●Platform:Illumina NovaSeq 6000 û NovaSeq X Plus
●Modên rêzkirinê:PE150 û PE250
●Kontrolkirina kalîteyê ya pirtûkxaneyan berî rêzkirinê
●Rêzkirina daneyan QC û radestkirinê:radestkirina raporta QC û daneya xav di formata fastq de piştî demultiplekskirin û fîlterkirina xwendinên Q30
●Piralîbûna karûbarên Rêzgirtinê:Dibe ku xerîdar bi rêk, şaneya herikînê, an li gorî mêjera daneya pêwîst rêz bicivîne (Rizgarkirina riya qismî).
●Tecrûbeya berfireh li ser platforma rêzgirtina Illumina:bi hezaran projeyên girtî bi cureyên curbecur.
●Radestkirina raporta QC ya rêzkirî:bi metrîkên kalîteyê, rastbûna daneyê û performansa giştî ya projeya rêzgirtinê.
●Pêvajoya rêzgirtina gihîştî:bi demeke kurt-dora.
●Kontrola Kalîteyê ya hişk: Em hewcedariyên hişk ên QC-ê bicîh dikin da ku radestkirina encamên bi domdarî kalîteya bilind garantî bikin.
Rawesta axaftevan | Flow Cell | Moda rêzgirtinê | Yekbûn | Hilbera texmînkirî |
NovaSeq X | 10B (8 rê) | PE150 | Single Lane Parçeyî Lane | 375 Gb / Rê |
25B (8 rê) | PE150 | Single Lane Parçeyî Lane | 1000 Gb / Lane | |
NovaSeq 6000 | Hucreya SP Flow (2 rê) | PE250 | Flow Cell Single Lane Parçeyî Lane | 325-400 M dixwîne / Lane |
Hucreya S4 Flow (4 rê) | PE150 | Flow Cell Single Lane Parçeyî Lane | ~ 800 Gb / Rê |
Hejmara daneyan (X) | Konsantrekirin (qPCR/nM) | Bend | |
Rêzkirina Parçeyî ya Lane
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
Rêzkirina Rêzan | Per Lane | ≥ 1,5 nM / hewza pirtûkxaneyê | ≥ 25 μl / hewza pirtûkxaneyê |
Ji bilî konsantre û mîqdara giştî, nexşeyek lûtkeya maqûl jî hewce ye.
Nîşe: Rêzkirina rêzikan a pirtûkxaneyên cihêrengiya hindik pêdivî ye ku PhiX spike-in hewce bike da ku banga bingehîn a bihêz misoger bike.
Em pêşniyar dikin ku pirtûkxaneyên pêş-hevkirî wekî nimûne bişînin. Ger ji we re BMKGENE hewce dike ku berhevkirina pirtûkxaneyê pêk bîne, ji kerema xwe serî lê bidin
hewcedariyên pirtûkxaneyê ji bo rêzgirtina rêyên qismî.
Divê lûtkeya sereke di nav 300-450 bp de be.
Pêdivî ye ku pirtûkxane xwedî lûtkeyek bingehîn a yekane, bê qirêjiya adapter û bê dimerên pêşîn bin.
Raporek li ser kalîteya pirtûkxaneyê berî rêzkirin, nirxandina mîqdara pirtûkxaneyê, û perçebûnê tê pêşkêş kirin.
Tablo 1. Statîstîkên li ser daneya rêzgirtinê.
Nasnameya Nimûne | BMKID | Raw dixwîne | Daneyên xav (bp) | Xwendinên paqij (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93,89 | 37.08 |
Wêne 1. Dabeşkirina kalîteyê bi xwendinên di her nimûneyê de
Wêne 2. Dabeşkirina naveroka bingehîn
Wêne 3. Dabeşkirina naveroka xwendinê di daneheva rêzgirtinê de