BMKMANU S1000 Transcriptome Cihanî
BMKMANU S1000 Bernameya Teknîkî ya Transcriptome Cihanî
Features
● Resolution: 5 µM
● Diyametra Deqê: 2,5 µM
● Hejmara deqan: bi qasî 2 Milyon
● 3 formatên qada girtina gengaz: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm an 15 mm * 20 mm
● Her bejna barkodkirî bi primerên ku ji 4 beşan pêk tên barkirî ye:
dûvika poly(dT) ji bo primkirina mRNA û senteza cDNA
Nasnameya Molekulê ya Yekta (UMI) ji bo rastkirina berevajîkirina mezinbûnê
Barcode cihan
Rêzeya girêdanê ya xwendinê ya qismî 1 rêziksaziyê
● H&E û rengkirina beşan fluorescent
● Îhtîmala bikaranînateknolojiya dabeşkirina hucreyê: entegrasyona rengdêra H&E, rengkirina fluorescent, û rêzgirtina RNA ji bo destnîşankirina sînorên her şaneyê û bi rêkûpêk vegotina genê ji her şaneyê re destnîşan dike.
Avantajên BMKMANU S1000
●Çareserkirina Sub-hucreyî: Her qada girtinê > 2 mîlyon Deqên Barkodkirî yên fezayî yên bi dirêjahiya 2,5 μm û ferqa 5 μm di navbera navendên deqê de vedihewîne, ku analîza transkrîptomeya fezayî bi resala jêr-hucreyî (5 μm) gengaz dike.
●Analîza Çareseriyê ya Pir-asta:Analîzek pir-asta maqûl ku ji 100 μm heya 5 μm digire da ku taybetmendiyên cihêreng ên tevneyê di çareseriya çêtirîn de çareser bike.
●Mimkina Bikaranîna "Sê di yek slide" Teknolojiya Parçekirina Hucreyê:Lihevkirina rengdêra floransê, rengkirina H&E, û rêzgirtina RNA li ser yek slaydekê, algorîtmaya meya analîzê ya "sê-di-yek" nasîna sînorên hucreyê ji bo transkriptomîka paşîn a hucreyê hêz dike.
●Bi Platformên Rêzkirina Pirjimar re hevaheng e: Hem NGS û hem jî rêzgirtina dirêj-xwendin heye.
●Sêwirana nerm a 1-8 Qada Girtina Çalak: Mezinahiya qada girtinê maqûl e, bi karanîna 3 formatan gengaz e (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm û 15 mm * 20 mm)
●Xizmeta yek-stop: Ew hemî ezmûn û gavên bingehîn ên jêhatîbûnê, di nav de kriyo-beşkirin, rengkirin, xweşbîniya tevnvîsê, barkodkirina cîhê, amadekirina pirtûkxaneyê, rêzkirin, û biyoinformatics yek dike.
●Biyoinformatîka Berfireh û Dîtina Encamên-Bikarhêner-heval:pakêt 29 analîz û 100+ reqemên kalîteya bilind vedihewîne, bi karanîna nermalava pêşkeftî ya hundurîn re ji bo dîtin û xweşkirina dabeşkirina hucreyê û komkirina deqê.
●Analîza Daneyên Xweser û Dîmenî: ji bo daxwazên lêkolînên cihêreng hene
●Tîma Teknîkî ya pir jêhatî: bi ezmûna zêdetirî 250 cureyên tevnvîsê û 100+ cureyên di nav de mirov, mişk, memik, masî û nebatan.
●Nûvekirinên di dema rast de li ser Tevahiya Projeyê: bi kontrolkirina tevahî ya pêşkeftina ceribandinê.
●Analîza Hevbeş a Bijarte bi Rêzkirina mRNA ya Yek-hucreyî
Specifications Service
|
Mînak Requirements
| Pirtûkxane |
Stratejiya rêzgirtinê
| Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola Kalîteyê |
| Nimûneyên cryo-ê yên OCT-ê yên pêvekirî, her nimûne 3 blokan | Pirtûkxaneya cDNA ya S1000 | Illumina PE150 (platformên din hene) | 100K PE di 100 uM de dixwîne (60-150 Gb) | RIN>7 |
Ji bo bêtir agahdarî li ser rêbernameya amadekirina nimûneyê û xebata karûbarê karûbarê, ji kerema xwe bi dilxwazî biaxivin apisporê BMKGENE
Xizmeta Kar Herikîna
Di qonaxa amadekirina nimûneyê de, ceribandinek destpêkî ya derxistina RNA ya girseyî tê kirin da ku pê ewle bibe ku RNA-ya kalîteya bilind dikare were bidestxistin. Di qonaxa optimîzasyona tevnê de beş têne rengkirin û xuyang kirin û şert û mercên permeabilîzasyonê ji bo serbestberdana mRNA ji tevneyê xweştir dibin. Dûv re protokola xweşbînkirî di dema avakirina pirtûkxaneyê de, li dûv rêzkirin û analîza daneyê tê sepandin.
Karûbarê karûbarê bêkêmasî nûvekirinên rast-ê û pejirandinên xerîdar vedihewîne da ku dorvegerek bersivdayînê bidomîne, ku pêkanîna projeyek bêkêmasî misoger dike.
Daneyên ku ji hêla BMKMANU S1000 ve hatî hilberandin bi karanîna nermalava "BSTMatrix", ku ji hêla BMKGENE ve serbixwe hatî sêwirandin, tête analîz kirin, Matrixek Xweseriya Genê çêdike. Ji wir, raporek standard tê hilberandin ku tê de kontrolkirina kalîteya daneyê, analîza nimûneya hundurîn û analîza nav-komê vedihewîne.
● Kontrola Kalîteya Daneyê:
Hilberîna daneyê û dabeşkirina pîvana kalîteyê
Tespîtkirina genê li her cihek
Tissue covering
● Analîzkirina nimûneya hundurîn:
Dewlemendiya genê
Komkirina deqê, tevî analîza pîvanê kêmkirî
Analîza îfadeya cihêreng di navbera koman de: Naskirina genên nîşanker
Annotation fonksiyonel û dewlemendkirina genên nîşanker
● Analîzên navbera koman:
Ji nû ve berhevkirina deqan ji her du nimûneyan (mînak nexweşî û kontrol) û ji nû ve komkirin
Nasnameya genên nîşanker ji bo her komê
Annotation fonksiyonel û dewlemendkirina genên nîşanker
Daxuyaniya Cûda ya heman komê di navbera koman de
Wekî din, BMKGENE pêşkeftî "BSTViewer" amûrek bikarhêner-heval e ku destûrê dide bikarhêner ku îfadeya genê xuyang bike û di çareseriyên cihêreng de kombûnê bibîne.
BMKGene nermalava ji bo dîtbariya dostane ya bikarhêner pêşxist
Kombûna cihê BSTViewer di çareseriya pir-ast de
BSTCellViewer: dabeşkirina hucreya otomatîk û bi destan
Inner-nimûne Analysis
Komkirina deqan:
Nasnameya genên nîşanker û belavkirina mekan:
Analysis Inter-kom
Kombûna daneyan ji her du koman û ji nû ve komê:
Genên nîşanker ên komên nû:
Bi teknolojiya BMKManu S1000 re di vê weşana taybetmendiyê de pêşkeftinên ku ji hêla karûbarên transkriptomîk ên cîhê yên BMKGene ve têne hêsan kirin bigerin:
Song, X. et al. (2023) 'Transkriptomîka mekanî hucreyên klorenşîma yên ronahiyê yên ku di pêşvebirina nûavakirina guleyan de di kaloya tomato de beşdar dibin eşkere dike',Gotarên Akademiya Zanistî ya Neteweyî ya Dewletên Yekbûyî yên Amerîkayê, 120(38), r. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Tu, Y. et al. (2023) 'Berhevberdana pergalî ya rêbazên transkriptomî yên fezayî yên li ser bingeha rêzgirtinê',bioRxiv, r. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
