특정 로커스 증폭 된 단편 시퀀싱 (SLAF-SEQ)
워크 플로
기술 체계
서비스 기능
● PE150을 사용한 Novaseq에서 시퀀싱.
● 이중 바코드가있는 라이브러리 준비로 1000 개가 넘는 샘플의 풀링이 가능합니다.
●이 기술은 각 사례마다 다른 생물 정보 파이프 라인과 함께 기준 게놈이 있거나없는 경우에 사용할 수 있습니다.
참조 게놈 : SNP 및 Indel Discovery
기준 게놈없이 : 샘플 클러스터링 및 SNP 발견
●실리코에서사전 디자인 단계 다중 제한 효소 조합을 스크리닝하여 게놈을 따라 SLAF 태그의 균일 한 분포를 생성하는 것들을 찾습니다.
● 실험 전 동안 3 개의 효소 조합이 3 개의 SLAF 라이브러리를 생성하기 위해 3 개의 샘플에서 테스트되며,이 정보는 프로젝트에 대한 최적의 제한 효소 조합을 선택하는 데 사용됩니다.
서비스 장점
●높은 유전자 마커 발견: 고 처리량 이중 바코드 시스템을 통합하면 대규모 인구의 동시 시퀀싱이 가능하며, 유전자좌 특이 적 증폭은 효율성을 향상시켜 태그 번호가 다양한 연구 질문의 다양한 요구 사항을 충족시킬 수 있습니다.
● 게놈에 대한 낮은 의존성: 기준 게놈이 있거나없는 종에 적용될 수 있습니다.
●유연한 체계 설계: 단일 효소, 이중-효소, 다 효소 소화 및 다양한 유형의 효소가 모두 다른 연구 목표 나 종을 수용하기 위해 선택 될 수 있습니다. 그만큼실리코에서최적의 효소 설계를 보장하기 위해 사전 디자인이 수행됩니다.
● 효소 소화의 고효율: an의 전도실리코에서사전 디자인 및 사전 실험은 염색체 (1 SLAF TAG/4KB) 및 반복 시퀀스 감소 (<5%)에서 SLAF 태그의 균일 한 분포를 갖는 최적의 최적 설계를 보장합니다.
●광범위한 전문 지식: 우리 팀은 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공하며 식물, 포유류, 조류, 곤충 및 수생 유기체를 포함한 수백 종에 대한 5000 개 이상의 SLAF-Seq 프로젝트를 폐쇄 한 기록을 가지고 있습니다.
● 자체 개발 된 생물 정보 워크 플로우: Bmkgene은 최종 출력의 신뢰성과 정확성을 보장하기 위해 SLAF-Seq에 대한 통합 생물 정보 워크 플로를 개발했습니다.
서비스 사양
| 분석 유형 | 권장 인구 규모 | 시퀀싱 전략 | |
| 태그 시퀀싱의 깊이 | 태그 번호 | ||
| 유전자지도 | 2 명의 부모와> 150 자손 | 학부모 : 20 배 WGS 오프 스핑 : 10x | 게놈 크기 : <400 MB : WGS가 권장됩니다 <1GB : 100K 태그 1-2GB :: 200K 태그 > 2GB : 300K 태그 최대 500k 태그 |
| 게놈 전체 연관 연구 (GWAS) | ≥200 샘플 | 10x | |
| 유전 적 진화 | 각 하위 군에서> 10 개의 샘플을 갖는 30 개 이상의 샘플 | 10x | |
서비스 요구 사항
농도 ≥ 5 ng/µl
총 금액 ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
아가 로스 겔 : 분해 또는 오염이 제한적이거나 제한적입니다
권장 샘플 전달
용기 : 2 ml 원심 분리 튜브
(대부분의 샘플의 경우, 우리는 에탄올을 보존하지 않는 것이 좋습니다)
샘플 라벨링 : 샘플은 명확하게 레이블을 지정하고 제출 된 샘플 정보 양식과 동일해야합니다.
배송 : 드라이 아이스 : 샘플은 먼저 가방에 포장되어 드라이 아이스에 묻혀 있어야합니다.
서비스 워크 플로
샘플 QC
파일럿 실험
슬라프 경험
도서관 준비
시퀀싱
데이터 분석
애프터 판매 서비스
다음 분석을 포함합니다.
- 시퀀싱 데이터 QC
- SLAF 태그 개발
기준 게놈에 매핑
참조 게놈없이 : 클러스터링
- SLAF 태그 분석 : 통계, 게놈의 분포
- 마커 발견 : SNP, Indel, SNV, CV Calling 및 Annotation
염색체에서 SLAF 태그 분포 :
염색체에 대한 SNP의 분포 :
SNP 주석
| 년도 | 신문 | IF | 제목 | 응용 프로그램 |
| 2022 | 자연 커뮤니케이션 | 17.694 | Giga-Chromosomes의 게놈 기초와 나무 모란의 Giga-Genome Paeonia Ostii | 슬라프 가스 |
| 2015 | 새로운 식물 학자 | 7.433 | 가축 발자국은 농업 경제적 중요성의 게놈 영역을 정박합니다 대두 | 슬라프 가스 |
| 2022 | 고급 연구 저널 | 12.822 | G. Hirsutum으로 Gossypium Barbadense의 게놈 전체 인공 내성 면 섬유 품질 및 수율의 동시 개선을위한 우수한 유전자좌를 나타냅니다. 특성 | Slaf-evolutionary 유전학 |
| 2019 | 분자 식물 | 10.81 | 인구 게놈 분석 및 De Novo Assembly는 잡초의 기원을 드러냅니다. 진화 게임으로서의 쌀 | Slaf-evolutionary 유전학 |
| 2019 | 자연 유전학 | 31.616 | 일반 잉어의 게놈 서열 및 유전 적 다양성, Cyprinus Carpio | 슬라프-링크 맵 |
| 2014 | 자연 유전학 | 25.455 | 재배 된 땅콩의 게놈은 콩과 식물에 대한 통찰력을 제공합니다. 진화와 농작물 가축. | 슬라프-링크 맵 |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | ST1의 식별은 종자 형태의 히치 하이킹과 관련된 선택을 보여줍니다. 콩 가축화 중 오일 함량 | 슬라프 마커 개발 |
| 2022 | 국제 분자 과학 저널 | 6.208 | 밀-리 니머스 Mollis 2NS에 대한 식별 및 DNA 마커 개발 (2D) 불만족 염색체 치환 | 슬라프 마커 개발 |
| 년도 | 신문 | IF | 제목 | 응용 프로그램 |
| 2023 | 식물 과학의 국경 | 6.735 | Pyrus Pyrifolia의 과일 숙성 동안 당 함량의 QTL 매핑 및 전 사체 분석 | 유전자지도 |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | ST1의 식별은 대두가 길어하는 동안 종자 형태 및 오일 함량의 히치 하이킹과 관련된 선택을 보여줍니다.
| SNP 전화 |
| 2022 | 식물 과학의 국경 | 6.623 | 가뭄 환경에서 헐레스의 게놈 전체 연관성 매핑은 간신히 표현형을 거의하지 않습니다.
| GWAS |
