진화 유전학
서비스 장점
Takagi et al.,Plant Journal, 2013
●포괄적 인 생물 정보 분석 :종의 진화 잠재력을 반영하는 유전 적 다양성의 추정을 가능하게하고, 수렴 진화와 평행 진화의 영향을 최소화하는 종들 사이의 신뢰할 수있는 계통 발생 학적 관계를 드러냅니다.
●선택적 사용자 정의 분석: 뉴클레오티드 및 아미노산 수준의 변화에 기초한 발산 시간과 속도의 추정과 같은.
●광범위한 전문 지식 및 출판 기록: BMKGENE은 수천 종의 종 등 15 년 이상 인구 및 진화 유전학 프로젝트에 대한 대규모 경험을 축적했으며 자연 통신, 분자 식물, 식물 생명 공학 저널 등에 발표 된 1000 개가 넘는 고급 프로젝트에 기여했습니다.
● 고도로 숙련 된 생물 정보학 팀 및 짧은 분석주기: Advanced Genomics Analysis에서 훌륭한 경험을 통해 BMKGENE의 팀은 신속한 처리 시간으로 포괄적 인 분석을 제공합니다.
● 판매 후 지원 :우리의 약속은 프로젝트 완료를 넘어 3 개월간의 사후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q & A 세션을 제공하여 결과와 관련된 쿼리를 해결합니다.
서비스 사양 및 요구 사항
| 시퀀싱 유형 | 권장 인구 규모 | 시퀀싱 전략 | 뉴클레오티드 요구 사항 |
| 전체 게놈 시퀀싱 | ≥ 30 명, 각 하위 그룹에서 ≥ 10 명을 둔 개인
| 10x | 농도 : ≥ 1 ng/ µl 총액 30ng 저하 또는 오염이 제한적이거나 없음 |
| 특정 로커스 증폭 된 조각 (SLAF) | 태그 깊이 : 10x 태그 수 : <400 MB : WGS가 권장됩니다 <1GB : 100K 태그 1GB > 2GB : 300K 태그 최대 500k 태그 | 농도 ≥ 5 ng/µl 총 금액 ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5 아가 로스 겔 : 분해 또는 오염이 제한적이거나 제한적입니다
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서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 전달
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
애프터 판매 서비스
서비스에는 인구 구조 분석 (계통 발생 트리, PCA, 인구 계층화 차트), 인구 다양성 및 인구 선택 (연결 불균형, 유리한 사이트의 선택적 스위프 선택)이 포함됩니다. 서비스에는 또한 맞춤형 분석 (예 : 발산 시간, 유전자 흐름)이 포함될 수 있습니다.
*여기에 표시된 데모 결과는 모두 bmkgene으로 출판 된 게놈에서 나온 것입니다.
1. 진화 분석에는 유전 적 변이에 기초한 계통 발생 수, 모집단 구조 및 PCA의 구성이 포함됩니다.
계통 발생 트리는 공통 조상을 가진 종들 사이의 분류 학적 및 진화 적 관계를 나타냅니다.
PCA는 하위 집단 사이의 친밀감을 시각화하는 것을 목표로합니다.
모집단 구조는 대립 유전자 빈도 측면에서 유 전적으로 구별되는 하위 인구의 존재를 보여준다.
Chen, et. al.,PNA, 2020
2. 선택적 청소
선택적 스위프는 유리한 부위가 선택되고 연결된 중립 부위의 주파수가 증가하고 연결되지 않은 사이트의 주파수가 감소하여 지역의 감소를 의미합니다.
선택적 스윕 영역에서의 게놈 전체 검출은 특정 단계 (10kb)에서 슬라이딩 윈도우 (100kb) 내의 모든 SNP의 인구 유전자 지수 (π, FST, Tajima 's d)를 계산하여 처리됩니다.
뉴클레오티드 다양성 (π)
타지마의 d
고정 인덱스 (FST)
Wu, et. al.,분자 식물, 2018
3. 유전자 흐름
Wu, et. al.,분자 식물, 2018
4. 인구 통계 기록
Zhang, et. al.,자연 생태학 및 진화, 2021
5. 분산 시간
Zhang, et. al.,자연 생태학 및 진화, 2021
선별 된 출판물 모음을 통해 BMKGENE의 진화 유전학 서비스에 의해 촉진 된 진보를 탐구하십시오.
Hassanyar, Ak et al. (2023) '전체 게놈 재정에 의한 API CERANA CERANA 애벌레에서 SNP 분자 마커 및 후보 유전자의 발견',국제 분자 과학 저널, 24 (7). doi : 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) '야생의 유 전적으로 순수한 중국 거인 도롱뇽의 발견은 새로운 보존 기회를 만듭니다',동물학 연구, 2022, vol. 43, 이슈 3, 페이지 : 469-480, 43 (3), pp. 469–480. doi : 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Qinghai-Tibetan 고원의 원주민 Elymus Sibiricus L.식물 과학의 국경, 13, p. 882601. doi : 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) '염색체 수준의 게놈 어셈블리와 Longan Accessions의 인구 유전체학으로부터 Longan Evolution에 대한 게놈 통찰력',원예 연구, 9. doi : 10.1093/hr/uhac021.
