Nanopore 전장 전사체

Nanopore 전사체 시퀀싱은 전체 길이의 cDNA 시퀀싱을 위한 강력한 방법으로 전사체 동형을 정확하게 식별하고 정량화합니다. BMKCloud Nanopore 전장 전사체 파이프라인은 주석이 잘 달린 고품질 참조 게놈에 대해 Nanopore 플랫폼에서 생성된 RNA-Seq 데이터를 분석하도록 설계되어 유전자 및 전사체 수준 모두에서 정성적 및 정량적 분석을 제공합니다. 품질 관리 후, 전체 길이의 비키메라(FLNC) 서열을 얻고 컨센서스 서열을 참조 게놈에 매핑하여 중복된 전사물을 제거합니다. 이 전사체 세트에서 발현이 정량화되고 차등적으로 발현되는 유전자와 전사체가 식별되고 기능적으로 주석이 추가됩니다. 파이프라인에는 또한 대체 폴리아데닐화(APA) 분석, 대체 스플라이싱 분석, 단순 서열 반복(SSR) 분석, lncRNA 및 해당 표적 예측, 코딩 서열 예측(CDS), 유전자군 분석, 전사 인자 분석, 신규 유전자 예측이 포함됩니다. 성적 증명서의 기능적 주석.