-
Genomîka Berawirdî
Genomîka berawirdî vekolîn û berhevdana tevahiya rêz û strukturên genomê di nav cûreyên cûda de pêk tîne. Ev qad hewl dide ku pêşkeftina celeban eşkere bike, fonksiyonên genê dekod bike, û mekanîzmayên rêziknameya genetîkî ronî bike bi destnîşankirina struktur û hêmanên rêzikên parastî an cihêreng ên li seranserê organîzmayên cihêreng. Lêkolînek genomîk a berawirdî ya berawirdî analîzên wekî malbatên genê, pêşkeftina pêşkeftinê, bûyerên dubarekirina tev-jenom, û bandora zextên bijartî vedihewîne.
-
Genetics Evolutionary
Platforma analîza genetîkî ya nifûs û pêşkeftinê li ser bingeha ezmûna girseyî ya ku bi salan di nav tîmê R&D ya BMK de hatî berhev kirin hatî damezrandin. Ew bi taybetî ji bo lêkolînerên ku di biyoinformatics de ne pispor in amûrek bikarhêner e. Vê platformê analîzên bingehîn ên genetîka pevçûn ên bingehîn, di nav de avakirina dara fîlogenetîkî, analîza nehevsengiya girêdanê, nirxandina cihêrengiya genetîkî, analîza hilbijartî ya hilbijartî, analîza xizmtiyê, PCA, analîza avahiya nifûsê, hwd.
-
Meclîsa Genome ya Bingeha Hi-C
Hi-C rêbazek e ku ji bo girtina veavakirina kromozomê hatiye çêkirin bi berhevkirina danûstendinên li ser bingeha nêzikbûnê û rêzgirtina berbi bilind. Tê bawer kirin ku tundiya van têkiliyan bi dûrbûna laşî ya li ser kromozoman re bi neyînî ve girêdayî ye. Ji ber vê yekê, daneyên Hi-C ji bo rênîşandana kombûn, rêzkirin, û rêwerzkirina rêzikên berhevkirî di pêşnumayek genomê de têne bikar anîn û wan li ser hejmareke diyarkirî ya kromozoman girêdide. Di nebûna nexşeyek genetîkî ya nifûsê de, ev teknolojiyê kombûnek genom a asta kromozomê hêz dike. Her genomek yekane pêdivî bi Hi-C heye.
-
Plant / Animal De Novo Genome Rêzkirin
De Novorêzkirin bi nebûna genomek referansê bi karanîna teknolojiyên rêzgirtinê ve avakirina tevahiya genoma celebek tê gotin. Danasîn û pejirandina berbelav a rêziknameya nifşa sêyemîn, ku xwendina dirêjtir vedihewîne, bi zêdekirina hevgirtina di navbera xwendinê de berhevoka genomê bi girîngî zêde kiriye. Ev pêşkeftin bi taybetî dema ku bi genomên dijwar re mijûl dibin, wek yên ku heterozîgosîteya bilind nîşan didin, rêjeyek zêde ya herêmên dubarekirî, polîploîd, û herêmên bi hêmanên dubarekirî, naveroka GC-ya nenormal, an tevliheviya bilind ku bi gelemperî bi kêmasî têne berhev kirin bi karanîna rêzikên xwendina kurt têne berhev kirin. tenê.
Çareseriya meya yek-stop karûbarên rêzgirtinê yên yekbûyî û analîzên biyoinformatîk peyda dike ku genomek civandî ya nû-kalîteya bilind peyda dike. Lêkolînek genomê ya destpêkê bi Illumina re texmînên mezinahî û tevliheviya genomê peyda dike, û ev agahdarî tê bikar anîn da ku gava paşîn a rêzgirtina dirêj-xwendina bi PacBio HiFi re rêber bike, li dûvde novocivîna contigs. Dûv re karanîna kombûna HiC rê dide girêdana pevgirêdan li genomê, bidestxistina kombûnek di asta kromozomê de. Di dawiyê de, genom bi pêşbîniya genê û bi rêzkirina genên diyarkirî ve tê şîrove kirin, û bi xwendina kurt û dirêj ve li transkrîptomê vedigere.
-
Rêzkirina Tevahiya Exome ya Mirovan
Rêzkirina eksome ya Tevahiya Mirovan (hWES) bi berfirehî wekî nêzîkatiyek rêzgirtinê ya lêçûn-bandor û bi hêz ji bo destnîşankirina mutasyonên sedema nexweşiyê tê pejirandin. Tevî ku tenê bi qasî 1.7% ji tevahiya genomê pêk tîne, exons bi rasterast ronîkirina profîla fonksiyonên proteîna tevahî rolek girîng dilîzin. Nemaze, di genoma mirovan de, ji% 85 zêdetir mutasyonên ku bi nexweşiyan re têkildar in di nav deverên kodkirina proteînê de diyar dibin. BMKGENE bi du stratejiyên girtina exonê yên cihêreng ên ku ji bo pêkanîna armancên lêkolînê yên cihêreng peyda dibin karûbarek rêzkirina tevahiya exome ya mirovî ya berfireh û maqûl pêşkêşî dike.
-
Rêzkirina Fragmenta Pêvekirî ya Taybet-Locus (SLAF-Seq)
Genotîpkirina bilind, nemaze li ser nifûsên mezin, di lêkolînên komeleya genetîkî de gavek bingehîn e û bingehek genetîkî ji bo vedîtina genê fonksiyonel, analîza pêşkeftinê, hwd peyda dike.Rêzkirina Genome ya Nûnertiya Kêmkirî (RRGS)bi gelemperî di van lêkolînan de tê bikar anîn da ku lêçûna rêzkirina her nimûneyê kêm bike dema ku di vedîtina nîşankera genetîkî de karbidestiya maqûl biparêze. RRGS vê yekê bi helandina ADN-ê bi enzîmên sînordar dike û balê dikişîne ser rêzek mezinahiya perçeyek taybetî, bi vî rengî tenê perçeyek genomê rêz dike. Di nav cûrbecûr metodolojiyên RRGS de, Rêzkirina Fragmentê ya Amplified-Specific-Locus (SLAF) nêzîkatiyek xwerû û bi kalîte ye. Ev rêbaz, ku ji hêla BMKGene ve serbixwe hatî pêşve xistin, enzîma qedexekirinê ji bo her projeyê xweşbîn dike. Ev hilberîna hejmareke girîng a tagên SLAF (400-500 bps herêmên genomê yên ku têne rêz kirin) ku bi yekrengî li ser genomê têne belav kirin dema ku bi bandor ji herêmên dubarekirî dûr dikevin, bi vî rengî vedîtina nîşankera genetîkî ya çêtirîn piştrast dike.
-
Illumina pirtûkxaneyên pêş-çêkirî
Teknolojiya rêzgirtinê ya Illumina, ku li ser bingeha Sequencing by Synthesis (SBS), nûbûnek NGS-ê ya gerdûnî ye, ku berpirsiyar e ku ji% 90-ê daneya rêzgirtinê ya cîhanê hilberîne. Prensîba SBS-ê dema ku her dNTP lê tê zêdekirin, wênekirina termînatorên vegerî yên bi fluorescentî ve girêdayî ye, û dûv re tê qut kirin da ku destûr bide tevlêbûna bingeha din. Digel her çar dNTP-yên vegerî yên ku bi termînator-girêdayî ve di her çerxa rêzgirtinê de hene, pêşbaziya xwezayî nerastiya tevlêbûnê kêm dike. Ev teknolojiyek piralî hem pirtûkxaneyên yek-xwendin û hem jî-dawiya cot piştgirî dike, ku ji cûrbecûr serîlêdanên genomîk re peyda dike. Kapasîteyên bilind-rêvebirina rêziknameya Illumina û rastbûna wê wekî kevirê bingehîn di lêkolîna genomîkê de cih digire, ku zanyar hêzdar dike ku tevliheviyên genomê bi hûrgulî û bikêrhatîyek bêhempa derxînin holê.
Karûbarê meya rêzgirtina pirtûkxaneyê ya pêş-çêkirî rê dide xerîdaran ku pirtûkxaneyên rêzgirtinê ji çavkaniyên cihêreng (mRNA, tevahî genom, amplicon, pirtûkxaneyên 10x, di nav yên din de) amade bikin. Dûv re, ev pirtûkxane dikarin ji bo kontrolkirina kalîteyê û rêzgirtinê di platformên Illumina de ji navendên meya rêzgirtinê re bêne şandin.
