-
Têkiliya Kromatînê ya li ser bingeha Hi-C
Hi-C rêbazek e ku ji bo girtina veavakirina genomîk bi berhevkirina danûstendinên li ser bingeha nêzikbûnê û rêzgirtina berbi-bilind ve hatî çêkirin hatî çêkirin. Rêbaz li ser girêdana kromatînê ya bi formaldehîdê ve girêdayî ye, li dûv wê helandin û ji nû ve girêdana bi vî rengî ku tenê perçeyên ku bi hevahengî ve girêdayî ne dê hilberên girêdanê çêbikin. Bi rêzkirina van hilberên lîgasyonê, meriv dikare rêxistina 3D ya genomê lêkolîn bike. Hi-C vekolîna belavkirina beşên genomê yên ku bi sivikî têne pak kirin (parçeyên A, euchromatin) û îhtîmal e ku ji hêla veguheztinê ve çalaktir in, û deverên ku hişktir têne pak kirin (parçeyên B, Heterochromatin) vekolîn dike. Her weha Hi-C dikare were bikar anîn ji bo destnîşankirina Domênên Têkildar ên Topolojîkî (TAD), deverên genomê yên ku xwedan strukturên pelçiqandî ne û îhtîmal e ku şêwazên vegotinê yên mîna wan hebin, û ji bo destnîşankirina xelekên kromatîn, herêmên DNA yên ku ji hêla proteînan ve bi hev ve girêdayî ne û pir caran di hêmanên birêkûpêk de dewlemend dibin. Karûbarê rêzgirtina Hi-C ya BMKGene hêz dide lêkolîneran ku pîvanên cîhêyî yên genomîkê bikolin, rêyên nû ji bo têgihiştina rêziknameya genome û bandorên wê yên di tenduristî û nexweşiyê de vedikin.
-
Rêzkirina Immunoprecipitation Chromatin (ChIP-seq)
Kromatîn Immunoprecipitation (CHIP) teknolojiyek e ku antîkoran bikar tîne da ku proteînên girêdana DNA û armancên genomîk ên têkildar bi bijartî dewlemend bike. Yekbûna wê bi NGS re profîlkirina genom-berfireh a armancên DNA-yê yên ku bi guheztina hîstone, faktorên veguheztinê, û proteînên din ên girêdana DNA-yê ve girêdayî ne gengaz dike. Ev nêzîkatiya dînamîkî berhevdana malperên girêdanê di nav cûrbecûr hucre, tevn, an şert û mercên cihêreng de dihêle. Serîlêdanên ChIP-Seq ji xwendina rêziknameya transkrîpsiyonê û rêyên pêşkeftinê heya ronîkirina mekanîzmayên nexweşiyê vedihewîne, ku wê ji bo têgihîştina perestgehên rêziknameya genomîk û pêşdebirina têgihîştinên dermankirinê dike amûrek domdar.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Rêzkirina bisulfîtê ya tevahî genom (WGBS)
Tevahiya Genom Bisulfite Sequencing (WGBS) wekî rêbazek zêr-standard ji bo vekolîna kûr a metilasyona ADN-ê, nemaze pozîsyona pêncemîn di cytosine (5-mC), rêgezek bingehîn a vegotina genê û çalakiya hucreyî de radiweste. Prensîba bingehîn a WGBS tedawiya bisulfîtê vedihewîne, veguheztina sîtosînên nemetîlîkirî ji bo uracil (C ber U) vedigire, di heman demê de sîtosînên methylated neguhezîne. Vê teknîkî çareseriya yek-bingehek pêşkêşî dike, ku rê dide lêkolîneran ku bi berfirehî li metîlomê lêkolîn bikin û şêwazên metîlasyonê yên nenormal ên ku bi şert û mercên cihêreng ve girêdayî ne, bi taybetî kanserê veşêrin. Bi karanîna WGBS, zanyar dikarin di derheqê perestgehên metilasyonê yên li seranserê genomê de têgihiştinên bêhempa bi dest bixin, ku têgihiştinek nuwaze ya mekanîzmayên epigenetîk ên ku di bin pêvajo û nexweşiyên biyolojîkî yên cihêreng de ne peyda dikin.
-
Assay ji bo kromatîna Transposase-Gihîn bi Rêzkirina Rêjeya Bilind (ATAC-seq)
ATAC-seq teknolojiyek rêzgirtinê ya berbelav e ku ji bo analîza gihîştina kromatînê ya berfireh a genomê tê bikar anîn. Ew bikar tîne têgihiştina kûr a mekanîzmayên tevlihev ên kontrola epigenetîk a gerdûnî ya li ser vegotina genê peyda dike. Rêbaz transposaza Tn5-a hîperaktîf bikar tîne da ku bi danasîna adaptorên rêzgirtinê ve bi hevdemî deverên kromatîn vekirî perçe bike û nîşan bide. Dûv re zêdekirina PCR encam dide ku pirtûkxaneyek rêzgirtinê çêbike, ku destûrê dide nasîna berfireh a herêmên kromatîn ên vekirî di bin şert û mercên cîh-dem de. ATAC-seq, berevajî rêbazên ku bi tenê li ser malperên girêdana faktora transkripsiyonê an deverên taybetî-guhartî yên hîstone-ê disekinin, nêrînek tevdeyî peyda dike. Bi rêzkirina van herêmên kromatînê yên vekirî, ATAC-seq herêmên bi îhtîmala rêzikên rêziknameyê yên çalak û cihên girêdana faktora veguheztinê ya potansiyel eşkere dike, li ser modulasyona dînamîkî ya vegotina genê li seranserê genomê nihêrînên hêja peyda dike.
-
Rêzkirina Bisulfitê ya Nûnertiya Kêmkirî (RRBS)
Rêzkirina Bisulfitê ya Nûneratiya Kêmkirî (RRBS) di lêkolîna methylasyonê ya DNA de wekî alternatîfek lêçûn û bikêr ji Rêzkirina Bisulfitê ya Tevahiya Genome (WGBS) derketiye holê. Dema ku WGBS bi vekolîna tevahiya genomê di çareseriya bingehîn de têgihiştinên berfireh peyda dike, lê lêçûna wê ya bilind dikare bibe faktorek sînordar. RRBS bi analîzkirina bijartî beşek nûnerê genomê bi stratejîkî vê dijwariyê kêm dike. Ev metodolojî xwe dispêre dewlemendkirina herêmên CpG-dewlemend ên girava CpG ji hêla perçebûna MspI ve li dûv bijartina mezinahiya perçeyên 200-500/600 bps. Ji ber vê yekê, tenê deverên nêzî giravên CpG têne rêz kirin, dema ku yên ku giravên CpG yên dûr in ji analîzê têne derxistin. Ev pêvajo, bi rêzgirtina bisulfîtê re, rê dide vedîtina bi rezîliya bilind a metîlasyona DNA, û nêzîkatiya rêzgirtinê, PE150, bi taybetî li ser dawiya navberan li şûna navîn, balê dikişîne, karûbariya profîla metilasyonê zêde dike. RRBS amûrek nirxdar e ku lêkolîna methylasyonê ya DNA-ya lêçûn-bandor dike û zanîna mekanîzmayên epigenetîk pêşve dike.
