ya tevlihev, strukturên genê, û mekanîzmayên molekulî yên ku bi pêvajoyên cihêreng ên biyolojîkî ve girêdayî ne vedike. Bi berfirehî di lêkolîna bingehîn, tespîtkirina klînîkî, û pêşkeftina dermanan de hatî pejirandin, rêzgirtina mRNA di nav tevliheviyên dînamîkên hucreyî û rêziknameya genetîkî de têgihiştinan pêşkêşî dike.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Long Non-coding Sequencing-Illumina
ARN-yên ne-kodker ên dirêj (lncRNA) ji 200 nukleotîdan dirêjtir in ku xwediyê potansiyela kodkirinê ya hindik in û di ARN-ya nekodker de hêmanên bingehîn in. Di navok û sîtoplazmayê de têne dîtin, ev RNA di rêziknameya epigenetîk, transkrîpsîyonî û piştî-transkrîpsiyonê de rolek girîng dileyzin, û girîngiya wan di şekilkirina pêvajoyên xaneyên û molekulî de destnîşan dikin. Rêzkirina LncRNA di cûdakirina Hucre, Ontogenesis û Nexweşiyên Mirovan de amûrek hêzdar e.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina RNA ya Piçûk-Illumina
Molekulên RNA (sRNA) yên piçûk, mîkroRNA (miRNA), ARN-yên piçûktir (siRNA), û ARN-yên ku bi piwi-têkildar (piRNA) ve girêdayî ne, hene. Di nav van de, miRNAs, bi qasî 18-25 nukleotîdan dirêj in, bi taybetî ji ber rolên xwe yên birêkûpêk ên bingehîn di pêvajoyên cihêreng ên hucreyî de girîng in. Bi şêwazên vegotinê yên tevnî-taybetî û qonax-taybetî, miRNA di nav cûreyên cûda de parastinek bilind nîşan dide.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Rêzkirina ARN-ya dorhêl (circRNA-seq) profîl û analîzkirina RNA-yên dordorî ye, çînek molekulên ARNyê yên ku ji ber bûyerên zeliqandina ne-kanonîk girêkên girtî çêdikin û vê ARNyê bi îstîqrara zêde peyda dikin. Digel ku hin circRNAs wekî spongên mîkroRNA tevdigerin, mîkroRNAyan vediqetînin û pêşî li wan nagirin ku mRNAyên xwe yên armanc birêkûpêk bikin, circRNAyên din dikarin bi proteînan re têkilî daynin, vegotina genê modul bikin, an jî di pêvajoyên şaneyê de xwedî rol bin. Analîza vegotina circRNA di derheqê rolên birêkûpêk ên van molekulan û girîngiya wan de di pêvajoyên cihêreng ên hucreyî, qonaxên pêşkeftinê û şert û mercên nexweşiyê de têgihiştinan peyda dike, ku beşdarî têgihiştinek kûr a tevliheviya rêziknameya RNA di çarçoweya vegotina genê de dibe.
-
Rêzkirina Tevahiya Transcriptome - Illumina
Rêzkirina tevaya transkrîptomê ji bo profîlkirina molekulên cihêreng ên RNA, ku RNA-yên kodkirî (mRNA) û ne-kodkirî (lncRNA, circRNA, û miRNA) vedihewîne, nêzîkatiyek berfireh pêşkêşî dike. Ev teknîk di demek diyarkirî de tevahiya transkriptoma hucreyên taybetî digire, ku rê dide têgihiştinek tevdeyî ya pêvajoyên hucreyî. Di heman demê de wekî "rêveberiya RNA-ya tevahî" tê zanîn, ew armanc dike ku torên rêkûpêk ên tevlihev di asta transkriptomeyê de eşkere bike, û analîzên kûr ên wekî pêşbaziya RNA-ya endogenous (ceRNA) û analîza RNA-ya hevbeş pêk bîne. Ev gava destpêkê ya berbi taybetmendiya fonksiyonel nîşan dide, nemaze di rakirina torên rêkûpêk ên ku bi danûstendinên ceRNA-ya-bingeha circRNA-miRNA-mRNA ve girêdayî ne.
