Exclusive Agency for Korea

BmkCloud Têkeve

Wer

Full-Length Mrna Sequencing -Pacbio

Dema ku NGS-Binge MRNA Sequencing ji bo hejmartina Gene-ê amûrek berbiçav e, baweriya wê li ser xwendinên kurt di analîzên transcriptomîk ên kompleks de sînordar dike. Ji aliyekî din ve, Sequencing Pacbio (ISO-SEQ) teknolojiya dirêj-xwendinê pêk tîne, da ku rêzika tevgerên tevgerên mrna-ê tevde. Ev nêzîkatî li ser lêgerîna berfireh a splicasyona alternatîf, fususên gene, û adenylasyonê piranî hêsantir dike. Lêbelê, hilbijartinên din ên ji bo hejmartina vegotinê ya genimê ji ber mîqdara bilind ya hewceyê hewce ne hene. Teknolojiya Sequencingê ya Pacbio li ser sequencing yek-molekul, rastîn (SMRT) (SMRT) (Smrt) (Smrt) digirtin di girtina tevgerên tev-dirêj ên MRNA-ê de. Ev nêzîkatiya nûjen bi karanîna pêlavên zero-mode (ZMWS) û Wellên Microfabricated ku çavdêriya dema rastîn a DNA çalakiya polîmerase ya DNA di dema rêzgirtinê de çalak dike. Di nav van ZMWS de, DNA ya Pacbio ya Pacbio Polymerase synthesizes strandek temamker a DNA, ku hûn xwendina dirêj a ku bi tevahî transkriptên MRNA-yê diafirîne. Operasyona Pacbio li Sequencing Circular Circular (CCS) Rastiya ku bi dubare bi heman molekulê ve rast dike. Hifi ya hilberandî ya ku dixwîne bi rêgezên rêgezê re heye, ji bo analîzek berbiçav û pêbawer a taybetmendiyên transcriptomîk ên tevlihev

Platform: Pacbio Sequel II; Pacbio Revio

Paqij bûn

Hûrguliyên karûbar

Bioinformatics

Encamên Demo

Weşanên Taybet

Taybetmendiyên

● synthetic CDNA ji Poly-A Mrna li dû amadekirina pirtûkxaneyê

● Sequencing di moda CCS de, Hifi nû dike

● Sequencing of transkriptên tevde

● Analîz hewceyê genimek referansê nabe; Lêbelê, dibe ku ew were kar kirin

● Analysis Bioinformatic analîzkirina transcript isoform lncrna, fusionên gene, adenylation, û avahiya genê

Karûbarên karûbar

●Rastiya Bilind: HIFI bi rastiyê re dixwîne> 99.9% (Q30), li gorî ngs

● Analîzên Spaskirina Alternatîf: Sequencing ya tevahiya transcript-ê nasname û karaktera isoform dihêle

●Pisporiya berfireh: Bi tomara track ya qedandina zêdetirî 1100 Pacbio projeyên veguhastinê û pêvajoyê li ser 2300 nimûneyan, tîmê me dewlemendiyek ji her projeyê re tîne.

●Piştgiriya piştî firotanê: Baweriya me ji serdema 3-meh a piştî firotanê ya 3-mehê derbas dibe. Di vê demê de, em follow-up-up proje pêşkêş dikin, arîkariya pirsgirêkan, û Q & A danişîn ji bo çareserkirina her pirsnameyên têkildar.

Pêdiviyên nimûne û radestkirinê

Pirtûkxane

Stratejiya Sequencing

Daneyên pêşniyaz kirin

Kontrola kalîteyê

Polya pirtûkxaneya mrna ccs dewlemend kir

Pacbio Sequel II

Pacbio Revio

20/40 GB

5/10 m CCS

Q30≥85%

Pêdiviyên nimûneyê:

Nucleotides:

● Plants:

Root, stem an petal: 450 mg

Leaf an tov: 300 mg

Fêkî: 1.2 g

● Animal:

Dil an zikê: 300 mg

Viscera an mejî: 240 mg

Muscle: 450 mg

Hestî, por an çerm: 1g

Arthropods:

Insanan: 6g

Crustacea: 300 mg

● xwîna tevahî: 1 tub

● Hucreyan: 10⁶hûner

Kon. (Ng / μl)

Mîqdara (μg)

Qiralîtî

Linavketinî

100

≥ 1.0

OD260 / 280 = 1.7-2.5

OD260 / 230 = 0.5-2.5

Tixûbdar an proteîn an konteynirek DNA li ser gel tê nîşandan.

Ji bo nebatan: Rin≥7.5;

Ji bo heywanan: Rin≥8.0;

5.0≥ 28s / 18s≥1.0;

Limited Limited an No Bingehîn

Delivery Nimûneya Pêşniyar

Têrr: 2 ML Centrifuge TUBE (Foil Tin nayê pêşniyar kirin)

Labelê nimûneyê: Koma + dubare bikin mînak A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Firotin:

1. Pîvaza-berfê: Divê nimûneyên ku di nav bagajan de têne pak kirin û di berfê ya hişk de têne veşartin.

2 Tubên Rnastable: Nimûneyên RNA dikarin di Têlika Stabê ya RNA de rûnandî (mînak Rnastable®) û di germahiya odeyê de şandin.

Karê karûbarê diherike

Sêwirana ezmûnê

Delivery Sample

RNA derxistina

Avakirina pirtûkxaneyê

Rêzikname

Analîziya daneyê

Karûbarên piştî firotanê

Pêşî: EukaryAlic Mrna Sequencing-ngs

Piştî: Full-Length Mrna Sequencing-nanopore

Analîzên jêrîn pêk tîne:

● Kontrola kalîteya Daneyên Raw

Analysis Analysisisity PolyadenyLation Alternative (APA)

● Analysis Transcript

● Analîzên Spaskirina Alternatîf

● Benchmarking Universal Single-Kopî Oralîzên (Busco) analîzê

Analîziya vegotinê ya Novel Transcript: Pêşbîniya rêzikên kodkirinê (CDS) û Annotation Fonksiyonel

Analîzên Lncrna: Pêşbîniya Lncrna û Armanc

● Nasnameya Microsatelite (SSR)

Analysis Analysis

Analîzkirina Spaskirina Alternatîf

Analysis Analysisisity PolyadenyLation Alternative (APA)

Annotasyona fonksiyonel a transkriptên Novel

Pêşkeftinên ku ji hêla NanoGene ya Bmkgene ve ji MrNA-ê tevdîrên tevdîrkirî yên mrnGEHE-ê di vê weşanxaneya nîgarkirî de hatine lêgerîn.

Ma, Y. ET AL. (2023) 'Analysis Analysis of Pacbio and Ont RNA Sequencing Methods for Nemopilema Nomurai Venom', Genomics, 115 (6), p. 110709. DOI: 10.1016 / J.Ygeno.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Dayika pêşveçûnê ya populus stem transcriptome', Plant Bioteknolojiyê, 17 (1), PP. 206-219. DOI: 10.1111 / PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Guherandinên dînamîkî di naveroka acidê Ascorbic de di dema pêşkeftina fêkî û raxistina actinidia latifolia (çirûskek fêkî ya ascorbate) û mekanîzmayên meksîkî yên têkildar, 23 (10), p. 5808. DOI: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.

Hua, X. Et Al. (2022) 'Pêşbîniya bi bandor a rêyên biyosyntetic ên bioactive li polyphyllinsên bioactive beşdarî Parîs Polyphylla', Biyolojiya ragihandinê 2022 5: 1, 5 (1), rûpel. 1-10. doi: 10.1038 / S42003-022-03000-Z.

Liu, M. Et Al. (2023) 'Pacbio ISO-SES-SES-SEK û Illumina RNA-SEQ analîzên Tuta Absoluta (Meyrick) Transcriptome û Cytochrome P450 Genes', insanan, 14 (4), p. 363. DOI: 10.3390 / insects14040363 / S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'lêkolînek tevliheviya transcriptome bi karanîna analîzên rastîn ên Pacbio RNA-ê ji bo têgihîştinek çêtir a bi Ricinoleic acid bi Ricinus Comcis', Genomics, 20 (1), rûpel 1-17. DOI: 10.1186 / S12864-019-5832-9.