Genomîka Berawirdî
Avantajên Service
●Pispor û tomarên weşanê yên berfireh: Bi berhevkirî, BMKGene zêdetirî 90 projeyên genomîk ên berawirdî qedandiye, bi faktorek bandorek berhevkirî gihîştiye 900.
●Analîza biyoinformatîk a berfireh: Pakêta analîzan heşt analîzên herî gelemperî yên hewce dihewîne, jimareyên amade-weşandinê yên xweş-dîzaynkirî peyda dike û rê dide şirovekirina hêsan a encaman.
●Tîma biyoinformatîk a pir jêhatî û çerxa analîzê ya kurt: bi ezmûnek mezin di analîza genomîk a berawirdî de, tîmê BMKGene daxwazên analîzên kesane yên cihêreng di demek kin de pêk tîne
●Piştgiriya Piştî Firotanê:Pabendbûna me ji temamkirina projeyê bi serdemek karûbarê piştî firotanê ya 3-mehî dirêj dibe. Di vê demê de, em şopandina projeyê, arîkariya çareserkirina pirsgirêkan, û danişînên Q&A pêşkêşî dikin da ku pirsên ku bi encaman ve girêdayî ne çareser bikin.
Specifications Service
| Dema zivirîna texmînkirî | Hejmara cureyan | Analîz dike |
| 30 rojên xebatê | 6-12 | Kombûna malbata genê Berfirehbûn û kêmbûna malbata genê Avakirina dara Phylogenetic Texmîna dema cudabûnê (Pêdivî ye kalîbrasyona fosîlan) Dema têketina LTR (Ji bo nebatan) Dubarekirina tevahî genom (Ji bo nebatan) Zexta hilbijartî Analîza Synteny |
Analîzên Bioinformatics
● Malbata genê
● Fylogenetics
● Dema cudabûnê
● Zexta bijartî
● Analîza Synteny
Sample Requirements û Delivery
Pêdiviyên Nimûne:
Tissue an DNA ji bo rêzkirin û komkirina genomê
Ji bo Tissue
| Cureyên | Desmal | Lêkolîn | PacBio CCS |
| Teba | tevna visceral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Masûlk | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| Xwîna memikan | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Mirîşk / Xwîna masî | |||
| Karxane | Pelê teze | 1-2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal / Stem | 1-2 g | ≥ 10,0 g | |
| Rot / Tov | 1-2 g | ≥ 20,0 g | |
| Cells | Hucreya çandî | - | ≥ 1 x 108 |
Jimare
Pelên rêza genome (.fasta) û pelên annotasyonê (.gff3) yên cureyên ku ji nêz ve girêdayî ne
Xizmeta Kar Herikîna
Design Experiment
Sample delivery
Avakirina pirtûkxaneyê
Rêzkirin
Analîzkirina daneyan
Xizmetên piştî firotanê
*Encamên demo ku li vir têne xuyang kirin hemî ji genomên ku bi Biomarker Technologies re hatine weşandin ne
1.LTR Texmîna wextê têxe: Reqemê di demên têketina LTR-RT de di genoma nîsk a Weining de, li gorî celebên din, dabeşek bimodal ya bêhempa nîşan dide. Lûtkeya herî dawî li dora 0,5 mîlyon sal berê xuya bû.
Li Guang et al.,Nature Genetics, 2021
2.Fylogeny û analîza malbata genê ya li ser kayote (Sechium edule): Bi analîzkirina chayote û 13 cureyên din ên girêdayî di malbata genê de, hate dîtin ku Chayote herî nêzik bi gûza maran (Trichosanthes anguina) ve girêdayî ye. Chayote ku li dora 27-45 Mya ji goştê marê hatî çêkirin û tevahî dubendiya genomê (WGD) li chayote di 25±4 Mya de hate dîtin, ku ev bûyera sêyemîn a WGD ye di cucuibitaceae de.
Fu A et al.,Lêkolîna Baxçevaniyê, 2021
3.Analîzasyona Synteny: Hin genên girêdayî phytohormones di pêşveçûna fêkiyan de di chayote, snake gurê û squash de hatin dîtin. Têkiliya di navbera chayote û squash de ji ya di navbera chayote û gurê mar de hinekî zêdetir e.
Fu A et al.,Lêkolîna Baxçevaniyê, 2021
4.Analîzkirina malbata genê: zengînkirina KEGG li ser berfirehbûn û girêbesta malbata genê di genomên G.thurberi û G.davidsonii de destnîşan kir ku biosenteza steroîdan û genên girêdayî biosenteza brassinosteroid berfireh bûne.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5.Analîzasyona dubarekirina genomê ya tevahî: Analîzkirina belavkirina 4DTV û Ks tevahî bûyera dubarekirina genomê nîşan dide. Lûtkeyên hundurîn bûyerên dubarebûnê nîşan didin. Lûtkeyên nav cureyan bûyerên curebûnê nîşan didin. Analîzê destnîşan kir ku li gorî sê celebên din ên ku ji nêz ve girêdayî ne, O. europaea di van demên dawî de di nav dubendiyek genî ya mezin re derbas bû.
Rao G et al.,Lêkolîna Baxçevaniyê, 2021
BMK Case
Gula bê kulm: nihêrînên genomîk ên bi adaptasyona şilbûnê ve girêdayî ne
Weşandin: Review Science Neteweyî, 2021
Stratejiya rêzgirtinê:
'Basye'sThornless' (R.Wichurainan) genom:
Approx. 93 X PacBio + nêzîkî. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Encamên sereke
1.High quality R.wichuraiana genome bi karanîna teknîkên rêzgirtinê yên dirêj-xwende hate çêkirin, ku kombûnek 530.07 Mb derdixe (Qebala genomê ya texmînkirî ji hêla sîtometrîya herikînê ve bi qasî 525.9 Mb û ji hêla lêkolîna genomê ve 525.5 bû. Heterozygosity dora 1.03% bû. Pûanek texmînkirî ya BUSCO% 93,9 bû. Bi berhevdana bi "Old blush" (haploOB), kalîte û temamiya vê genomê ji hêla rastbûna bingehek yek-bingeh û indexa kombûna LTR (LAI=20.03) ve hate pejirandin. Genoma R.wichuraiana 32,674 genên kodkirina proteînan dihewîne.
2.Analîzasyona hevpar a pir-omîk, ku ji genomîka berawirdî, transkriptomîk, analîza QTL ya nifûsa genetîkî pêk tê, cûrbecûr girîng di navbera R. wichuraiana û Rosa chinensis de eşkere kir. Di heman demê de, guhertoya vegotina genên têkildar di QTL de dibe ku bi şêwaza stûnê ya stûnê re têkildar be.
Analîzên genomîk ên berawirdî di navbera Basye;s Thornless û Rosa chinensis de, tevî analîza synteny, koma malbata genê, analîza berfirehbûn û berhevkirinê, hejmareke mezin ji guhertoyên ku bi taybetmendiyên girîng ên gulan re têkildar in eşkere kirin. Berfirehbûna bêhempa ya di malbata genê NAC û FAR1/FRS de pir gengaz bû ku bi berxwedana li dijî deqê reş re têkildar be.
Di navbera genomên BT û haploOB de analîza genomîk a berawirdî.
Zhong, M., et al. "Gulê bê çîçek: nihêrînên genomîkî bi adaptasyona şilbûnê ve girêdayî ne"Review Science Neteweyî, 2021;, nwab092.
