Nanopore transkriptoma tevahî dirêj

Rêzkirina transkriptoma Nanopore rêbazek bi hêz e ji bo rêzgirtina cDNA-yên tev-dirêj, bi rast tespîtkirin û hejmartina îzoformên transkriptê. BMKCloud Nanopore-Transcriptome Pipeline-ê ji bo analîzkirina daneyên RNA-Seq-ya ku li ser platforma Nanopore-yê hatî hilberandin li dijî genomek referansê ya baş-kalîteya bilind-kalîteyê hatî çêkirin, hem di asta gen û hem jî di asta transkriptê de analîzek jêhatî û hejmarî peyda dike. Piştî kontrolkirina kalîteyê, rêzikên ne-kîmerîkî (FLNC) yên tev-dirêj têne wergirtin û rêzikên lihevkirinê bi genoma referansê ve têne nexşandin da ku transkrîpsiyonên zêde werin rakirin. Ji vê berhevoka transkriptê, bilêvkirin tê hejmartin û gen û transkrîptên bi rengek cûda têne diyar kirin û bi fonksiyonel têne şîrove kirin. Di boriyê de jî analîza polyadenylation (APA) ya alternatîf, analîza splicing alternatîf, analîza dûbarekirina rêza hêsan (SSR), pêşbînkirina lncRNA û armancên têkildar, pêşbîniya rêzikên kodkirinê (CDS), analîza malbata genê, analîza faktora veguheztinê, pêşbîniya genên nû hene. û şirovekirina fonksiyonel a transkrîptê.