-
Rêzkirina Metagenomîk -NGS
Metagenom berhevokek ji tevahiya materyalê genetîkî ya civatek tevlihev a organîzmayan e, wekî metagenomên hawîrdorê û mirovî. Ew genomên mîkroorganîzmayên çandinî û neçandî hene. Rêzkirina metagenomîk a gulebaranê bi NGS re lêkolîna van perestgehên genomîk ên tevlihev ên ku di nimûneyên hawîrdorê de hatine bicîh kirin bi peydakirina ji profîlên taksonomîkî zêdetir, di heman demê de di derheqê cihêrengiya cureyan, dînamîkên pirbûnê, û strukturên tevlihev ên nifûsê de jî têgihiştinên hûrgelî dide. Ji lêkolînên taksonomîkî wêdetir, metagenomîkên gulebaranê di heman demê de perspektîfek genomîkî ya fonksiyonel jî pêşkêşî dike, ku keşifkirina genên kodkirî û rolên wan ên gumanbar di pêvajoyên ekolojîk de peyda dike. Di dawiyê de, damezrandina torên pêwendiyê di navbera hêmanên genetîkî û faktorên hawîrdorê de beşdarî têgihîştina tevhev a tevliheviya di navbera civakên mîkrobial û paşxaneya wan a ekolojîk de dibe. Di encamê de, rêzgirtina metagenomîk wekî amûrek bingehîn e ji bo vekirina tevliheviyên genomîkî yên civakên cihêreng ên mîkrobî, ronîkirina têkiliyên piralî di navbera genetîk û ekolojiyê de di nav van ekosîstemên tevlihev de.
Platform: Illumina NovaSeq û DNBSEQ-T7
-
Rêzkirina Metagenomic-TGS
Metagenom berhevokek materyalê genetîkî ya civatek tevlihev a organîzmayan e, wekî metagenomên hawîrdorê û mirovî. Ew genomên mîkroorganîzmayên çandinî û neçandî hene. Rêzkirina metagenomîk vekolîna van perestgehên genomîk ên tevlihev ên ku di nimûneyên ekolojîk de hatine bicîh kirin bi peydakirina bêtir ji profîlên taksonomîkî ve dihêle. Di heman demê de ew bi vekolîna genên kodkirî û rolên wan ên gumanbar di pêvajoyên jîngehê de perspektîfek genomîkî ya fonksiyonel pêşkêşî dike. Digel ku nêzîkatiyên kevneşopî yên gulebaranê bi rêzgirtina Illumina re bi berfirehî di lêkolînên metagenomîk de hatine bikar anîn, hatina rêzikên dirêj-xwendina Nanopore û PacBio qad guhertiye. Teknolojiya Nanopore û PacBio analîzên biyoinformatîk ên jêrîn, nemaze meclîsa metagenome zêde dike, û meclîsên domdartir misoger dike. Rapor destnîşan dikin ku metagenomîkên bingehîn ên Nanopore û PacBio-yê bi serfirazî genomên bakterî yên bêkêmasî û girtî ji mîkrobiomên tevlihev hilberandine (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Yekkirina xwendina Nanopore bi xwendinên Illumina re nêzîkatiyek stratejîk ji bo rastkirina xeletiyê peyda dike, rastbûna kêm a xwerû ya Nanopore kêm dike. Ev kombînasyona hevrêzî hêza her platforma rêzgirtinê dixebitîne, çareseriyek bihêz pêşkêşî dike da ku sînorên potansiyel derbas bike û rastbûn û pêbaweriya analîzên metagenomîk pêş bixe.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia û PacBio Revio
-
Rêzkirina bisulfîtê ya tevahî genom (WGBS)
Tevahiya Genom Bisulfite Sequencing (WGBS) wekî rêbazek zêr-standard ji bo vekolîna kûr a metilasyona ADN-ê, nemaze pozîsyona pêncemîn di cytosine (5-mC), rêgezek bingehîn a vegotina genê û çalakiya hucreyî de radiweste. Prensîba bingehîn a WGBS tedawiya bisulfîtê vedihewîne, veguheztina sîtosînên nemetîlîkirî ji bo uracil (C ber U) vedigire, di heman demê de sîtosînên methylated neguhezîne. Vê teknîkî çareseriya yek-bingehek pêşkêşî dike, ku rê dide lêkolîneran ku bi berfirehî li metîlomê lêkolîn bikin û şêwazên metîlasyonê yên nenormal ên ku bi şert û mercên cihêreng ve girêdayî ne, bi taybetî kanserê veşêrin. Bi karanîna WGBS, zanyar dikarin di derheqê perestgehên metilasyonê yên li seranserê genomê de têgihiştinên bêhempa bi dest bixin, ku têgihiştinek nuwaze ya mekanîzmayên epigenetîk ên ku di bin pêvajo û nexweşiyên biyolojîkî yên cihêreng de ne peyda dikin.
-
Assay ji bo kromatîna Transposase-Gihîn bi Rêzkirina Rêjeya Bilind (ATAC-seq)
ATAC-seq teknolojiyek rêzgirtinê ya berbelav e ku ji bo analîza gihîştina kromatînê ya berfireh a genomê tê bikar anîn. Ew bikar tîne têgihiştina kûr a mekanîzmayên tevlihev ên kontrola epigenetîk a gerdûnî ya li ser vegotina genê peyda dike. Rêbaz transposaza Tn5-a hîperaktîf bikar tîne da ku bi danasîna adaptorên rêzgirtinê ve bi hevdemî deverên kromatîn vekirî perçe bike û nîşan bide. Dûv re zêdekirina PCR encam dide ku pirtûkxaneyek rêzgirtinê çêbike, ku destûrê dide nasîna berfireh a herêmên kromatîn ên vekirî di bin şert û mercên cîh-dem de. ATAC-seq, berevajî rêbazên ku bi tenê li ser malperên girêdana faktora transkripsiyonê an deverên taybetî-guhartî yên hîstone-ê disekinin, nêrînek tevdeyî peyda dike. Bi rêzkirina van herêmên kromatînê yên vekirî, ATAC-seq herêmên bi îhtîmala rêzikên rêziknameyê yên çalak û cihên girêdana faktora veguheztinê ya potansiyel eşkere dike, li ser modulasyona dînamîkî ya vegotina genê li seranserê genomê nihêrînên hêja peyda dike.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Genên 16S û 18S rRNA, ligel herêma Navxweyî ya Veguhastkirî (ITS), wekî nîşangirên tiliyên molekulî yên bingehîn dixebitin ji ber berhevkirina wan deverên pir parastî û hîper-guhêrbar, ku wan ji bo taybetmendîkirina organîzmayên prokaryotî û eukaryotî ji wan re amûrên hêja dike. Zêdebûn û rêzkirina van herêman ji bo vekolîna pêkhate û cihêrengiya mîkrobial li seranserê ekosîstemên cihêreng nêzîkatiyek bê îzolasyon pêşkêşî dike. Dema ku rêziknameya Illumina bi gelemperî herêmên hûrguharbar ên kurt ên mîna V3-V4 ya 16S û ITS1 dike hedef, hate destnîşan kirin ku annotasyona taksonomîkî ya bilind bi rêzkirina dirêjahiya 16S, 18S, û ITS-ê ve tête bidestxistin. Ev nêzîkatiya berfereh di rêjeyên bilindtir ên rêzikên birastî veqetandî de encam dide, digihîje astek çareseriyê ku digihîje nasnameya cureyan. Platforma rêzgirtinê ya Yek-Molekulê ya Rast-Time (SMRT) ya PacBio bi peydakirina xwendina dirêj a pir rast (HiFi) ya ku amplikonên tev-dirêj vedihewîne, pêşbaziya rastbûna rêziknameya Illumina-yê dike. Vê kapasîteyê dihêle lêkolîneran bigihîjin avantajek bêhempa - dîmenek panoramîkî ya perestgeha genetîkî. Veguheztina dirêjkirî bi girîngî di şîrovekirina cûreyan de, bi taybetî di nav civakên bakterî an fungal de, çareseriyê bilind dike, û dihêle ku têgihîştinek kûr a tevliheviyên nifûsa mîkrobîkî.
-
16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Rêzkirina amplicon bi teknolojiya Illumina re, bi taybetî nîşangirên genetîkî yên 16S, 18S û ITS armanc dike, ji bo zelalkirina fîlogeny, taksonomî, û pirbûna cureyan di nav civakên mîkrobî de rêbazek hêzdar e. Ev nêzîkatî bi rêzgirtina deverên hîperguhêrbar ên nîşankerên genetîkî yên malparêziyê vedihewîne. Bi eslê xwe wekî şopa tiliya molekulî ji hêlaWoeses et aldi sala 1977-an de, vê teknîkê şoreşek profîlên mîkrobiomê bi rê ve birina analîzên bê îzolasyon kir. Bi riya rêzkirina 16S (bakterî), 18S (kevir), û Spacera Veguhastkirî ya Navxweyî (ITS, fungi), lêkolîner dikarin ne tenê cûreyên pirrjimar lê di heman demê de yên kêm û nenas jî nas bikin. Bi berfirehî wekî amûrek bingehîn tête pejirandin, rêzgirtina amplicon di navgîniya berhevokên mîkrobîkî yên cihêreng de li hawîrdorên cihêreng, di nav de devê mirov, rûvî, stoyê, û pê ve, bûye amûrek.
-
Ji nû ve Rêzkirina Tevahiya Genomê ya Bakterî û Fungal
Projeyên ji nû ve rêzgirtina tev-jenomê ya bakterî û fungalî ji bo pêşdebirina genomîka mîkrobial bi îmkana temamkirin û berhevdana genomên mîkrobial girîng in. Ev endezyariya fermentasyonê, xweşbînkirina pêvajoyên pîşesaziyê, û lêgerîna rêyên metabolîzma duyemîn hêsan dike. Wekî din, ji nû ve rêzgirtina fungal û bakterî ji bo têgihiştina adaptasyona hawîrdorê, xweşbînkirina cûrbecûr, û eşkerekirina dînamîkên pêşkeftina genetîkî, bi bandorên berfireh di derman, çandinî û zanistiya hawîrdorê de pir girîng e.
-
Rêzkirina Amplicon PacBio-Tirêj 16S/18S/ITS
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) bi tecrûbeya salan ve di analîza projeya cihêrengiya mîkrobial de hatî pêşve xistin, ku analîza bingehîn a standardkirî û analîza kesane vedihewîne: analîza bingehîn naveroka analîza sereke ya lêkolîna mîkrobîkî ya heyî vedigire, naveroka analîzê dewlemend û berfireh e, û encamên analîzê di forma raporên projeyê de têne pêşkêş kirin; Naveroka analîzên kesane cihêreng e. Nimûne dikarin bêne hilbijartin û pîvan dikarin li gorî rapora analîza bingehîn û armanca lêkolînê bi nermî werin danîn, da ku daxwazên kesane bicîh bînin. Pergala xebitandinê ya Windows-ê, hêsan û bilez.
-
PacBio-Transkriptoma tevahî dirêj (ne-referans)
Daneyên rêzgirtina îsoformên Pacific Biosciences (PacBio) wekî têketinê digire, ev App dikare rêzikên transkriptê yên tev-dirêj (bêyî kombûnê) nas bike. Bi xêzkirina rêzikên tev-dirêj li dijî genoma referansê, transkrîpt dikarin ji hêla genên naskirî, transkript, herêmên kodkirinê, hwd ve werin xweşbîn kirin. Analîza hevbeş a bi daneya rêzgirtina transkrîptoma NGS re di asta transkrîptê de şîrovekirina berfirehtir û pîvandina rasttir di derbirînê de dike, ku bi giranî sûdê werdigire îfadeya cihêreng a jêrîn û analîza fonksiyonel.
-
Rêzkirina Bisulfitê ya Nûnertiya Kêmkirî (RRBS)
Rêzkirina Bisulfitê ya Nûneratiya Kêmkirî (RRBS) di lêkolîna methylasyonê ya DNA de wekî alternatîfek lêçûn û bikêr ji Rêzkirina Bisulfitê ya Tevahiya Genome (WGBS) derketiye holê. Dema ku WGBS bi vekolîna tevahiya genomê di çareseriya bingehîn de têgihiştinên berfireh peyda dike, lê lêçûna wê ya bilind dikare bibe faktorek sînordar. RRBS bi analîzkirina bijartî beşek nûnerê genomê bi stratejîkî vê dijwariyê kêm dike. Ev metodolojî xwe dispêre dewlemendkirina herêmên CpG-dewlemend ên girava CpG ji hêla perçebûna MspI ve li dûv bijartina mezinahiya perçeyên 200-500/600 bps. Ji ber vê yekê, tenê deverên nêzî giravên CpG têne rêz kirin, dema ku yên ku giravên CpG yên dûr in ji analîzê têne derxistin. Ev pêvajo, bi rêzgirtina bisulfîtê re, rê dide vedîtina bi rezîliya bilind a metîlasyona DNA, û nêzîkatiya rêzgirtinê, PE150, bi taybetî li ser dawiya navberan li şûna navîn, balê dikişîne, karûbariya profîla metilasyonê zêde dike. RRBS amûrek nirxdar e ku lêkolîna methylasyonê ya DNA-ya lêçûn-bandor dike û zanîna mekanîzmayên epigenetîk pêşve dike.
-
Rêzkirina RNAya Prokaryotî
Rêzkirina RNA di bin şert û mercên taybetî de profîlkirina berfireh a hemî transkriptên RNA di nav hucreyan de hêz dike. Ev teknolojiya pêşkeftî wekî amûrek hêzdar kar dike, profîlên vegotina genê ya tevlihev, strukturên genê, û mekanîzmayên molekulî yên ku bi pêvajoyên cihêreng ên biyolojîkî ve girêdayî ne vedike. Bi berfirehî di lêkolîna bingehîn, tespîtkirina klînîkî û pêşkeftina dermanan de hatî pejirandin, rêzgirtina RNA di nav tevliheviyên dînamîkên hucreyî û rêziknameya genetîkî de têgihiştinan pêşkêşî dike. Pêvajoya nimûneya RNAya meya prokaryotî ji bo transkrîptomên prokaryotî hatî çêkirin, ku tê de kêmkirina rRNA û amadekirina pirtûkxaneya rêwerz tê de ye.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina Metatranscriptome
Bi karanîna teknolojiya rêziknameya Illumina, karûbarê rêzgirtina metatranscriptome ya BMKGENE vebêja genê dînamîkî ya cûrbecûr mîkroban, ku eukaryotan heya prokaryotes û vîrusan vedihewîne, di nav hawîrdorên xwezayî yên wekî ax, av, derya, stû û rûvî de vedike. Karûbarê meya berfereh hêz dide lêkolîneran ku li profîlên bêkêmasî yên îfadeya genê ya civakên mîkrobîkî yên tevlihev bigerin. Ji analîza taksonomîkî wêdetir, karûbarê meya rêzgirtina metatranscriptome vekolîna di dewlemendkirina fonksiyonel de hêsantir dike, ronahiyê dide genên bi rengek cûda û rola wan. Gava ku hûn li perestgehên tevlihev ên vegotina genê, cihêrengiya taksonomî, û dînamîkên fonksiyonel ên di nav van cihêrengên hawîrdorê yên cihêreng de rêve dibin, gelek têgihîştina biyolojîkî derxînin holê.
-
De novo Meclîsa Genome Fungal
BMKGENE ji bo genomên fungal çareseriyên piralî pêşkêşî dike, ji hewcedariyên lêkolînê yên cihêreng û tambûna genomê ya xwestî re peyda dike. Bikaranîna rêziknameya Illumina-ya-xwendinek tenê tenê destûrê dide hilberîna pêşnumayek genomê. Xwendinên kurt û rêzikên dirêj-xwendin ên ku bi karanîna Nanopore an Pacbio têne bikar anîn ji bo jenomek fungalî ya safîtir û bi rêjeyên dirêjtir têne hev kirin. Wekî din, entegrekirina rêzikên Hi-C kapasîteyên bêtir zêde dike, ku bigihîje genomek bêkêmasî ya asta kromozomê.
