Rêzkirina mRNA ya Tev-Deng-Nanopore
Features
● Girtina mRNA ya poly-A li pey hevsengkirina cDNA û amadekirina pirtûkxaneyê
● Rêzkirina tîpên tev-dirêj
● Analîzkirina biyoinformatîk li ser bingeha lihevhatina bi genomek referansê
● Analîzkirina biyoinformatîk ne tenê di asta gen û îsoformê de îfadeyê lê di heman demê de analîza lncRNA, tevhevkirina genan, poly-adenylation û avahiya genê jî vedihewîne.
Avantajên Service
●Kêmkirina îfadeyê di asta îsoformê de: çalakkirina analîza vegotinê ya hûrgulî û rast, eşkerekirina guhertina ku dibe ku dema analîzkirina tevahiya vegotina genê were mask kirin
●Daxwazên Daneyên Kêmkirî:Li gorî Rêzkirina Nifşê Pêşerojê (NGS), rêzkirina Nanopore hewcedariyên daneyê kêmtir nîşan dide, ku rê dide astên hevwate yên têrbûna mîqdarkirina îfadeya genê bi daneyên piçûktir re.
●Rastbûna bilindtir a hejmartina îfadeyê: hem di asta gen û hem jî di asta îzoformê de
●Nasnameya agahdariya transkriptomî ya zêde: Polyadenylation alternatîf, genên fusion û lcnRNA û genên wan ên armanc
●Pisporê Berfireh: Tîma me ji her projeyê re dewlemendiyek ezmûnek peyda dike, ku zêdetirî 850 projeyên transkrîptomeya tev-dirêj a Nanopore qedandiye û zêdetirî 8,000 nimûne pêvajo kiriye.
●Piştgiriya Post-Firotinê: pabendbûna me ji temamkirina projeyê bi serdemek karûbarê piştî firotanê ya 3-mehî dirêj dibe. Di vê demê de, em şopandina projeyê, arîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û danişînên Q&A pêşkêşî dikin da ku pirsên ku bi encaman ve girêdayî ne çareser bikin.
Sample Requirements û Delivery
| Pirtûkxane | Stratejiya rêzgirtinê | Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola Kalîteyê |
| Poly A dewlemend kirin | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Pîvana kalîteya navîn: Q10 |
Pêdiviyên Nimûne:
Nukleotîd:
| Pevçûn (ng/μl) | Mîqdar (μg) | Paqijiyê | Linavketinî |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Li ser gêlê bi proteîn an ADN-ê bi sînorkirî an tune. | Ji bo nebatan: RIN≥7.0; Ji bo heywanan: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; bilindbûna bingehîn ya sînorkirî an tune |
● Nebat:
Root, Stem an Petal: 450 mg
Pel an tov: 300 mg
Fêkî: 1,2 g
● Heywan:
DIL an Rovî: 300 mg
Viscera an Mejî: 240 mg
Masûlk: 450 mg
Hestî, por an çerm: 1g
● Arthropods:
Kêzik: 6g
Crustacea: 300 mg
● Tevahiya xwînê: 1 lûle
● Hucreyên: 106 hucreyan
Pêşniyara Sample Delivery
Konteyner: 2 ml lûleya santrîfujê (Polê tin nayê pêşniyar kirin)
Etîketkirina nimûneyê: Kom+kobar, mînak A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Barkirin:
1. Qeşaya hişk: Pêdivî ye ku nimûne di torbeyan de bêne pakkirin û di qeşa hişk de bêne veşartin.
2. Tîpên RNAstable: Nimûneyên RNA dikarin di lûleya stabîlîzasyona RNA de bêne hişk kirin (mînak RNAstable®) û di germahiya odeyê de bêne şandin.
Xizmeta Kar Herikîna
Nukleotîd:
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
Xizmeta Kar Herikîna
Desmal:
Design Experiment
Sample delivery
Derxistina RNA
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
● Pêvajoya daneya xav
● Nasnameya transcript
● Splicing Alternatîf
● Di asta genê û asta îsoformê de hejmartina îfadeyê
● Analîza îfadeya cuda
● Şîrovekirin û dewlemendkirina fonksiyonê (DEG û DET)
Analîza splicing Alternatîf
Analîza Polyadenylasyonê ya Alternatîf (APA)
Pêşbîniya lncRNA
Şîrovekirina genên romanê
Komkirina DET-an
Tora Protein-Protein di DEG-an de
Pêşketinên ku ji hêla karûbarên rêzgirtina mRNA-ya tev-dirêj a Nanopore ya BMKGene ve hatî hêsan kirin bi navgîniya berhevokek weşanan ve bigerin.
Gong, B. et al. (2023) 'Çalakkirina epigenetîk û transkrîpsîyonî ya kînaza veşartî FAM20C wekî onkojenek di glioma de', Journal of Genetics and Genomics, 50 (6), rûpel 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ew, Z. et al. (2023) 'Rêzkirina transkrîptomê ya tev-dirêj a lîmfosîtan bersivê dide IFN-γ, bersivek berevaniyê ya Th1-xewî li flounder (Paralichthys olivaceus) eşkere dike', Fish & Shellfish Immunology, 134, r. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analîzasyona berawirdî ya rêbazên rêzgirtina RNA ya PacBio û ONT ji bo nasîna jehra Nemopilema Nomurai', Genomics, 115 (6), r. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Analîzasyona Nano-seq meyla fonksiyonel a cihêreng a di navbera exozom û mîkrovezîkulên ku ji hUMSC-ê têne derxistin de diyar dike', Lêkolîn û Terapiya Hucreya Stem, 14 (1), rûpel 1–13. doi: 10.1186 / S13287-023-03491-5 / TABLE / 6.
