Rêzkirina mRNA-NGS-ya ne-Referans
Features
● Girtina mRNA ya poly berî amadekirina pirtûkxaneyê
● Serbixwe ji her genomê referansê: li ser bingeha kombûna de-novo ya transkrîptê, çêkirina navnîşek yekjenên ku bi gelek databasan ve hatine şîrove kirin (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analîzek biyoinformatîk a berfireh a vegotina genê û avahiya transkriptê
Avantajên Service
●Pisporê Berfireh: digel tomarek şopandina pêvajoyên zêdetirî 600,000 nimûneyan li BMKGENE, ku cûrbecûr cûrbecûr nimûneyên wekî çandên hucreyê, tevnvîs û şilavên laş vedihewîne, tîmê me ji her projeyê re ezmûnek dewlemend tîne. Me zêdetirî 100,000 projeyên mRNA-Seq di warên cihêreng ên lêkolînê de bi serfirazî girtiye.
●Kontrola Kalîteyê ya hişk: Em xalên kontrolê yên bingehîn di hemî qonaxan de bicîh dikin, ji amadekirina nimûne û pirtûkxaneyê bigire heya rêzkirin û biyoinformatics. Vê çavdêriya berbiçav peydakirina encamên domdar ên bi kalîte misoger dike.
● Annotation Berfireh: Em gelek databasan bikar tînin da ku bi fonksiyonel Genên Bi Ciyawazî Derbirkirî (DEG) şîrove bikin û analîza dewlemendkirina têkildar pêk bînin, li ser pêvajoyên hucreyî û molekulî yên ku di binê bersiva transkrîptomê de ne agahdarî peyda dikin.
●Piştgiriya Post-Firotinê: pabendbûna me ji temamkirina projeyê bi serdemek karûbarê piştî firotanê ya 3-mehî dirêj dibe. Di vê demê de, em şopandina projeyê, arîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û danişînên Q&A pêşkêşî dikin da ku pirsên ku bi encaman ve girêdayî ne çareser bikin.
Sample Requirements û Delivery
| Pirtûkxane | Stratejiya rêzgirtinê | Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola Kalîteyê |
| Poly A dewlemend kirin | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Pêdiviyên Nimûne:
Nukleotîd:
| Pevçûn (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijiyê | Linavketinî |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Ji bo nebatan: RIN≥4.0; Ji bo heywanan: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
● Nebat:
Root, Stem an Petal: 450 mg
Pel an tov: 300 mg
Fêkî: 1,2 g
● Heywan:
DIL an Rovî: 300 mg
Viscera an Mejî: 240 mg
Masûlk: 450 mg
Hestî, por an çerm: 1g
● Arthropods:
Kêzik: 6g
Crustacea: 300 mg
● Tevahiya xwînê: 1 lûle
● Şane: 106 hucreyan
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Polê tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Barkirin:
1. Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pakkirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
2. Tîpên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabîlîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.
Xizmeta Kar Herikîna
Design Experiment
Sample delivery
Derxistina RNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Bioinformatics
Civîna transcriptome û hilbijartina yekgene
Annotation Unigene
Têkilî û nirxandina nimûneyên dubareyên biyolojîkî
Genên Ciyawazkirî (DEG)
Annotation Fonksiyonel yên DEGs
Dewlemendkirina Fonksiyonel ya DEG
Pêşketinên ku ji hêla karûbarên rêzkirina eukaryotîkî yên NGS mRNA yên BMKGene ve têne hêsan kirin bi navgîniya berhevokek belavokan vekolin.
Shen, F. et al. (2020) 'Civîna transkrîptoma de novo û vegotina genê ya zayendperest di gonadên pisîkê Amur de (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), rûp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analîzasyona transkrîptomê ya metabolîzma sukrozê di dema werimandin û pêşkeftina pîvazê de (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (Îlon), r. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Ji bo transkriptoma Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2) kombûn, taybetmendî û şîrovekirina de novo. doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analîzasyona transkrîptomeya de novo li ser tolerasyona xwê ya Podocarpus macrophyllus di bin stresa şoriyê de têgihiştinan peyda dike', BMC Plant Biology, 21 (1), rûpel 1–17. doi: 10.1186 / S12870-021-03274-1 / WÊNE / 9.
