DNA/RNA 시퀀싱 -PACBIO 시퀀서
특징
Pacbio 시퀀서의 두 가지 시퀀싱 모드 : CLR (Continuous Long Read) 및 원형 컨센서스 읽기 (CCS)
| 시퀀싱 모드 | 라이브러리 크기 | 이론적 데이터수율 (셀당) | 단일 기반정확성 | 응용 프로그램 |
| CLR | 20KB, 30KB 등 | 80GB ~ 130GB | 대략 85% | 드 노보, SV 통화 등 |
| CCS | 15-20 KB | 14 ~ 40GB/셀 (속편 II) 70 ~ 110GB/셀 (Revio) 샘플에 따라 다릅니다 | 대략 99% | 드 노보, SNP/Indel/SV Calling, Iso-Seq, |
Revio and Sequel II의 성능과 특징 비교 II
| 자귀 | 속편 II 시스템 | Revio 시스템 | 증가하다 |
| 더 높은 밀도 | 8 백만 ZMW | 2,500 만 ZMW | 3x |
| 독립 단계 | 1 | 4 | 4x |
| 더 짧은 달리기 시간 | 30 시간 | 24 시간 | 1.25x |
| 30x Hifi 인간 게놈 / 년 | 88 | 1,300 | 1전반적으로 5 배 |
서비스 장점
● Pacbio 시퀀싱 플랫폼에서 8 년 이상 다양한 종을 가진 수천 개의 폐쇄 된 프로젝트가 있습니다.
● 최신 Pacbio 시퀀싱 플랫폼이 장착되어있어 충분한 시퀀싱 처리량을 보장합니다.
● 전환 시간이 빠른 빠른 시간, 더 높은 데이터 수율 및보다 정확한 데이터.
● 수백 개의 고 충격적인 Pacbio 기반 간행물에 기여했습니다.
샘플 요구 사항
| 샘플 유형 | 양 | 농도 (Qubit®) | 용량 | 청정 | 기타 |
| 게놈 DNA | 데이터 요구 사항에 따라 다릅니다 | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.2; OD260/230 = 1.8-2.5 ； 260 nm에서 클리어 피크,오염이 없습니다 | 농도는 Qubit 및 Qubit/Nanopore = 0.8-2.5로 측정해야합니다. |
| 총 RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280 = 1.7-2.5; OD260/230 = 0.5-2.5 ；오염이 없습니다 | 린 값 ≥7.5 5 and28S/18S≥1 |
서비스 워크 플로
샘플 준비
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
프로젝트 제공
1. 하우스 데이터 수율
63 CCS 세포 (26 종)에서 생성 된 데이터
| 데이터-Pacbio-CCS-15 KB | 평균 | 맥스 | 최소 | 중앙값 |
| 수율 -Subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| 유사 - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| 중합 효소 N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Subreads n50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| 평균 길이 폴리머 라제 | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| 평균 길이 서브 레드 | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| 평균 길이 CC | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 개의 CLR 세포 (76 종)에서 생성 된 데이터
| 데이터 -pacbio-clr-30kb | 평균 | 맥스 | 최소 | 중앙값 |
| 수율 -Subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| 중합 효소 N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Subreads n50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| 평균 길이 폴리머 라제 | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| 평균 길이 서브 레드 | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. 데이터 QC - 데모데이터 수율에 대한 통계
| 견본 | CCS는 NUM을 읽습니다 | 총 CCS베이스 (BP) | CCS는 N50 (BP)을 읽습니다. | CCS 평균 길이 (BP) | CCS 가장 긴 읽기 (BP) | Subreads Base (BP) | CCS 비율 (%) |
| PB_BMKXXX | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
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