-
Toolkits
BMKCloud platformek biyoinformatîk a pêşeng e ku ji bo bernameyên genomîk çareseriya yek-stop peyda dike, ku bi berfirehî ji hêla lêkolîneran ve di warên cihêreng de di nav de bijîjkî, çandinî, jîngeh, hwd. pê bawer e. , çavkaniyên komputerê, databasa giştî, qursên serhêl ên bioinformtîk, hwd. BMKCloud gelek caran biyoinformatîk bikar tîne Amûrên ku di nav de annotasyona genê, amûrên genetîk ên pêşkeftî, ncRNA, kontrolkirina kalîteya daneyê, kombûn, rêzkirin, derxistina daneyan, mutasyon, statîstîk, jeneratorê jimarê, analîza rêzikan, hwd.
-
De novo Meclîsa Genome Bakterî
Em karûbarek komkirina genom a bakterî ya bêkêmasî peyda dikin, 0 valahiyan garantî dikin. Ev bi yekkirina teknolojiyên rêzgirtina dirêj-xwendina, wek Nanopore û PacBio ji bo kombûnê û rêzgirtina kurt-xwendina bi Illumina re ji bo pejirandina kombûnê û rastkirina xeletiya xwendinên ONT gengaz e. Karûbarê me ji kombûn, annotasyona fonksiyonel, û analîza biyoinformatîk a pêşkeftî, xebata biyoinformatîk a bêkêmasî peyda dike, ku armancên lêkolînê yên taybetî pêk tîne. Ev karûbar ji bo lêkolînên cûrbecûr genetîkî û genomîk pêşveçûna genomên referansa rastîn pêk tîne. Wekî din, ew bingehek ji bo serîlêdanên wekî xweşbîniya tîrêjê, endezyariya genetîkî, û pêşkeftina teknolojiya mîkrobial pêk tîne, dabînkirina daneyên genomîk ên pêbawer û bê valahiya ku ji bo pêşkeftina têgihîştinên zanistî û nûvekirina biyoteknolojîkî girîng in.
-
RNA biçûk
ARN-yên piçûk celebek ARN-ya kurt a ne-kodkirî ne ku dirêjahiya navînî 18-30 nt e, di nav de miRNA, siRNA û piRNA. Van RNAyên piçûk bi girseyî hatine ragihandin ku di pêvajoyên biyolojîkî yên cihêreng ên wekî hilweşandina mRNA, astengkirina wergerandinê, çêbûna heterokromatînê, hwd. Platforma analîzê ya rêzgirtinê ji analîza standard û derxistina daneya pêşkeftî pêk tê. Li ser bingeha daneyên RNA-seq, analîza standard dikare nasname û pêşbîniya miRNA, pêşbîniya genê hedefa miRNA, şirovekirin û analîza vegotinê bi dest bixe. Analîzek pêşkeftî lêgerîn û derxistina miRNA-ya xwerû, hilberîna diagrama Venn, miRNA û avakirina tora genê armanc dike.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS platformek analîzê ya ji nû ve rêzikandina genomê ye, ku li ser bingeha ezmûna dewlemend a di Teknolojiyên Biomarker de hatî pêşve xistin. Vê platforma hêsan-karanîna hêsan dihêle ku bilez radestkirina xebatek analîzek yekbûyî bi tenê danîna çend parametreyên bingehîn, ku ji bo daneya rêzgirtina DNA ya ku hem ji platforma Illumina û hem jî ji platforma rêzgirtina BGI-yê hatî hilberandin, diguncîne. Vê platformê li ser servera hilberandina performansa bilind tête bicîh kirin, ku di demek pir tixûb de analîza daneya pir bikêr hêz dike. Kevirkirina daneya kesane li ser bingeha analîzên standard peyda dibe, di nav de pirsa genê mutated, sêwirana primer PCR, hwd.
-
mRNA (Çavkanî)
Transcriptome girêdana di navbera agahdariya genetîkî ya genomîk û proteoma fonksiyona biyolojîkî de ye. Rêzkirina asta transkripsiyonê awayê rêziknameya organîzmayan a herî girîng û herî berfireh e ku tê lêkolîn kirin. Rêzkirina transkrîptomê dikare di her kêliyek dem de an di bin her şert û mercî de, bi çareseriyek rast ji yek nukleotîdê re, transkrîptomê rêz bike. Ew dikare bi dînamîk asta transkrîpsiyona genê nîşan bide, bi hevdemî veguheztinên kêm û normal nas bike û bihejmêre, û agahdariya strukturel peyda bike. nimûneyên tîpên taybetî.
Heya nuha, teknolojiya rêzgirtina transkrîptomê bi berfirehî di agronomî, derman û warên din ên lêkolînê de, di nav de rêziknameya pêşkeftina heywan û nebatan, adaptasyona hawîrdorê, danûstendina belengaz, herêmîkirina genê, pêşkeftina genetîkî ya cûreyan û vedîtina nexweşiya tîmor û genetîkî bi berfirehî tête bikar anîn.
-
Metagenomics (NGS)
Ev platforma analîzê ji bo analîzkirina daneya metagenomîk a gulebaranê li ser bingeha ezmûna salan hatî çêkirin. Ew ji xebata yekbûyî pêk tê ku di nav wan de pêvajokirina daneyê, lêkolînên asta cûrbecûr, lêkolînên asta fonksiyonê ya genê, binavkirina metagenome, hwd. , mîhengkirina parametreyê, hilberîna jimareya kesane, hwd.
-
LncRNA
ARN-yên ne-kodkirî yên dirêj (lncRNA) celebek transkrîpsiyonên bi dirêjiya 200 nt dirêjtir in, ku nikarin proteînan kod bikin. Delîlên berhevkirî destnîşan dikin ku pirraniya lncRNA pir bikêr in. Teknolojiyên rêzgirtina-berbiçav û amûrên analîzkirina biyoinformatîk me hêz dide ku em rêzikên lncRNA û agahdariya cîhê bi bandortir eşkere bikin û me rê li ber vedîtina lncRNAyên bi fonksiyonên birêkûpêk ên girîng dikin. BMKCloud serbilind e ku ji xerîdarên me platforma analîzkirina rêza lncRNA peyda dike da ku bigihîje analîza lncRNA ya bilez, pêbawer û maqûl.
-
GWAS
Lêkolîna komeleya berfireh a genomê (GWAS) armanc dike ku celebên genetîkî (jenotip) yên ku bi taybetmendiyên taybetî (fenotip) re têkildar in nas bike. Lêkolînên GWA vekolînên nîşankerên genetîkî li seranserê genomê ya hejmareke mezin a kesan derbas dikin û bi analîzên statîstîkî ve di asta nifûsê de têkiliyên genotype-fenotip pêşbînî dikin. Veguheztina tevahiya genomê dikare bi potansiyel hemî cûreyên genetîkî kifş bike. Bi daneyên fenotîpîk re, GWAS dikare were pêvajo kirin da ku SNP, QTL û genên berendam ên têkildar bi fenotîpê nas bike, ku bi hêz pişta xwedan heywan / nebatên nûjen digire. SLAF stratejiyek birêkûpêkkirina genomê ya hêsankirî-xwe-pêşkeftî ye, ku nîşankerên belavbûyî yên genomê, SNP, kifş dike. Van SNP, wekî nîşankerên genetîkî yên molekulî, dikarin ji bo lêkolînên komeleyê yên bi taybetmendiyên armanckirî bêne pêvajoyê kirin. Ew di nasandina taybetmendiyên tevlihev ên cûrbecûr genetîkî de stratejiyek lêçûn-bandor e.
-
Nanopore Transcriptomics Full-length
Îzoformên alternatîf ên tevlihev û guhêrbar ên di organîzmayan de mekanîzmayên genetîkî yên girîng in ji bo birêkûpêkkirina vegotina genê û cihêrengiya proteînan. Nasnameya rast a strukturên transkriptê bingehek ji bo lêkolîna kûr a şêwazên rêziknameya vegotina genê ye. Platforma rêzgirtina Nanopore bi serfirazî xwendina transkrîptomîkî gihand asta isoformê. Ev platforma analîzê ji bo analîzkirina daneyên RNA-Seq ku li ser platforma Nanopore hatî çêkirin li ser bingeha genoma referansê hatî çêkirin, ku hem di asta genê û hem jî di asta transkriptê de analîzên kalîteyî û jimareyî bi dest dixe.
-
circ-RNA
ARN-ya dorvekî (circRNA) cureyek RNA-ya ne-kodker e, ku di van demên dawîn de tê dîtin ku rolek girîng di torên rêkûpêk ên ku di pêşveçûnê de ne, berxwedana hawirdorê, hwd. de dilîze. Ji molekulên RNA yên rêzikî, mînak mRNA, lncRNA, 3' û 5'. dawiya circRNA bi hev re têne girêdan da ku avahiyek dorpêk ava bikin, ku wan ji digestiya exonuclease xilas dike û ji piraniya rêzikan aramtir e. ARN. CircRNA di rêkûpêkkirina vegotina genê de xwedî fonksiyonên cihêreng hat dîtin. CircRNA dikare wekî ceRNA, ku miRNA bi pêşbazî ve girêdide, ku wekî miRNA sponge tê zanîn, pêk bîne. Platforma analîzê ya rêziknameya CircRNA bi celebên din ên molekulên RNA re hêz dide avahîsaziya circRNA û analîza vegotinê, pêşbîniya armanc û analîza hevbeş.
-
BSA
Platforma Analîza Segregant a Bulked ji analîza standard yek-gavekî û analîza pêşkeftî ya bi mîhenga pîvana xwerû pêk tê. BSA teknolojiyek e ku tê bikar anîn da ku zû nîşankerên genetîkî yên têkildar bi fenotîpê nas bike. Xebata sereke ya BSA dihewîne: 1. Hilbijartina du komên kesên xwedî fenotîpên pir dijber; 2. ADN, RNA an SLAF-seq (Ji hêla Biomarker ve hatî pêşve xistin) ya hemî kesan berhev dike da ku du beşên DNA çêbike; 3. Tesbîtkirina rêzikên cihêreng ên li hember genoma referansê an di navberê de, 4. Pêşbînkirina herêmên bijarte yên girêdayî bi algorîtmaya ED û SNP-index; 5. Analîza fonksiyonel û dewlemendkirina li ser genên li herêmên berendam, hwd. Di daneyan de kanzayên pêşkeftî, di nav de nîşankerên genetîkî û sêwirana pêşîn jî hene.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) bi tecrûbeya salan ve di analîza projeya cihêrengiya mîkrobial de hatî pêşve xistin, ku analîza bingehîn a standardkirî û analîza kesane vedihewîne: analîza bingehîn naveroka analîza sereke ya lêkolîna mîkrobîkî ya heyî vedigire, naveroka analîzê dewlemend û berfireh e, û encamên analîzê di forma raporên projeyê de têne pêşkêş kirin; Naveroka analîzên kesane cihêreng e. Nimûne dikarin bêne hilbijartin û pîvan dikarin li gorî rapora analîza bingehîn û armanca lêkolînê bi nermî werin danîn, da ku daxwazên kesane bicîh bînin. Pergala xebitandinê ya Windows-ê, hêsan û bilez.
-
Genetics Evolutionary
Evolutionary Genetics karûbarek rêzgirtinê ya berfireh e ku ji bo pêşkêşkirina şîroveyek têgihîştî ya pêşkeftinê di nav komek mezin a kesan de, li ser bingeha guheztinên genetîkî, di nav de SNP, InDels, SVs, û CNV, hatî çêkirin. Ev karûbar hemî analîzên bingehîn ên ku ji bo ronîkirina veguheztinên evolusyona û taybetmendiyên genetîkî yên nifûsê hewce ne, di nav de nirxandinên avahiya nifûsê, cihêrengiya genetîkî, û têkiliyên fîlogenetîkî vedihewîne. Digel vê yekê, ew di lêkolînên li ser herikîna genê de vedigere, ku texmînên mezinahiya nifûsa bandorker û dema cihêbûnê dike. Lêkolînên genetîka pêşkeftinê di derheqê jêderk û adaptasyonên cureyan de têgihiştinên hêja peyda dikin.
Li BMKGENE, em du rê ji bo meşandina lêkolînên genetîka evolusyona li ser nifûsên mezin pêşkêş dikin: karanîna rêziknameya tev-jenomê (WGS) an bijartina rêbazek rêziknameya genomê ya temsîla kêmkirî, Parçeya Pêvekirî ya Taybet-Locus (SLAF) ya ku di hundurê de hatî pêşve xistin. Dema ku WGS ji genomên piçûktir re têkildar e, SLAF ji bo lêkolîna nifûsên mezin ên bi genomên dirêjtir ve wekî alternatîfek lêçûn derdikeve holê, bi bandor lêçûnên rêzkirinê kêm dike.
