Heatmap
Amûra Heatmap pelek daneya matrixê wekî têketinê qebûl dike û destûrê dide bikarhêneran ku daneyan fîlter, normalîze û kom bikin. Doza karanîna bingehîn a ji bo nexşeyên germê analîza komê ya asta îfadeya genê di navbera nimûneyên cihêreng de ye.
Gene Annotation
Amûra Annotation Gene annotationa genê li ser bingeha rêzgirtina pelên têketina FASTA li dijî databasên cihêreng pêk tîne.
Amûra Lêgerînê ya Rêzkirina Herêmî ya Bingehîn (BLAST)
Amûra BLAST guhertoyek yekbûyî ya BMKCloud a NCBI BLAST e û dikare were bikar anîn da ku heman fonksiyonan bi karanîna daneyên ku li hesabê BMKCloud hatî barkirin pêk bîne.
CDS_UTR Pêşbîniya
Amûra Pêşbîniya CDS_UTR ji bo pêşbînkirina herêmên kodkirinê (CDS) û herêmên ne-kodkirî (UTR) di rêzikên veguhêz ên li ser bingeha encamên BLAST-ê de li dijî databasên proteîn ên naskirî û encamên pêşbîniya ORF-ê hatî çêkirin hatî çêkirin.
Plot Manhattan
Amûra Manhattan Plot pêşandana ceribandinên nimûneyên bilind pêk tîne û bi gelemperî di lêkolînên komeleya genom-berfireh (GWAS) de tê bikar anîn.
Diagrama Circos
Amûra CIRCOS Diagram dîmenek bikêrhatî peyda dike ka meriv çawa taybetmendiya genomîk li ser genomê tê belav kirin. Taybetmendiyên hevpar cihokên mîqdar, SNP, InDels, guhertoyên hejmarên strukturel û kopî hene.
Gene Ontolojiya (GO) Zêdekirina
Amûra GO Enrichment analîza dewlemendkirina fonksiyonel peyda dike. Nermalava bingehîn a di vê amûrê de pakêta TopGO-Bioconductor e, ku tê de analîza vegotina cihêreng, analîza dewlemendkirina GO û dîtina encaman vedihewîne.
Analîzkirina Tora Hev-derbirînê ya Genê (WGCNA)
WGCNA ji bo vedîtina modulên hev-îfadekirina genê rêbazek hilberandina daneyê ye ku pir tê bikar anîn. Ew ji bo daneyên vegotinê yên cihêreng, tevî daneyên îfadeya genê mîkroarray û NGS, tê sepandin.
InterProScan
Amûra InterProScan analîz û dabeşkirina rêza proteîna InterPro peyda dike.
HERIN KEGG zengînkirin
Amûra Zehfkirina GO KEGG sêwiranek e ku li ser bingeha komek genê ya peydakirî û annotasyona têkildar, histogramek dewlemendkirina GO, histograma dewlemendkirina KEGG û rêça dewlemendkirina KEGG-ê çêbike.