PacBio 2+3 전장 mRNA 솔루션
특징
● 연구 설계:
전사체 동형을 식별하기 위해 PacBio로 시퀀싱된 풀링된 샘플
별도의 샘플(테스트할 복제물 및 조건)을 순서대로성적표 발현을 정량화하는 NGS
● CCS 모드에서 PacBio 시퀀싱, HiFi 읽기 생성
● 전체 길이의 성적표 순서
● 분석에는 참조 게놈이 필요하지 않습니다. 그러나 채용될 수도 있습니다
● 생물정보학 분석에는 유전자 및 isoform 수준의 발현 분석뿐만 아니라 lncRNA, 유전자 융합, 폴리아데닐화, 유전자 구조 분석도 포함됩니다.
장점
● 높은 정확도: HiFi 판독 정확도 >99.9%(Q30), NGS와 유사
● 대체 접합 분석: 모든 전사체의 서열을 분석하면 동형 식별 및 특성화가 가능합니다.
● PacBio와 NGS의 장점 결합: isoform 수준에서 발현 정량화 가능, 전체 유전자 발현 분석 시 가려질 수 있는 변화 공개
● 광범위한 전문성: 1100개 이상의 PacBio 전체 길이 전사체 프로젝트를 완료하고 2300개 이상의 샘플을 처리한 실적을 통해 우리 팀은 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
● 판매 후 지원: 우리의 약속은 프로젝트 완료 이후에도 3개월의 판매 후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 결과와 관련된 모든 질문을 해결하기 위해 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q&A 세션을 제공합니다.
샘플 요구 사항 및 배송
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 권장되는 데이터 | 품질 관리 |
| PolyA 강화 mRNA CCS 라이브러리 | PacBio 속편 II 팩바이오 레비오 | 20/40GB 5/10M CCS | Q30≥85% |
| 폴리A 농축 | 일루미나 PE150 | 6~10GB | Q30≥85% |
뉴클레오티드
|
| 농도(ng/μl) | 양(μg) | 청정 | 진실성 |
| 일루미나 도서관 | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤에 단백질이나 DNA 오염이 제한되거나 전혀 표시되지 않습니다. | 식물의 경우: RIN≥4.0; 동물의 경우: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; 기준선 고도가 제한되거나 없음 |
| 팩바이오 라이브러리 | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 젤에 단백질이나 DNA 오염이 제한되거나 전혀 표시되지 않습니다. | 식물: RIN≥7.5 동물: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; 기준선 고도가 제한되거나 없음 |
권장 샘플 배송
용기: 2 ml 원심분리 튜브 (Tin Foil은 권장하지 않음)
샘플 라벨링: 그룹+복제(예: A1, A2, A3); B1, B2, B3.
선적:
1. 드라이아이스:샘플은 가방에 포장하고 드라이아이스에 묻어야 합니다.
2. RNAstable 튜브: RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브(예: RNAstable®)에서 건조되고 실온에서 배송될 수 있습니다.
다음 분석이 포함됩니다.
원시 데이터 품질 관리
대체 폴리아데닐화 분석(APA)
융합 성적표 분석
대체 접합 분석
벤치마킹 Universal Single-Copy Orthologs(BUSCO) 분석
새로운 전사체 분석: 코딩 서열(CDS) 예측 및 기능적 주석
lncRNA 분석: lncRNA 및 표적 예측
마이크로위성 식별(SSR)
차별적으로 표현된 성적표(DET) 분석
차별적으로 발현된 유전자(DEG) 분석
DEG 및 DET의 기능적 주석
BUSCO 분석
대체 접합 분석
대체 폴리아데닐화 분석(APA)
차별적으로 발현된 유전자(DEG) 및 전사체(DET9 분석)
DET 및 DEG의 단백질-단백질 상호 작용 네트워크
엄선된 출판물 컬렉션을 통해 BMKGene의 PacBio 2+3 전장 mRNA 시퀀싱을 통해 촉진된 발전을 살펴보세요.
Chao, Q. et al. (2019) '사시나무 줄기 전사체의 발달 역학', 식물 생명공학 저널, 17(1), pp. 206–219. 도이: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) '과실 발달 및 Actinidia latifolia(아스코르베이트가 풍부한 과일 작물)의 숙성 중 아스코르브산 함량의 동적 변화 및 관련 분자 메커니즘', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) '파리 폴리필라의 생리활성 폴리필린과 관련된 생합성 경로 유전자의 효과적인 예측', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. 도이: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M.et al. (2023) 'Tuta Absoluta(Meyrick) 전사체 및 Cytochrome P450 유전자의 PacBio Iso-Seq 및 Illumina RNA-Seq 결합 분석', Insects, 14(4), p. 363. 도이: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijunet al. (2019) 'Ricinus communis의 리시놀레산 생합성에 대한 더 나은 이해를 위해 Illumina RNA 시퀀싱과 결합된 PacBio 단일 분자 실시간 분석을 사용한 전사체 복잡성에 대한 조사', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
