10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Scheme Teknîkî
Features
● Resolution: 100 µM
● Dirêjahiya deqê: 55 µM
● Hejmara deqan: 4992
● Qada girtinê: 6,5 x 6,5 mm
● Her cihê barkodkirî bi primerên ku ji 4 beşan pêk tên barkirî ye:
- dûvika poly(dT) ji bo primkirina mRNA û senteza cDNA
- Nasnameya Molekulê ya Yekta (UMI) ji bo rastkirina berevajîkirina mezinbûnê
- Barcode cîhê
- Rêzeya girêdanê ya xwendina qismî 1 rêziksaziyê
● H&E rengkirina beşan
Avantajên
●Xizmeta yek-stop: Hemî tecrûbe û gavên bingehîn ên jêhatîbûnê, di nav de dabeşkirina kryo, rengkirin, xweşbîniya tevnvîsê, barkodkirina cîhê, amadekirina pirtûkxaneyê, rêzkirin û bioinformatics yek dike.
● Tîma Teknîkî ya pir jêhatî: bi ezmûna zêdetirî 250 cureyên tevnvîsê û 100+ cureyên di nav de mirov, mişk, memik, masî û nebatan.
●Li ser Tevahiya Projeyê Nûvekirina Rast-demê: bi kontrolkirina tevahî ya pêşkeftina ceribandinê.
●Bioinformatics Standard Berfireh:pakêt 29 analîz û 100+ hejmarên kalîteya bilind vedihewîne.
●Analîza Daneyên Xweser û Dîmenî: ji bo daxwazên lêkolînên cihêreng hene.
●Analîza Hevbeş a Bijarte bi Rêzkirina mRNA ya Yek-hucreyî
Specifications
| Sample Requirements | Pirtûkxane | Stratejiya rêzgirtinê | Daneyên pêşniyar kirin | Kontrola Kalîteyê |
| Nimûneyên cryo yên OCT-ê yên bicîbûyî (Dîrêjiya herî baş: bi qasî 6x6x6 mm³) 2 blokên her nimûne | Pirtûkxaneya cDNA ya 10X Visium | Illumina PE150 | 50K PE li her cîhê dixwîne (60 Gb) | RIN > 7 |
Ji bo bêtir agahdarî li ser rêbernameya amadekirina nimûneyê û xebata karûbarê karûbarê, ji kerema xwe bi dilxwazî biaxivin apisporê BMKGENE
Xebata Xizmetê
Di qonaxa amadekirina nimûneyê de, ceribandinek destpêkî ya derxistina RNA ya girseyî tê kirin da ku pê ewle bibe ku RNA-ya kalîteya bilind dikare were bidestxistin. Di qonaxa optimîzasyona tevnê de beş têne rengkirin û xuyang kirin û şert û mercên permeabilîzasyonê ji bo serbestberdana mRNA ji tevneyê xweştir dibin. Dûv re protokola xweşbînkirî di dema avakirina pirtûkxaneyê de, li dûv rêzkirin û analîza daneyê tê sepandin.
Karûbarê karûbarê bêkêmasî nûvekirinên rast-ê û pejirandinên xerîdar vedihewîne da ku dorvegerek bersivdayînê bidomîne, ku pêkanîna projeyek bêkêmasî misoger dike.
Di nav de analîzên jêrîn hene:
Kontrola Kalîteya Daneyê:
o Hilberîna daneyan û dabeşkirina pîvana kalîteyê
o Tespîtkirina genê li her cîhê
o Vegirtina tevnvîsê
Analîz-Nimûneya hundurîn:
o Dewlemendiya genê
o Komkirina deqê, tevî analîza pîvanê kêmkirî
o Analîzkirina îfadeya cihêreng a di navbera koman de: Naskirina genên nîşanker
o Danasîna fonksiyonel û dewlemendkirina genên nîşanker
Analysis Inter-kom
o Ji nû ve berhevkirina deqan ji herdu nimûneyan (mînak nexweşî û kontrol) û ji nû ve kombûnê
o Naskirina genên nîşanker ji bo her komê
o Danasîna fonksiyonel û dewlemendkirina genên nîşanker
o Îfadeya Cûda ya heman komê di navbera koman de
Inner-nimûne Analysis
Clustering spot
Nasnameya genên nîşanker û belavkirina mekan
Analysis Inter-kom
Kombûna daneyan ji her du koman û ji nû ve komê
Genên nîşanker ên komên nû
Pêşketinên ku ji hêla karûbarê transkrîptomîka mekanî ya BMKGene ve ji hêla 10X Visium ve hatî hêsan kirin Di van weşanên diyarkirî de bigerin:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, homologek potansiyel a Drosophila ya GPCR-yên adhesionê mammalan, di reaksiyonên antîtumor de ji şaneyên onkojenîk ên derzîkirî yên di mêşan de têkildar e',Gotarên Akademiya Zanistî ya Neteweyî ya Dewletên Yekbûyî yên Amerîkayê, 120(30), r. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL xêzkirina bi rezîliya bilind a daneyên transkrîptomî yên cîhê-demî dihêle',Brîfîngên di Bioinformatics de, 24(2), rûp 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'Di pêşveçûna kulîlkên orkîdeyê de atlasek feza-demî ya organogenesisê',Lêkolîna Asîdên Nukleîk, 50(17), rûpel 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Tevgirêdana Transkrîptomîkên Cihanî û Rêzkirina RNA ya Yek-nukleus Stratejiyên Dermankirî yên Potansiyel ên ji bo Leiomyoma Uterine eşkere dike',Kovara Navneteweyî ya Zanistên Biyolojîk, 19 (8), rûpel 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
