De novo Meclîsa Genome Fungal
BMKGENE ji bo genomên fungal çareseriyên piralî pêşkêşî dike, ji hewcedariyên lêkolînê yên cihêreng û tambûna genomê ya xwestî re peyda dike. Bikaranîna rêziknameya Illumina-ya-xwendinek tenê tenê destûrê dide hilberîna pêşnumayek genomê. Xwendinên kurt û rêzikên dirêj-xwendin ên ku bi karanîna Nanopore an Pacbio têne bikar anîn ji bo jenomek fungalî ya safîtir û bi rêjeyên dirêjtir têne hev kirin. Wekî din, entegrekirina rêzikên Hi-C kapasîteyên bêtir zêde dike, ku bigihîje genomek bêkêmasî ya asta kromozomê.
Taybetmendiyên Xizmetê
Bi sê vebijarkên mimkun ên ku hûn li gorî asta xwestî ya temamiya genomê hilbijêrin:
● Vebijarka Pêşniyara Genome: Rêzkirina kurt-xwendina bi Illumina NovaSeq PE150.
● Vebijêrk Genome Fine Fungal:
Lêkolîna Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Meclîsa Genome: PacBio Revio (HiFi dixwîne) an Nanopore PromethION 48.
● Genoma fungal a asta kromozomê:
Lêkolîna Genome: Illumina NovaSeq PE150.
Meclîsa Genome: PacBio Revio (HiFi dixwîne) an Nanopore PromethION 48.
Bi meclîsa Hi-C ve girêdana xwe bidomînin.
Avantajên Service
●Stratejiyên Rêzkirina Pirjimar Berdest in: Ji bo armanc û daxwazên lêkolînê yên cihêreng ên tambûna genomê
●Tevahiya Xebata Bioinformatics:Di vê yekê de kombûna genom û pêşbînkirina hêmanên genomîkî yên pirjimar, annotasyona genê fonksiyonel, û girêdana domdar vedigire.
●Pisporê Berfireh: Bi zêdetirî 12,000 genomên mîkrobial ên ku hatine berhev kirin, em zêdetirî deh salan ezmûnek, tîmek analîzê ya pir jêhatî, naverokek berfireh, û piştevaniya piştî firotanê ya hêja tînin.
●Piştgiriya Piştî Firotanê:Pabendbûna me ji temamkirina projeyê bi serdemek karûbarê piştî firotanê ya 3-mehî dirêj dibe. Di vê demê de, em şopandina projeyê, arîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û danişînên Q&A pêşkêşî dikin da ku pirsên ku bi encaman ve girêdayî ne çareser bikin.
Specifications Service
| Xizmetkar | Stratejiya Sequencing | Kontrola Kalîteyê |
| Pêşnûmeya Genome | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genoma xweş | Lêkolîna Genome: Illumina PE150 50 x Civîn: PacBio HiFi 30x an Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb (Yên din) |
| Genom-asta kromozomê | Lêkolîna Genome: Illumina PE150 50 x Civîn: PacBio HiFi 30x an Nanopore 100x Civîna Hi-C 100x | Rêjeya ankorkirinê ya domdar> 90%
|
Pêdiviyên Xizmetê
| Konsantrekirin (ng/µL) | Hejmara tevahî (μg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Kîpek yekxaneyî: ≥3,5x1010 hucreyan
Makro Fungus: ≥10 g
Xizmeta Kar Herikîna
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Analîza jêrîn vedihewîne:
Lêkolîna Genome:
- Rêzkirina kontrolkirina kalîteya daneyê
- Texmîna genom: mezinahî, heterozîgosîtî, hêmanên dubare
Meclîsa Genomê ya Fine:
- Sequencing Data Quality Control
- De novoCivîn
- Analîza Parvekirina Genome: Pêşbînkirina CDS û hêmanên genomîkî yên pirjimar
- Annotasyona fonksiyonel bi gelek databasên gelemperî (GO, KEGG, hwd.) û databasên pêşkeftî (QERT, VFDB, hwd.)
Civîna Hi-C:
- Nirxandina Pirtûkxaneya Hi-C.
- Berhevkirin, rêzkirin û arastekirinê vedihewîne
- Nirxandina Meclîsa HI-C: Li ser bingeha genom û nexşeya germê ya referansê
Lêkolîn Genom: belavkirina k-mer
Kombûna genomê: annotasyona homolog a genê (Dangeha NR)
Kombûna genomê: annotasyona genê fonksiyonel (GO)
Pêşketinên ku ji hêla karûbarên komkirina genomê fungal ên BMKGene ve bi navgîniya berhevokek belavokan ve hatî hêsan kirin vekolin.
Hao, J. et al. (2023) 'Profîla omîk a yekbûyî ya kîvarka dermanî Inonotus obliquus di bin şert û mercên binê avê de',BMC Genomics, 24 (1), rûp 1–12. doi: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / FIGURES / 3.
Lu, L. et al. (2023) 'Rêzkirina genomê pêşveçûn û mekanîzmayên pathogenîk ên pathogenê gênim ên tûj Rhizoctonia cerealis eşkere dike',The Crop Journal, 11(2), rûpel 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Çavkaniyên Genomê ji bo Çar Cureyên Clarireedia ku Li Ser Germên Cûrwaz ên Dolar Diqewiminin',Nexweşiya Nebatê, 107 (3), rûpel 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Delîlên Genetîkî û Molekularî yên Pergalek Hevjînî ya Tetrapolar di Kîvarka Xwarinê Grifola frondosa',Kovara Fungi, 9(10), r. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
