Plant / Animal De Novo Genome Sequencing
De novoSEQUENCING ji avakirina cûrbecûr cûrbecûr cûrbecûr 'bi karanîna teknolojiyên seqonencing di nebûna genimek referansê de bikar tîne. Pêşkeftin û berfirehkirina berfireh a rêzgirtina nifşê ya sêyemîn, ku tê xwendinên dirêjtir, bi zêdebûna dorpêçê di navbera xwendinê de civata Genome zêde kir. Ev zêdebûn bi taybetî têkildar e dema ku meriv bi genimên dijwar re, ji wan re heterozygosity bilind, polyploid û herêmên dubare, an tevliheviya bilind a ku bi gelemperî bi karanîna rêzika kurt-xwendinê têne hesibandin tenê.
Solutionareseriya yek-ya yek-sekinîn karûbarên rêzimanî yên yekgirtî û analîzên biyoinformatic ên ku ji nû ve qalîteya ku ji Genome komek mezin radest dike. Lêkolînek bingehîn a Illumina bi size û tevliheviya genomê peyda dike, û ev agahdarî ji bo rêberîkirina gavavêtinê ya dirêj-xwendinê ya bi Pacbio Hifi, li pey hev tê bikar anînde novoMeclîsa Contigs. Bikaranîna paşê ya meclîsa HIC-ê dihêle ankorkirina konteyneran li genomê, ku meclîsa asta kromozome bistîne. Di dawiyê de, genim bi pêşgotina genim û bi rêzgirtinê bi genimê ve hatî vegotin, li ser genimê bi vegotinên bi xwendina kurt û dirêj ve hatî vegotin.
Taybetmendiyên karûbar
● Yekeserkirina karûbarên pirjimar û bioinformatic di çareseriyek yek-rawestanê de:
Lêkolîna Genome bi Illumina re ku Size Size û rêberên paşê rêber bike;
Ji bo xwendina xwendinê ya dirêjde novoMeclîsa Contigs;
Hi-C sequencing ji bo anchoring kromozome;
MRNA Sequencing Ji bo Annotation of Genes;
Erêkirina Meclîsê.
● Xizmet ji bo genomên avakirina romanê an başkirina genomên referansa heyî ji bo cûreyên berjewendiyê.
Karûbarên karûbar
Pêşveçûna platformên sequencing û bioinformatics inde novoMeclîsa Genome
(Amarasinghe sl et al.,Biyolojiya Genome, 2020)
●Recordise Extensise and Weşanger: BMKGene di civîna genimê ya kalîteya bilind a cûrbecûr cûrbecûr cûrbecûr cûrbecûr de, di nav de genomên diploid û genomên pir tevlihev ên polyploid û cûreyên allopolyploid. Ji sala 2018-an vir ve, me ber bi ser ve kir300 Weşanên Bandora Hightê, û 20+ ji wan di genetîkî xwezayê de têne weşandin.
● çareseriya yek-sekinîn: Helwesta me ya yekbûyî ji teknolojiyên hevbeş û analîzên biyoinformatic re di nav xebatek hevgirtî de hevber dike, ku merivek hevbeş a hevgirtî peyda dike.
●Li gorî hewcedariyên we hatine xemilandin: Karûbarê karûbarê me xweşbîn e, destûr dide ku adaptasyona ji bo genomên bi taybetmendiyên cihêreng û hewcedariyên lêkolîna taybetî. Ev di nav de genomên giyanî, genomên polyploid, genomên pir heterozygous, û bêtir jî hene.
●Bioinformatics bioinformatics û tîmê kedkar: Bi ezmûna mezin a li pêşberî ezmûnên ezmûnî û bioinformatics of Commlex Complex û rêzek patent û nermalava nermalavê.
●Piştgiriya piştî firotanê:Baweriya me ji serdema karûbarê 3-mehî ya 3-mehî derbas dibe. Di vê demê de, em follow-up-up proje pêşkêş dikin, arîkariya pirsgirêkan, û Q & A danişîn ji bo çareserkirina her pirsnameyên têkildar.
Taybetmendiyên karûbar
| Lêkolîna Genome | Meclîsa Genome | Asta kromozom | Annotasyona Gence |
| 50x illumina novaseq pe150
| 30x Pacbio CCS HIFI dixwîne | 100x Hi-C | RNA-SEQ IlLON ILL ILL ILL ILL ILLLANKINA PE150 10 GB + (bixwe) Full Length RNA-SEQ PACBIO 40 GB OR Nanopore 12 GB |
Pêdiviyên karûbarê
Ji bo Lêkolîna Genome, Meclîsa Genome û Meclîsa Hi-C:
| Tansiyon an acîdên nukleîk derxist | Lêkolîna Genome | Meclîsa Genome bi Pacbio | Meclîsa Hi-C |
| Viscera heywan | 0.5-1 G
| ≥ 3.5 g | ≥2 G |
| Masûlkeya heywanan | ≥ 5 G | ||
| Xwîna mammalian | 1.5 Ml
| ≥ 5 ML | ≥2 ML |
| Poultry / Xwîna Fish | ≥ 0.5 ml | ||
| Nebat- pelika nû | 1-2 g | ≥ 5 G | ≥ 4 G |
| Hucreyên çandî |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Mêşik | 0.5-1 G | ≥ 3 G | ≥ 2 G |
| DNA derxist | Hêjbûn: ≥1 ng / μl Mîqdara ≥ 30 ng Sînorkirin an jî bêserûberbûn an konteynir | Hêjbûn: ≥ 50 ng / μl Mêjû: 10 μg / hucreya / nimûneyê OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Sînorkirin an jî bêserûberbûn an konteynir |
-
|
Ji bo Annotation Genome bi transcriptomics:
| Tansiyon an acîdên nukleîk derxist | Illumina TranscripTome | Transcriptome pacbio | NANOPORE tripriptome |
| Plant- root / stem / petal | 450 mg | 600 mg | |
| Nebat - pel / tov | 300 mg | 300 mg | |
| Nebat - fêkî | 1.2 G | 1.2 G | |
| Dilê heywanê / zikê | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera heywan / mejî | 240 mg | 240 mg | |
| Masûlkeya heywanan | 450 mg | 450 mg | |
| Hestiyên heywanan / por / çerm | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - Insant | 6 | 6 | |
| Arthropod -Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Tevahiya xwînê | 1 Tube | 1 Tube | |
| RNA derxist | Hêjbûn: ≥ 20 ng / μl Mîqdara ≥ 0.3 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s / 18s≥1 | Hêjbûn: ≥ 100 ng / μl Mîqdara ≥ 0.75 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s / 18s≥1 | Hêjbûn: ≥ 100 ng / μl Mîqdara ≥ 0.75 μg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28s / 18s≥1 |
Delivery Nimûneya Pêşniyar
Container: 2 ML Centrifuge TUBE (Foil Tin nayê pêşniyar kirin)
(Ji bo piraniya nimûneyan, em pêşniyar dikin ku hûn di etanol de biparêzin.)
Labelê nimûneyê: Divê nimûneyên bi rengek nîşankirî ya agahdariya agahdariyê bi zelalî û identical bin.
Ipmentandina: Dy-berfê: Divê nimûneyên pêşî li bagên pêşîn werin pak kirin û di berfê ya hişk de werin veşartin.
Xebata xebatê
Karê karûbarê diherike
Sêwirana ezmûnê
Delivery Sample
DNA derxistin
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzikname
Analîziya daneyê
Karûbarên piştî firotanê
Analîzên bioinformatic temam bikin, di 4 gavan de veqetandî:
1) Lêkolîna Genome, li ser bingeha analîzên K-Mer bi NGS dixwîne:
Texmîna mezinahiya genomê
Texmîna heterozygosity
Texmînên herêmên dubare
2) Meclîsa Genome bi Pacbio HiFi:
De novocivîn
Nirxandina Meclîsê: Di nav de Analîziya Busco ji bo temamiya Genome û nexşeya paşiya NGS û Pacbio HiFi dixwîne
3) Meclîsa Hi-C:
QC-ê Pirtûkxaneya Hi-C: texmîna danûstandinên HI-C yên derbasdar
Meclîsa Hi-C: Kevirên Contigs di koman de, li pey fermanberdana kontig di nav her komê de û destnîşankirina contig
Nirxandina Hi-C
4) Annotation Genome:
Pêşbîniya RNA ya ne-kodkirinê
Nasnameya rêzikên dubare (transposon û dubareyên tandem)
Pêşbîniya Gene
§De novo: AB Initio Algorithm
§ Li ser bingeha homolojiyê
§ Li ser bingeha transcriptome, bi xwendina dirêj û kurt: xwendin inde novoberhev kirin an nexşe ji pêşnumaya genomê re
§ Annotasyona Genesên Pêşbînkirî bi Databasên Pirjimar
1) Lêkolîna Genome- K-Mer Analysis
2) Meclîsa Genome
2) Meclîsa Genome - Pacbio HiFi li pêşnumaya Meclîsê dixwîne
2) Meclîsa Hi-C - texmînên li ser hevokên danûstendina Hi-C
3) Nirxandina Post-Civîna Hi-C
4) Annotation Genome - Yekbûna Genên Pêşbînkirî
4) Annotasyona Genome - Annotation Genes texmîn kir
Pêşkeftinên ku ji hêla Karûbarên Meclîsê yên Novo Genome Bi Bi Koleksiyonek Curated ya weşanê ve hatine lêgerîn:
Li, C. et al. (2021) 'Sequences Genome rêyên belavkirî yên cîhanî eşkere dike û adaptasyonên genetîkî yên Convergent di Seahorse de, ragihandina xwezayî, 12 (1) pêşniyar dike. DOI: 10.1038 / S41467-021-21379-x.
Li, Y. ET AL. (2023) 'Guhertinên Chromosomal Mezinahî dihêle Guherandinên Genome-asta, adaptasyona jîngehê, û nîgarê li Gayal (bos frontalis)', biyolojiya molekul û pêşveçûnê, 40 (1). DOI: 10.1093 / Molbev / MSAD006.
Tian, T. Et Al. (2023) 'Meclîsa Genome û Tevlêhevkirina Genetîkî ya Mizgîniya Mizgîniyê ya Berfirehî Germplasm', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), PP. 496-506. DOI: 10.1038 / S41588-023-01297-y.
Zhang, F. Et Al. (2023) 'Derxistina pêşkeftina biosyntesiya tropane alkaloid bi analîzkirina du genomê li malbata Solanaceae', Nature ragihandin 2023 14: 1, 14 (1), rûpel. 1-18. DOI: 10.1038 / S41467-023-37133-4.
Lêkolînên doza dijwar:
Meclîsa Telomere-to-Telomere:Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-to-Telomere Meclîsa Bitter Melon (Momordica Charantia L. Var. Kurtefîlma Serhildanê, pêkhatina taybetmendiyên genetîkî', lêkolîna horticulture, 10 (1). DOI: 10.1093 / HR / UHAC228.
Meclîsa haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Genoma Allele-diyarkirî di dema cassava derxistina cassava de cendirmeyan cassava, 14 (6), rûpel 851-854 eşkere dike. DOI: 10.1016 / J.MOLP.2021.04.009.
Meclîsa Giant Genome:Yuan, J. Et Al. (2022) 'bingeha genomîkî ya giga-kromozomes û giga-genoma darê peony paeonia ostii', xwezayê ragihandinê 2022 13: 1, 13 (1), rûpel. 1-16. DOI: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
Meclîsa Genome Polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Insêwazên genomîk ên di nav kêmkirina kromozomê ya nû ya Autopolyploid Sugarcane Saccharum Spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), PP. 885-896. DOI: 10.1038 / S41588-022-01084-1.
