DNA / RNA Sequencing -Pacbio Sequencer
Taybetmendiyên
Du modên seqonencing li ser Pacbio Sequencer: domdar Long Read (CLR) û razîbûna dorpêçê bixwînin (CCS)
| Sequencing Mode | Mezinahiya pirtûkxaneyê | Daneyên teorîkîYarî (per hucreyê) | Bingeh-bingehTamî | Serlêdan |
| CLR | 20kb, 30kb, hwd. | 80 GB to 130 GB | Nêzikî. 85% | De novo, Banga SV, hwd. |
| CCs | 15-20 Kb | 14 ber 40 GB / CELL (Sequel II) 70 ber 110 GB / CELL (Revio) Bi nimûneyan ve girêdayî ye | Nêzikî. 99% | De novo, SNP / indel / SV Calling, ISO-SEQ, |
Berhevdana performans û taybetmendiyên revevio û sequel ii
| Mercder | Pergala Sequel II | Pergala Revio | Zêdekirin |
| Dendika bilindtir | 8 mîlyon ZMWS | 25 mîlyon ZMWS | 3x |
| Qonaxên serbixwe | 1 | 4 | 4x |
| Demên kurttir | 30 demjimêran | 24 demjimêran | 1.25x |
| 30x Hifi Genomes / Sal | 88 | 1,300 | 1Bi giştî 5x |
Karûbarên karûbar
● Zêdetirî 8 salan ezmûna li ser platforma Sequencing ya Pacbio bi hezaran projeyên girtî bi cûreyên cûrbecûr.
● Bi Platformên Sequencingê ya Pacbio ya herî dawî, Revio ji bo garantiya bêkêmasî ya sequence ya têr.
● Demê zûtir-dora, daneya daneyên bilind û daneyên rasttir.
● Bi sedan weşanên pacbio-based ên bi bandorker ve girêdayî ne.
Pêdiviyên nimûneyê
| Tîpa nimûneyê | Biha | Tevlihevî (qbit®) | Bend | Qiralîtî | Yên din |
| Dna genomîk | Bi hewcedariya daneyê ve girêdayî ye | ≥50 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.2; OD260 / 230 = 1.8-2.5; Peak li 260 NM,bê konfinasyon | Pêdivî ye ku meriv bi quit û quit / nanopore = 0.8-2.5 were pîvandin |
| Total RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5;bê konfinasyon | Rin nirxa ≥7.5 5≥28s / 18s≥1 |
Karûbarê Karûbarê Karûbarê
Amadekariya nimûneyê
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzikname
Analîziya daneyê
Delivery Project
1.In-Xanî daneya hilberînê
Daneyên ji 63 CCS CLCS (ji 26 cûreyan) têne çêkirin
| JIMARE-Pacbio-CCS-15 KB | Navoser | MAX | Min | Med |
| Hilber - Subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| YILED - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| N50 dihejîne | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Dirêjahiya navîn-polîmerase | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Dirêjbûna navîn | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Dirêjahiya navîn-cc | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
Daneyên ku ji hucreyên CLR têne çêkirin (ji 76 cure)
| DATA-PACBIO-CLR-30KB | Navoser | MAX | Min | Med |
| Hilber - Subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymerase N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| N50 dihejîne | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Dirêjahiya navîn-polîmerase | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Dirêjbûna navîn | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - DEMOStatîstîk li ser hilberîna daneyê
| Mînak | CCS Num dixwîne | Bingehên Total CCS (BP) | CCS N50 (BP) dixwîne | CCS Meaning Length (BP) | CCS Longest Read (BP) | Bendavên Subreads (BP) | Rêjeya CCS (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
