Mrna-seq (ngs) bi Genoma Reference

Mrna-seq (ngs) bi Genoma Reference

RNA-SEQ amûrek standard li seranserê jiyanê û zayendên zeviyê ye, di navbera genom û proteomesê de diqulipîne. Hêza wê di kifşkirina transkriptên nû de vedîtin û vegotina wan di yek tezebûnê de hejmartin. Ew bi berfirehî ji bo lêkolînên transcriptomic ên tevlîhevkirî, ronahiya li ser genên têkildarî cûrbecûr an fenotipesê, mîna berhevkirina mutantan an eşkerekirina peyvên genimê di bin şert û mercên genimê de. BmkCloud MrNa (Refavkanî) Sepapemeniyê, analîzkirina vegotinê ya damezrandin Bikarhêner dikarin daneyên RNA-SEQ-ê bi ewran re hilînin, li ku derê sepanê çareseriyek analîzasyona bioinformatic a bioinformatic pêşkêşî dike. Wekî din, ew di ezmûna xerîdar de pêşiya xwe dike, operasyonên kesane yên ku ji hewcedariyên taybetî yên bikarhêneran têne xemilandin. Bikarhêner dikarin parametreyan bicîh bikin û ji xwe re peywira Pipeline bicîh bikin, daneyên danûstendinê binihêrin, daneyên / diagram û daneyên daneyên bêkêmasî bibînin, wekî: Hilbijartina fonksiyonel, diagram, diagmamming, hwd.

Encamên Demo

Daneyên mining

Hewcedariya parastinê

Analîzên sereke

Balkêşî

Encamên Demo

Daneyên mining

Hewcedariya parastinê

Rawesta axaftevan:Illumina, Mgi
Stratejîk:Rna-seq
Rêz: Paried, paqij-daneyên.
Tîpa pirtûkxaneyê:fr-Unstranded, fr-FirstStrand an fr-Secondstrand
Bi dirêjahî bixwînin:150 BP
Cureya pelê:* .fastq, * .fq, * .fastq.gz an * .fq.gz. Pergal dêLi gorî navên pelên Thier bixweber pelên .fastq hene,Mînak * _1.fastq bi * ._ 2.fastq.
Hejmara nimûneyan:Li ser hejmarê sînorkirin tuneya nimûneyan, lê dema analîzê dê wekî hejmaranimûneyên mezin dibin.
Dravê daneyê pêşniyar kirin:6G Per Sample

Analîzên sereke

Analîzên sereke û alavên bioinformatic yên Mrna-seq (referans)Pipeline wiha ye:

1 Kontrola Qalîteya Rawdata:

• rakirina rêzikên kalîteyê, rêzikên adapter,hwd;

• Amûrên: Pîrasê pêşkeftî;

2 Alignment of daneyên ji Genoma Reference re:

• Li hember algorîtmaya parçebûyî ya li dijîGenoma referansê.

• Amûrên:Hisat2, Samtools

3 Analîzên kalîteya Pirtûkan:

• Analîziya dirêjkirinê, analîziya saturation saturation, hwd.

• Amûrên:Samtools;

4 Analîziya Struktura Sequence:

• Analîzkirina alternatîf, Optimîzasyona Gener,Romana Gene Pêşbînîn, hwd;

• Amûrên:Stringtie, gffcompare, Gat,CEWHER, Navber, ûHmmer.

5 Analîzên vegotinê yên diyar:

• Dîwana DEG, analîzên hev-têkiliyê, fonksiyoneldewlemend;

•Encamên Visualization Cûrbecûr;

•RbiSegseq, Deseq2, ggPlot2, Dexseq

Balkêşî

1 Kim, Daehwan et al. "Graf-based hevgirtin ûgenotyping bi hisat2 û hisat-genotype. "AwaBioteknolojî37 (2019): 907 - 915.

2. Mckenna, Aaron et al. "Amûrek analîzkirina Genome: aMapreduce Framework ji bo analîzkirina DNA-ya Nêzîkdaneyên rêzkirinê. "Lêkolîna Genome20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. "Rêzika rêzgirtinê / forma nexşeyê ûSamtools. "Bioinformatics25 (2009): 2078 - 2079.

4 Perţea, Mihaela et al. "Stringtie baştir dibenûvekirina vegotinek ji RNA-SEQ-ê dixwîne. "AwaBioteknolojî33 (2015): 290-295.

5. Love, Michael I. et al. "Nirxandina nermîn a guhertina fold ûDaxuyaniya daneyên RNA-SEQ-ê bi DESEQ2 re belav bikin. "GenîJîyanzanî15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R .. "Profîlên bilezkirî Hmm Lêgerîn."Plos Biyolojiya Computational7 (2011): n. pag.

Mrna-seq (ngs) bi Genoma Reference

Mrna-seq (ngs) bi Genoma Reference

Gotinek bistînin

Peyama xwe ji me re bişînin: