식물/동물 de novo 게놈 시퀀싱
드 노보시퀀싱은 기준 게놈이 없을 때 시퀀싱 기술을 사용하여 종 전체 게놈의 구조를 지칭한다. 더 긴 판독을 특징으로하는 3 세대 시퀀싱의 소개 및 광범위한 채택은 읽기 간의 중첩을 증가시켜 게놈 어셈블리를 상당히 향상시켰다. 이 향상은 높은 이종 접합성, 반복적 인 영역의 높은 비율, 다 배수체 및 반복적 인 요소, 비정상적인 GC 함량을 갖는 영역, 또는 짧은 읽기 시퀀싱을 사용하여 잘 조립되는 높은 복잡성을 나타내는 것과 같은 도전적인 게놈을 다룰 때 특히 적절합니다. 홀로.
당사의 원 스톱 솔루션은 고품질 데 노보 조립 된 게놈을 제공하는 통합 시퀀싱 서비스 및 생물 정보 분석을 제공합니다. Illumina를 통한 초기 게놈 조사는 게놈 크기 및 복잡성에 대한 추정을 제공하며,이 정보는 Pacbio Hifi를 사용한 다음 장거리 시퀀싱의 다음 단계를 안내하는 데 사용됩니다.드 노보Contigs의 조립. 후속 HIC 어셈블리의 사용은 게놈에 콘티 그를 고정시켜 염색체 수준의 어셈블리를 얻을 수있게한다. 마지막으로, 게놈은 유전자 예측 및 시퀀싱 발현 유전자에 의해 주석을 달고, 짧고 긴 독서를 갖는 전 사체에 의지한다.
서비스 기능
● 원 스톱 솔루션에서 다중 시퀀싱 및 생물 정보 학적 서비스의 통합 :
게놈 크기를 추정하고 후속 단계를 안내하기위한 일루미나를 이용한 게놈 조사;
긴 읽기 시퀀싱드 노보Contigs의 조립;
염색체 고정을위한 HI-C 시퀀싱;
유전자의 주석을위한 mRNA 시퀀싱;
어셈블리 검증.
● 신규 한 게놈 구성에 적합한 서비스 또는 관심있는 종을위한 기존 기준 게놈의 개선.
서비스 장점
시퀀싱 플랫폼 및 생물 정보학의 개발드 노보게놈 어셈블리
(Amarasinghe Sl et al.,게놈 생물학, 2020)
●광범위한 전문 지식 및 출판 기록: BMKGENE은 이배체 게놈 및 다 배수체 및 allopolyploid 종의 매우 복잡한 게놈을 포함하여 다양한 종의 고품질 게놈 어셈블리에서 대규모 경험을 축적했습니다. 2018 년부터 우리는 오버에 기여했습니다300 개의 고 충격적인 출판물, 20 명 이상이 Nature Genetics에 출판됩니다..
● 원 스톱 솔루션: 우리의 통합 접근법은 여러 시퀀싱 기술과 생물 정보 분석을 응집력있는 워크 플로로 결합하여 고품질 조립 게놈을 제공합니다.
●귀하의 필요에 맞게 조정됩니다: 우리의 서비스 워크 플로우는 사용자 정의 가능하므로 다양한 기능과 특정 연구 요구가있는 게놈에 적응할 수 있습니다. 여기에는 거대한 게놈, 다 배수 게놈, 이형 접합 게놈 등을 수용하는 것이 포함됩니다.
●고도로 숙련 된 생물 정보학 및 실험실 팀: 복잡한 게놈 어셈블리의 실험 및 생물 정보학 전선과 일련의 특허 및 소프트웨어 저작권에 대한 훌륭한 경험으로.
●판매 후 지원 :우리의 약속은 프로젝트 완료를 넘어 3 개월간의 사후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q & A 세션을 제공하여 결과와 관련된 쿼리를 해결합니다.
서비스 사양
| 게놈 조사 | 게놈 어셈블리 | 염색체 수준 | 게놈 주석 |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi는 읽습니다 | 100x Hi-C | RNA-Seq Illumina PE150 10GB + (선택 과목) 전체 길이 RNA-Seq Pacbio 40GB 또는 나노 포어 12GB |
서비스 요구 사항
게놈 조사, 게놈 어셈블리 및 HI-C 어셈블리 :
| 조직 또는 추출 된 핵산 | 게놈 조사 | Pacbio를 사용한 게놈 어셈블리 | Hi-C 어셈블리 |
| 동물 내장 | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| 동물 근육 | ≥ 5 g | ||
| 포유류 피 | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| 가금류/생선 혈액 | ≥ 0.5 ml | ||
| 식물- 신선한 잎 | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| 배양 세포 |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| 곤충 | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| 추출 된 DNA | 농도 : ≥1 ng/ µl ≥ 30 ng의 양 저하 또는 오염이 제한적이거나 없음 | 농도 : ≥ 50 ng/ µl 양 : 10 µg/유량 셀/샘플 OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 저하 또는 오염이 제한적이거나 없음 |
-
|
전 사체를 사용한 게놈 주석 :
| 조직 또는 추출 된 핵산 | 일루미나 전 사체 | Pacbio Transcriptome | 나노 포어 전 사체 |
| 식물 뿌리/줄기/꽃잎 | 450 mg | 600 mg | |
| 식물 - 잎/씨앗 | 300 mg | 300 mg | |
| 식물 - 과일 | 1.2 g | 1.2 g | |
| 동물 심장/장 | 300 mg | 300 mg | |
| 동물 내장/뇌 | 240 mg | 240 mg | |
| 동물 근육 | 450 mg | 450 mg | |
| 동물 뼈/머리/피부 | 1 g | 1 g | |
| 절지 동물 - 곤충 | 6 | 6 | |
| 절지 동물 -크루 스테 아 | 300 mg | 300 mg | |
| 전혈 | 1 튜브 | 1 튜브 | |
| 추출 된 RNA | 농도 : ≥ 20 ng/ µl ≥ 0.3 µg의 양 OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 린≥ 6 5 and28S/18S≥1 | 농도 : ≥ 100 ng/ µl 양 ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 린≥ 8 5 and28S/18S≥1 | 농도 : ≥ 100 ng/ µl 양 ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 린≥ 7.5 5 and28S/18S≥1 |
권장 샘플 전달
용기 : 2ml 원심 분리기 (주석 호일 권장되지 않음)
(대부분의 샘플의 경우, 우리는 에탄올을 보존하지 않는 것이 좋습니다.)
샘플 라벨링 : 샘플은 제출 된 샘플 정보 양식과 명확하게 레이블을 지정하고 동일해야합니다.
배송 : 드라이 아이스 : 샘플은 먼저 가방에 포장되어 드라이 아이스에 묻혀 있어야합니다.
워크 플로
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 전달
DNA 추출
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
애프터 판매 서비스
4 단계로 분리 된 완전한 생물 정보 분석 :
1) NGS를 사용한 K-MER 분석을 기반으로 한 게놈 조사는 다음과 같습니다.
게놈 크기의 추정
이종 접합성의 추정
반복적 인 지역의 추정
2) Pacbio Hifi를 사용한 게놈 어셈블리 :
드 노보집회
조립 평가 : 게놈 완전성에 대한 Busco 분석 및 NGS 및 Pacbio Hifi Reads의 매핑 포함
3) Hi-C 어셈블리 :
HI-C 라이브러리 QC : 유효한 HI-C 상호 작용의 추정
HI-C 어셈블리 : 그룹 내 Contig의 클러스터링, 각 그룹 내에서 Contig 순서 및 Contig 방향을 할당합니다.
Hi-C 평가
4) 게놈 주석 :
비 코딩 RNA 예측
반복 시퀀스 식별 (트랜스 포손 및 탠덤 반복)
유전자 예측
§드 노보: ab initio 알고리즘
§ 상 동성에 근거합니다
§ Transcriptome을 기준으로 길고 짧은 읽기가있는 : 읽기는드 노보초안 게놈에 조립 또는 매핑
§ 여러 데이터베이스가있는 예측 된 유전자의 주석
1) 게놈 조사- K-Mer 분석
2) 게놈 어셈블리
2) 게놈 어셈블리 - Pacbio Hifi는 드래프트 어셈블리에 매핑을 읽습니다.
2) HI-C 어셈블리-Hi-C 유효한 상호 작용 쌍의 추정
3) 하이 -C 및 어셈블리 후 평가
4) 게놈 주석 - 예측 된 유전자의 통합
4) 게놈 주석 - 예측 된 유전자 주석
선별 된 출판물 모음을 통해 BMKGENE의 DE NOVO Genome Assembly 서비스가 촉진 한 진보를 탐색하십시오.
Li, C. et al. (2021) '게놈 서열은 글로벌 분산 경로를 보여주고 해마 진화에서 수렴 유전 적 적응을 제안한다', Nature Communications, 12 (1). doi : 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) '대규모 염색체 변화는 게놈 수준의 발현 변화, 환경 적 적응 및 게이 알 (BOS frontalis)의 종, 분자 생물학 및 진화, 40 (1)의 종을 초래한다. doi : 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) '두드러진 가뭄 내성 옥수수 생식 질의 게놈 조립 및 유전자 해부', Nature Genetics 2023 55 : 3, 55 (3), pp. 496-506. doi : 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae 패밀리에서 2 개의 게놈을 분석함으로써 트로판 알칼로이드 생합성의 진화를 드러냅니다.', Nature Communications 2023 14 : 1, 14 (1), pp. 1-18. doi : 10.1038/s41467-023-37133-4.
도전적인 사례 연구 :
텔로미어-텔로미어 어셈블리 :Fu, A. et al. (2023) '쓴 멜론 (Momordica Charantia L. var. Abbreviata ser.)의'텔로미어-텔로미어 게놈 어셈블리 (Telomere-to-Telomere Genome Assembly)는 과일 발달, 구성 및 숙성 유전자 특성을 보여준다 ', 원예 연구, 10 (1). doi : 10.1093/hr/uhac228.
일배 체형 어셈블리 :Hu, W. et al. (2021) '대립 유전자 정의 게놈은 카사바 진화 동안 바이알 렐리 차별화를 보여준다', 분자 식물, 14 (6), pp. 851-854. doi : 10.1016/j.molp.2021.04.009.
거대한 게놈 어셈블리 :Yuan, J. et al. (2022) 'Giga-Chromosomes와 Giga-Genome of Tree Meany Paeonia Ostii', Nature Communications 2022 13 : 1, 13 (1), pp. 1-16. doi : 10.1038/s41467-022-35063-1.
다 배수 게놈 어셈블리 :Zhang, Q. et al. (2022) '자가 폴리 플로이드 사탕 수수 사탕 수수 Saccharum spontaneum의 최근 염색체 감소에 대한 게놈 통찰력', Nature Genetics 2022 54 : 6, 54 (6), pp. 885-896. doi : 10.1038/s41588-022-01084-1.
