단일 핵 RNA 시퀀싱
기술 체계
핵의 분리는 10 × Genomics Chromium ™에 의해 달성되며, 이는 이중 교차로가있는 8 채널 미세 유체 시스템을 구성합니다. 이 시스템에서, 바코드 및 프라이머를 갖는 겔 비드, 효소 및 단일 핵은 나노 리터 크기의 오일 방울에 캡슐화되어 GEM (gem)을 생성한다. 보석이 형성되면, 각 보석에서 세포 용해 및 바코드 방출이 수행된다. mRNA는 10 × 바코드 및 UMI를 갖는 cDNA 분자로 역전사되며, 이는 표준 시퀀싱 라이브러리 구조에 따른 추가 대상이다.
특징
● 냉동 조직에서 단일-핵심 현탁액 준비
● GEL BEAD-in-Emulsion (GEM)의 형성과 cDNA 합성의 형성
● 보석의 각 비드에는 4 개의 섹션으로 구성된 프라이머가 있습니다.
mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을위한 폴리 (DT) 꼬리,
증폭 바이어스를 교정하기위한 고유 한 분자 식별자 (UMI)
10x 바코드
부분 읽기 1 시퀀싱 프라이머의 결합 서열
장점
단일-핵 RNA 시퀀싱은 단일 세포 RNA 시퀀싱의 한계를 우회하고 활성화합니다.
● 냉동 샘플의 사용 및 신선한 샘플에만 국한되지 않습니다.
● 신선한 세포의 효소 적 처리와 비교할 때 냉동 세포의 낮은 스트레스는 스트레스 유발 유전자의 형태로 전 사체 데이터에 반영됩니다.
● 적혈구를 사전 제거 할 필요가 없습니다.
● 무제한 세포 직경
● 조직 해리 중에 세포 덩어리 또는 파괴가 발생하기 쉬운 복잡하고 깨지기 쉬운 조직 유형을 포함하여 분석에 적합한 대량의 샘플
단일 세포 RNA 시퀀싱에 의해 분석 될 수없고 단일 핵 RNA 시퀀싱에 적합한 샘플 :
| 세포 / 조직 | 이유 |
| 냉동 조직 | 신선하거나 오랫동안 구원을받은 조직을 얻을 수 없습니다 |
| 근육 세포, 메가 카리 세포, 지방… | 세포 직경이 너무 커서 기기에 들어갑니다 |
| 간… | 파손하기에는 너무 연약하고 단일 세포를 구별 할 수 없습니다 |
| 뉴런 세포, 뇌… | 보다 민감하고 스트레스가 쉬우면 시퀀싱 결과가 변경됩니다. |
| 췌장, 갑상선… | 내인성 효소가 풍부하여 단일 세포 현탁액의 생산에 영향을 미칩니다. |
단일 핵과 단일 세포
| 단일 핵 | 단일 셀 |
| 무제한 세포 직경 | 세포 직경 : 10-40 μm |
| 물질은 냉동 조직 일 수 있습니다 | 물질은 신선한 조직이어야합니다 |
| 냉동 세포의 낮은 스트레스 | 효소 처리는 세포 스트레스 반응을 유발할 수 있습니다 |
| 적혈구를 제거 할 필요가 없습니다 | 적혈구를 제거해야합니다 |
| 핵은 생물 정보를 표현합니다 | 전체 세포는 생체 정보를 발현한다 |
명세서
| 샘플 요구 사항 | 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터가 권장됩니다 | 품질 관리 |
| 동물 조직 ≥ 200 mg 식물 조직 ≥ 400 mg | 10x 유전체학 sn cDNA 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 셀당 100K PE 판독 값 (100-200GB) | 현미경 하에서 관찰 된 700-1200 핵/μl 및 핵 완전성 |
샘플 준비 안내 및 서비스 워크 플로에 대한 자세한 내용은bmkgene 전문가
서비스 작업 흐름
다음 분석을 포함합니다.
● 품질 관리 : 세포 수, 유전자 검출, 세포의 정확한 식별, RNA 분자 및 발현 정량화
● 내부 샘플 분석 :
셀 클러스터링 및 클러스터 주석
미분 발현 분석 : 클러스터에서 DEG의 식별
클러스터 degs의 기능성 주석 및 농축
● 그룹 간 분석 :
데이터의 조합
미분 발현 분석 : 그룹 내 deg의 식별
그룹 degs의 기능적 주석 및 농축
● 고급 분석 :
세포주기 분석
의사 타임 분석
세포 커뮤니케이션 분석 (Closphonedb)
유전자 세트 농축 분석 (GSEA)
내부 샘플 분석
셀 클러스터링 :
차등 발현 분석 : 클러스터 degs
그룹 간 분석
차등 발현 분석 : 그룹 degs
고급 분석 :
유사성 분석 :
세포주기 분석 :
이 특집 간행물에서 10x 크롬에 의한 BMKGENE의 단일 핵 RNA 시퀀싱 서비스에 의해 촉진 된 진보를 탐색하십시오.
Wang, L. et al. (2021) '단일 세포 전 사체 분석 분석은 스테로이드 내성 천식 악화에서 폐의 면역 조경을 보여준다',미국 국립 과학 아카데미의 절차, 118 (2), p. E2005590118. doi : 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) '그레이브스 병과 하시모토의 갑상선염의 미세 환경에서 면역 세포에서 조절되지 않은 유전자 발현 및 비정상 대사 신호 전달을위한 글로벌 조절 네트워크',면역학의 국경, 13, p. 879824. doi : 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
Tian, H. et al. (2023) '단일 세포 전 사체는 Flounder (Paralichthys olivaceus)에서 비활성화 된 Edwardsiella tarda를 사용한 백신 접종 후 백혈구의 이질성 및 면역 반응을 발견했다' ',양식, 566, p. 739238. doi : 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) '광 역학 요법은 위암 환자에서 항 종양 면역을 리모델링하여 면역 체크 포인트 억제제의 결과를 향상시킨다',위암, 26 (5), pp. 798–813. doi : 10.1007/s10120-023-01409-x/metrics.
