Evolution Genome
Pnas
Dîroka Pêşkêşker û Diyariya Dîroka Goldfish (Carassius Auratus)
Pacbio | Illumina | Nexşeya Bionano Genome | Meclîsa Hi-C Genome | Nexşeya genetîkî | Gwas | Rna-seq
Highlights
1.Goldfish genome bi guhertoyek meclîsa bilind-kalîteya bilind hate nûkirin, anchoring 95.75% contigs di 50 pseudochomosomomes (Scaffold N50 = 31.84 MB). Du subgenomes nerazî bûn.
2.Genomîk Herêmên Seleptên Selektîf di dema domandinê de ji daneyên serhêl ên 201 kesan hatine nasîn, ji zêdetirî 390 genimên namzetê yên ku bi taybetmendiyên domdariyê ve girêdayî ne.
3.Gava li ser fînala dorsal di golfish ya navdewletî de 378 genimên namzetê yên ku bi potansiyel re têkildar eşkere kir. Nûçegihanek Kinase ya Proteîn-Proteîn-Proteîn wekî namzetek ku bi ziyanê ve girêdayî ye hate nasîn
Paşî
Goldfish (Carassius Auratus) yek ji masîyên herî girîng ên cotkar e, ku ji xalîçeya xaçperest a li Chinaînê kevnar bû. Wan ji hêla Charles Darwin ve hate şîrove kirin wekî "derbasbûna li ser cûrbecûr rengîn a bêsînor, em bi guherînên herî awarte yên avahiyê re hevdîtin dikin". Taybetmendiyên zehf cihêreng û dîroka dirêj ya domandin û cotbûnê ji bo fîzyolojiya masî û pêşveçûnê pergala modela genetîkî ya herî xweş çêbikin.
Destkeftî
Gola Goldfish
JAnalîzkirina Oint of Pacbio û Illon û Illumina Pairing Daneyên Destpêkê 1,657 G Pêşnûmeya Meclîsê (Contig N50 = 474 Kb) dide. Nexşeya Optîkî ya Bionano ji 1.73 GB di mezinahiya (mezinahiya Gloverî ya texmînkirî: 1.8 GB) hate çêkirin û rast kirin. Meclîsa Bingehîn a Hi-C ji 606 kb heya 31.84 MB baştir kir û 95.75% (1.65 GB) rêjeya an anchoring an oriented. Gengdan 56,251 Genên Kodkirinê û 10,098 transkriptek ne-kodkirina dirêj pêk tê. Wekî din, 38 herêmên centromerîk ên potansiyel ji 50 kromozom hatin pêşbîn kirin.
Fig.1 Gundên masîgirê zêrîn
TWo Clear Set of Subgenomes di 50 chromozomên zêrîn de hatin nasîn ku ji encama bûyerek hybridîzasyonê ya kevnar bû. Set of chromosomes bi rêjeya xwendinê ya ku di navbera zêrîn û barbeta de hatî binavkirin (chra01 ~ A25), ango subgenome ji Barbinae re, û yên mayînde wekî subgenomê b (chrb01 ~ b25).
Domandin û sweeps selective
ABi tevahî 16 tîpên çolê û 185 Nûnerên Nûnerê Zêrîn ên Nûnerê Zêrîn bi kûrahiya navîn a nêzîkê 12.5x, daneyên 4.3 Terabases. Analîzkirina phylogenetic û analîzên PCA-yê têkiliyek nêzîk di navbera golika zêrîn a zêrîn û xalîçeya zêrîn a din de, ku paşiya paşîn li du rêzikan dabeş kir.
LD Analysis Decareserkirina li ser çar subpopulasyonên jorîn piştgirî dan hebûna nifûsa genetîkî ya di dema domandin û bijareya hunerî ya bihêz de li masîgir. Pirrengiya genetîkî (π) ji karîkek kronî ya ku ji zêrên zêrîn ên zêrîn ve girêdayî ye û zêrîn zêrîn di dema domdariya wan de bertekek girîng a guherînên genetîkî nîşan da. 50 Herêmên Selektîf ên Seleksiyonê 25.2 MB û 946 Genes ji daneyên nûner hatine nasîn (33 golffish û 16 Crucian Crucia). Analîzkirina analîzên li 201 kesan, 393 genan herêmên sweepên selektîf ên qedandî destnîşan kirin. Van genan ji cûrbecûrbûnên nizm hatine dîtin, ku dibe ku ji fenometreyên ku bi taybetmendiyên serdestiya sereke re têkildar in di nav masîgiriyê de têkildar in.
Fig.3 analîzasyona bingehîn a domdar-têkildar
Gwas li ser masîgiriya axê ya domandî
DOrsal Fin taybetmendiyek sereke ye ku ji zeviyê zêrîn a Zêrîn Wen cuda dike. Gwas of Dorsal Fin li ser 96 Wen Goldfish û 87 hêkên hêkan 378 Genesên namzetê yên li 13 kromozomê belav bûn û belavkirina nediyar a van genimên di navbera subgenomes de têne dîtin. Analîzên fonksiyonel li ser van genimên biyodîkî yên ku pêvajoyên biyolojîkî ronî kirin tevî "nîşana wergirê hucreyê", "Veguhestina Transmetmbrane", "Pêşveçûna Pergala Skeletal", hwd.
Fig.4 Gwas of Dorsal Fin li ser masîgiriya axa domandî
In Gwas of Taybetmendiyên Mezinahiya Zelal, Peakek yekgirtî ya yekgirtî hat tespît kirin. Kevirek genimê ku ji navendên koçber ên proteîn-proteîn-proteîn-ê di yek deverên berendaman de hate destnîşankirin.
FIG.5 GAVA SERBESTIYN PROZANEKE
Balkêşî
Chen d et al. Dîroka Pêşkêşker û Diyariya Diyariya Goldfish (Carassius Auratus). Pnas (2020)
Nûçe Armancên parvekirina bûyerên herî dawî yên serfiraziyê bi teknolojiyên biohankarker re, girtina destkeftiyên zanistî yên nûjen û hem jî teknîkên berbiçav di dema xwendinê de hatine sepandin.
Demjimêra paşîn: Jan-04-2022