PacBio 2+3 Çareseriya mRNA ya Tev-Deng
Features
● Sêwirana xwendinê:
Nimûneya berhevkirî bi PacBio ve hatî rêz kirin da ku isoformên transkriptê nas bike
Nimûneyên ji hev veqetînin (berbiçav û şertên ku bêne ceribandin) bi rêzgirtinêNGS ji bo pîvandina îfadeya transkriptê
● Rêzkirina PacBio di moda CCS de, xwendina HiFi çê dike
● Rêzkirina tevnenivîsên tev-dirêj
● Analîz ne hewceyî genomek referansê ye; Lêbelê, ew dikare were xebitandin
● Analîzkirina biyoinformatîk ne tenê îfadeya di asta genê û îsoformê de lê di heman demê de analîza lncRNA, tevhevkirina genan, poly-adenylation, û avahiya genê jî vedihewîne.
Avantajên
● Rastiya Bilind: HiFi bi rastbûna > 99.9% (Q30) dixwîne, bi NGS re hevber
● Analîza Splicing Alternatîf: Rêzkirina hemî transkrîpsiyonan nasîn û taybetmendiya îsoformê dike.
● Têkiliya Hêzên PacBio û NGS: di asta îsoformê de mîqdarkirina derbirînê çalak dike, guheztina ku dibe ku were mask kirin dema ku tevahiya vegotina genê analîz dike
● Pisporê Berfireh: bi tomarek şopandina temamkirina zêdetirî 1100 projeyên transkrîptomeya tev-dirêj a PacBio û hilanîna zêdetirî 2300 nimûneyan, tîmê me ji her projeyê re dewlemendiyek ezmûnek tîne.
● Piştgiriya Piştî Firotanê: pabendbûna me ji temamkirina projeyê bi serdemek karûbarê piştî firotanê ya 3 mehan dirêj dibe. Di vê demê de, em şopandina projeyê, arîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û danişînên Q&A pêşkêşî dikin da ku pirsên ku bi encaman ve girêdayî ne çareser bikin.
Sample Requirements û Delivery
| Pirtûkxane | Stratejiya rêzgirtinê | Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola Kalîteyê |
| Pirtûkxaneya mRNA CCS ya dewlemendkirî ya PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A dewlemend kirin | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotîd
|
| Pevçûn (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijiya | Linavketinî |
| Pirtûkxaneya Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Ji bo nebatan: RIN≥4.0; Ji bo heywanan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
| Pirtûkxaneya PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Nebat: RIN≥7.5 Heywan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Peldanka tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Barkirin:
1. Qeşa hişk:Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pak kirin û di nav qeşa hişk de bêne veşartin.
2. Tîpên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabîlîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.
Di nav de analîzên jêrîn hene:
Kontrola kalîteya daneya xav
Analîza Polyadenylasyonê ya Alternatîf (APA)
Analîzkirina transkrîpta Fusion
Analîza Splicing Alternatîf
Analîzkirina Ortologên Yek-Copy Gerdûnî (BUSCO).
Analîzkirina veguheztina romanê: pêşbînkirina rêzikên kodkirinê (CDS) û şîrovekirina fonksiyonel
Analîza lncRNA: pêşbîniya lncRNA û hedefan
Nasnameya MicroSatelite (SSR)
Analîzên Veguheztinên Ciyawaz (DET).
Analîzkirina Genên Ciyawazkirî (DEG).
Şîrovekirina fonksiyonel a DEG û DET
analîza BUSCO
Analîza Splicing Alternatîf
Analîza Polyadenylasyonê ya Alternatîf (APA)
Genên Ciyawazkirî (DEG) û Veguhastin (anlaysis DETs9).
Torên pêwendiya proteîn-proteîn ên DET û DEG
Pêşveçûnên ku ji hêla BMKGene PacBio 2+3-a rêzgirtina tev-dirêj a mRNA-yê bi navgîniya berhevokek weşanan ve hatî hêsan kirin vekolin.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dînamîkên pêşkeftinê yên transkriptoma stûna Populus', Kovara Biyoteknolojiya Nebatê, 17 (1), rûpel 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Guhertinên Dînamîkî yên Di Naveroka Ascorbic Acid de Di dema Pêşkeftina Fêkî û Ripening a Actinidia latifolia (Xwezek Fêkî ya Dewlemend-Ascorbate) û Mekanîzmayên Molekulî yên Têkildar', Kovara Navneteweyî ya Zanistên Molecular, 23(10), r. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Pêşbînkirina bi bandor a genên rêça biosentetîkî yên ku di polîfîlên biyoaktîf ên li Parîsê polyphylla de beşdar dibin', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), rûpel 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Analîzkirina PacBio Iso-Seq û Illumina RNA-Seq ya Hevbeş a Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome û Genên Cytochrome P450', Kêzik, 14(4), r. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Lêkolînek li ser tevliheviya transkrîptomê bi karanîna analîza rast-molekûl a PacBio ya bi rêzgirtina RNA ya Illumina re ji bo têgihiştinek çêtir a biosenteza asîda ricinoleic li Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), rûp. 1-17. doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9 / WÊNE / 7.
