식물/동물 전체 게놈 시퀀싱
서비스 기능
● 라이브러리 준비는 표준 또는 PCR이 없을 수 있습니다
● Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 또는 Pacbio Revio의 4 가지 시퀀싱 플랫폼으로 제공됩니다.
● 변형 탐지에 중점을 둔 생물 정보 분석 : SNP, Indel, SV 및 CNV
서비스 장점
●광범위한 전문 지식 및 출판 기록: 1000 종 이상의 종에 대한 게놈 시퀀싱에 대한 축적 된 경험으로 인해 누적 영향 계수가 5000 이상인 1000 개가 넘는 사례가 발생했습니다.
●포괄적 인 생물 정보학 분석: 변형 호출 및 기능 주석 포함.
● 판매 후 지원 :우리의 약속은 프로젝트 완료를 넘어 3 개월간의 사후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q & A 세션을 제공하여 결과와 관련된 쿼리를 해결합니다.
●포괄적 인 주석: 우리는 여러 데이터베이스를 사용하여 변형이 확인 된 유전자에 기능적으로 주석을 달고 해당 농축 분석을 수행하여 여러 연구 프로젝트에 대한 통찰력을 제공합니다.
서비스 사양
| 식별 할 변형 | 시퀀싱 전략 | 권장 깊이 |
| SNP와 indel | Illumina Novaseq PE150 또는 MGI T7 | 10x |
| SV 및 CNV (정확하지 않음) | 30x | |
| SV 및 CNV (더 정확한) | 나노 포어 무도회 P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV 및 CNV | Pacbio Revio | 10x |
샘플 요구 사항
| 조직 또는 추출 된 핵산 | 일루미나/MGI | 나노 포어 | Pacbio
| ||
| 동물 내장 | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| 동물 근육 | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| 포유류 피 | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| 가금류/생선 혈액 | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| 식물- 신선한 잎 | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| 배양 세포 |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| 곤충 연조직/개인 | 0.5-1 g | ≥ 1g
| ≥ 3 g
| ||
| 추출 된 DNA
| 농도 : ≥ 1 ng/ µl 양 : ≥ 30 ng 저하 또는 오염이 제한적이거나 없음
| 집중 양
OD260/280
OD260/230
저하 또는 오염이 제한적이거나 없음
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/유량 셀/샘플
1.7-2.2
≥1.5 | 집중 양
OD260/280
OD260/230
저하 또는 오염이 제한적이거나 없음 | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/유량 셀/샘플
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR 프리 라이브러리 준비 : 농도 ≥ 40 ng/ µl 양 이상 500 ng | |||||
서비스 작업 흐름
샘플 전달
DNA 추출
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
데이터 전달
다음 분석을 포함합니다.
- 원시 데이터 품질 관리
- 기준 게놈에 대한 정렬 통계
- 변형 식별 : SNP, Indel, SV 및 CNV
- 변형의 기능적 주석
기준 게놈에 대한 정렬 통계 - 시퀀싱 깊이 분포
여러 샘플 중 SNP 호출
indel 식별-CDS 영역 및 게놈 전체 영역의 indel 길이 통계
게놈의 변형 분포 - 회로 플롯
확인 된 변이체를 갖는 유전자의 기능적 주석 - 유전자 온톨로지
Chai, Q. et al. (2023) '글루타티온 S- 트랜스퍼 라제 GHTT19는면에서 안토시아닌 축적을 조절함으로써 꽃 꽃잎 색소 침착을 결정한다', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. doi : 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) '염색체 수준의 야생 hevea brasiliensis 게놈은 게놈 보조 육종 및 고무 수율을 높이는 귀중한 유전자좌를위한 새로운 도구를 제공한다', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp. 1058–1072. doi : 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) '하구 굴의 게놈은 기후 영향과 적응성 가소성에 대한 통찰력을 제공한다', Communications Biology 2021 4 : 1, 4 (1), pp. 1-12. doi : 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) '시간이 지남에 따라 중국 원주민 닭의 게놈 및 메틸화 변화의 분석은 종 보존에 대한 통찰력을 제공한다', Communications Biology, 5 (1), pp. 1-12. doi : 10.1038/s42003-022-03907-7.
