Hi-C 기반 게놈 어셈블리
HI-C는 프로브 근접 기반 상호 작용과 고 처리량 시퀀싱을 결합하여 염색체 구성을 캡처하도록 설계된 방법입니다. 이들 상호 작용의 강도는 염색체의 물리적 거리와 음의 상관 관계가있는 것으로 여겨진다. 따라서, HI-C 데이터는 초안 게놈에서 조립 된 서열의 클러스터링, 순서 및 배향을 안내하고 특정 수의 염색체에 이들을 고정시키는 데 사용됩니다. 이 기술은 인구 기반 유전자 MAP가없는 경우 염색체 수준의 게놈 어셈블리를 강화합니다. 모든 단일 게놈에는 HI-C가 필요합니다.
서비스 기능
● PE150을 사용한 Illumina Novaseq에서 시퀀싱.
● 서비스에는 추출 된 핵산 대신 조직 샘플이 포름 알데히드를 가교시키고 DNA- 단백질 상호 작용을 보존하기 위해 조직 샘플이 필요합니다.
● HI-C 실험에는 비오틴으로 끈적 끈적한 끝의 제한 및 종료 수리가 포함되며, 상호 작용을 유지하면서 결과 무딘 끝의 순환이 포함됩니다. 이어서, DNA를 스트렙 타비 딘 비드로 당겨서 후속 라이브러리 제조를 위해 정제된다.
서비스 장점
Hi-C의 개요
(Lieberman-Aiden E et al.,과학, 2009)
●유전자 집단 데이터의 필요성 제거 :Hi-C는 Contig Angaloring에 필요한 필수 정보를 대체합니다.
●높은 마커 밀도 :90%이상의 높은 Contig 고정 비율로 이어집니다.
●광범위한 전문 지식 및 출판 기록 :BMKGENE은 1000 종의 다른 종과 다양한 특허의 2000 개 이상의 HI-C 게놈 어셈블리에 대한 광범위한 경험을 가지고 있습니다. 200 개가 넘는 발표 된 사례의 축적 영향 요인은 2000 이상입니다.
●고도로 숙련 된 생물 정보학 팀 :Hi-C 실험 및 데이터 분석을위한 사내 특허 및 소프트웨어 저작권을 통해 자체 개발 된 시각화 데이터 소프트웨어를 사용하면 수동 차단이 이동, 반전, 취소 및 재조정이 가능합니다.
●판매 후 지원 :우리의 약속은 프로젝트 완료를 넘어 3 개월간의 사후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q & A 세션을 제공하여 결과와 관련된 쿼리를 해결합니다.
●포괄적 인 주석: 우리는 여러 데이터베이스를 사용하여 변형이 확인 된 유전자에 기능적으로 주석을 달고 해당 농축 분석을 수행하여 여러 연구 프로젝트에 대한 통찰력을 제공합니다.
서비스 사양
| 도서관 준비 | 시퀀싱 전략 | 권장 데이터 출력 | 품질 관리 |
| Hi-C 라이브러리 | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
샘플 요구 사항
| 조직 | 필요한 금액 |
| 동물 내장 | ≥ 2 g |
| 동물 근육 | |
| 포유류 피 | ≥ 2 ml |
| 가금류/생선 혈액 | |
| 식물- 신선한 잎 | ≥ 3 g |
| 배양 세포 | ≥ 1x107 |
| 곤충 | ≥ 2 g |
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 전달
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
애프터 판매 서비스
1) 원시 데이터 QC
2) HI-C 라이브러리 QC : 유효한 HI-C 상호 작용의 추정
3) HI-C 어셈블리 : 그룹 내 Contig의 클러스터링, 각 그룹 내에서 Contig 순서 및 Contig 방향을 할당합니다.
4) HI-C 평가
HI-C 라이브러리 QC-Hi-C 유효한 상호 작용 쌍의 추정
HI-C 어셈블리-통계
조립 후 평가-쓰레기통 간의 신호 강도의 열 맵
선별 된 출판물 모음을 통해 BMKGENE의 HI-C 어셈블리 서비스가 촉진 한 발전을 탐구하십시오.
Tian, T. et al. (2023) '두드러진 가뭄 내성 옥수수 생식 질의 게놈 조립 및 유전자 해부', Nature Genetics 2023 55 : 3, 55 (3), pp. 496-506. doi : 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, Zl et al. (2020) '아시아 꿀벌 Apis Cerana Genome의 염색체 규모 조립, 유전학의 프론티어, 11, p. 524140. doi : 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'Solanaceae 패밀리에서 2 개의 게놈을 분석함으로써 트로판 알칼로이드 생합성의 진화를 드러냅니다.', Nature Communications 2023 14 : 1, 14 (1), pp. 1-18. doi : 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Banyan Tree 및 Pollinator Wasp의 게놈은 Fig-Wasp Coevolution에 대한 통찰력을 제공합니다.', Cell, 183 (4), pp. 875-889.e17. doi : 10.1016/j.cell.2020.09.043
