Hi-C 기반 염색질 상호작용
서비스 특징
● PE150을 사용하여 Illumina NovaSeq에서 시퀀싱.
● 서비스를 위해서는 추출된 핵산 대신 포름알데히드와 교차 결합하고 DNA-단백질 상호 작용을 보존하는 조직 샘플이 필요합니다.
● Hi-C 실험에는 비오틴을 사용하여 끈적끈적한 말단을 제한하고 말단을 복구한 다음, 상호작용을 보존하면서 생성된 무딘 말단을 원형화하는 작업이 포함됩니다. 그런 다음 DNA를 스트렙타비딘 비드로 풀다운하고 후속 라이브러리 준비를 위해 정제합니다.
서비스 장점
●최적의 제한 효소 설계: 최대 93%의 유효한 상호 작용 쌍을 통해 다양한 종에서 높은 Hi-C 효율성을 보장합니다.
●광범위한 전문 지식 및 출판 기록:BMKGene은 800종의 다양한 종과 다양한 특허를 통해 2000개 이상의 Hi-C 시퀀싱 프로젝트에 대한 방대한 경험을 보유하고 있습니다. 누적 영향 계수가 900이 넘는 100개 이상의 사례가 게시되었습니다.
●고도로 숙련된 생물정보학 팀:Hi-C 실험 및 데이터 분석을 위한 자체 특허 및 소프트웨어 저작권과 자체 개발한 시각화 데이터 소프트웨어를 보유하고 있습니다.
●판매 후 지원:우리의 약속은 프로젝트 완료 이후에도 3개월의 판매 후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 결과와 관련된 모든 질문을 해결하기 위해 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q&A 세션을 제공합니다.
●포괄적인 주석: 우리는 여러 데이터베이스를 사용하여 식별된 변이가 있는 유전자에 기능적으로 주석을 달고 해당 농축 분석을 수행하여 여러 연구 프로젝트에 대한 통찰력을 제공합니다.
서비스 사양
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 권장 데이터 출력 | Hi-C 신호 분해능 |
| Hi-C 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 크로마틴 루프: 150x TAD: 50x | 크로마틴 루프: 10Kb TAD: 40Kb |
서비스 요구 사항
| 샘플 유형 | 필요금액 |
| 동물 조직 | ≥2g |
| 전혈 | ≥2mL |
| 진균류 | ≥1g |
| 식물-젊은 조직 | 1g/분취량, 2-4분할 권장 |
| 배양된 세포 | ≥1x107 |
다음 분석이 포함됩니다.
● 원시 데이터 QC;
● 매핑 및 Hi-C 라이브러리 QC: 유효한 상호 작용 쌍 및 IDE(상호 작용 붕괴 지수);
● 게놈 전체 상호 작용 프로파일링: cis/trans 분석 및 Hi-C 상호 작용 맵;
● A/B 구획 분포 분석;
● TAD 및 염색질 루프 식별;
● 샘플 간의 3D 염색질 구조 요소에 대한 차등 분석 및 관련 유전자의 해당 기능 주석.
시스 및 트랜스 비율 분포
샘플 간 염색체 상호작용의 히트맵
A/B 구획의 게놈 전체 분포
염색질 루프의 게놈 전체 분포
TAD 시각화
엄선된 출판물 컬렉션을 통해 BMKGene의 Hi-C 시퀀싱 서비스를 통해 촉진된 연구 발전을 살펴보세요.
Meng, T. et al. (2021) '비교 통합 다중 오믹스 분석을 통해 CA2가 척색종의 새로운 표적으로 확인되었습니다',신경종양학, 23(10), pp. 1709–1722. 도이: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. et al. (2021) '게놈의 3D 해체 및 재배열은 통합된 Hi-C, Nanopore 및 RNA 시퀀싱을 통해 NAFLD의 병인에 대한 통찰력을 제공합니다',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), pp. 3150–3164. 도이: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
