드 노보 곰팡이 게놈 어셈블리
Bmkgene은 곰팡이 게놈을위한 다목적 솔루션을 제공하며 다양한 연구 요구를 충족시키고 원하는 게놈 완전성을 제공합니다. 짧은 읽기 일루미나 시퀀싱 만 사용하면 초안 게놈을 생성 할 수 있습니다. 나노 포어 또는 Pacbio를 사용한 짧은 읽기 및 장거리 시퀀싱은 더 긴 연속체를 갖는보다 세련된 곰팡이 게놈을 위해 결합된다. 또한, HI-C 시퀀싱을 통합하면 기능이 더욱 향상되어 완전한 염색체 수준의 게놈을 달성 할 수 있습니다.
서비스 기능
원하는 게놈 완전성에 따라 선택할 수있는 세 가지 가능한 옵션이 있습니다.
● 초안 게놈 옵션 : Illumina Novaseq PE150을 사용한 짧은 읽기 시퀀싱.
● 곰팡이 미세 게놈 옵션 :
게놈 조사 : Illumina Novaseq PE150.
게놈 어셈블리 : Pacbio Revio (Hifi Reads) 또는 Nanopore Promethion 48.
● 염색체 수준의 곰팡이 게놈 :
게놈 조사 : Illumina Novaseq PE150.
게놈 어셈블리 : Pacbio Revio (Hifi Reads) 또는 Nanopore Promethion 48.
Hi-C 어셈블리를 사용한 Contig 고정.
서비스 장점
●사용 가능한 여러 시퀀싱 전략: 게놈 완전성의 다양한 연구 목표와 요구 사항
●완전한 생물 정보학 워크 플로 :여기에는 게놈 어셈블리 및 다중 게놈 요소의 예측, 기능성 유전자 주석 및 Contig 앵커링이 포함됩니다.
●광범위한 전문 지식: 12,000 개가 넘는 미생물 게놈이 조립되면서 우리는 10 년 이상의 경험, 고도로 숙련 된 분석 팀, 포괄적 인 콘텐츠 및 우수한 판매 후 지원을 제공합니다.
●판매 후 지원 :우리의 약속은 프로젝트 완료를 넘어 3 개월간의 사후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q & A 세션을 제공하여 결과와 관련된 쿼리를 해결합니다.
서비스 사양
| 서비스 | 시퀀싱 전략 | 품질 관리 |
| 초안 게놈 | 일루미나 PE150 100X | Q30 ≥85% |
| 훌륭한 게놈 | 게놈 조사 : Illumina PE150 50 x 조립 : Pacbio Hifi 30x 또는 Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB (Pacbio Unicellular) Contig N50 ≥2MB (ont 단세포) Contig N50 ≥500KB 밸런스 (기타) |
| 염색체 수준의 게놈 | 게놈 조사 : Illumina PE150 50 x 조립 : Pacbio Hifi 30x 또는 Nanopore 100x Hi-C 어셈블리 100x | Contig 고정 비율> 90%
|
서비스 요구 사항
| 농도 (NG/µL) | 총량 (µg) | 볼륨 (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| 나노 포어 | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| 일루미나 | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
단세포 곰팡이 : ≥3.5x1010 세포
매크로 곰팡이 : ≥10 g
서비스 작업 흐름
샘플 전달
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
애프터 판매 서비스
다음 분석을 포함합니다.
게놈 조사 :
- 데이터 품질 관리 시퀀싱
- 게놈 추정 : 크기, 이종 접합성, 반복적 인 요소
미세 게놈 어셈블리 :
- 데이터 품질 관리 시퀀싱
- 드 노보집회
- 게놈 성분 분석 : CD 및 다중 게놈 요소의 예측
- 여러 일반 데이터베이스 (GO, KEGG 등) 및 고급 데이터베이스 (카드, VFDB 등)가 포함 된 기능 주석
Hi-C 어셈블리 :
- Hi-C 라이브러리 평가.
- Contigs 고정 클러스터링, 순서 및 방향
- Hi-C 어셈블리 평가 : 기준 게놈 및 열지도 기반
게놈 조사 : K-Mer 분포
게놈 어셈블리 : 유전자 상 동성 주석 (NR 데이터베이스)
게놈 어셈블리 : 기능성 유전자 주석 (GO)
선별 된 출판물 모음을 통해 BMKGENE의 곰팡이 게놈 조립 서비스에 의해 촉진 된 진보를 탐구하십시오.
Hao, J. et al. (2023) '침수 된 조건 하에서의 약용 버섯의 통합 omic 프로파일 링',BMC 유전체학, 24 (1), pp. 1–12. doi : 10.1186/s12864-023-09656-z/그림/3.
Lu, L. et al. (2023) '게놈 시퀀싱은 밀 선명한 눈판 병원성 병원체 rhizoctonia cerealis의 진화 및 병원성 메커니즘을 보여준다',작물 저널, 11 (2), pp. 405–416. doi : 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) '다양한 잔디에 달러 자리를 일으키는 4 개의 클라리레비아 종에 대한 게놈 자원',식물 질병, 107 (3), pp. 929–934. doi : 10.1094/pdis-08-22-1921-A
Zhang, Ss et al. (2023) '식용 버섯 그리폴 프론도사에서 테트라 폴 짝짓 시스템의 유전자 및 분자 증거',곰팡이 저널, 9 (10), p. 959. doi : 10.3390/jof9100959/s1.
