전장 mRNA 시퀀싱 -Pacbio
특징
● Poly-A mRNA의 cDNA 합성 다음 라이브러리 제조
● CCS 모드에서 시퀀싱 Hifi 읽기를 생성합니다
● 전장 전 사체의 시퀀싱
● 분석은 기준 게놈을 필요로하지 않습니다. 그러나 사용될 수 있습니다
● 생물 정보 분석 분석은 전 사체 이소 형 LNCRNA, 유전자 융합, 폴리 아일 닐화 및 유전자 구조의 분석을 가능하게합니다.
서비스 장점
●높은 정확도: Hifi는 정확도로 읽습니다> 99.9% (Q30), NGS와 비슷합니다.
● 대체 스 플라이 싱 분석: 전체 전 사체의 시퀀싱은 이소 형 식별 및 특성을 가능하게합니다.
●광범위한 전문 지식: 1100 개가 넘는 Pacbio 전장 전사 프로젝트 프로젝트를 완료하고 2300 개가 넘는 샘플을 처리 한 기록을 통해 우리 팀은 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
●판매 후 지원: 우리의 약속은 3 개월간의 사후 서비스 기간으로 프로젝트 완료를 넘어 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q & A 세션을 제공하여 결과와 관련된 쿼리를 해결합니다.
샘플 요구 사항 및 전달
| 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터가 권장됩니다 | 품질 관리 |
| Polya 농축 mRNA CCS 라이브러리 | Pacbio 속편 II Pacbio Revio | 20/40GB 5/10 m CCS | Q30 ≥85% |
샘플 요구 사항 :
뉴클레오티드 :
● 식물 :
뿌리, 줄기 또는 꽃잎 : 450 mg
잎 또는 씨앗 : 300 mg
과일 : 1.2 g
● 동물 :
심장 또는 장 : 300 mg
내장 또는 뇌 : 240 mg
근육 : 450 mg
뼈, 모발 또는 피부 : 1g
● 절지 동물 :
곤충 : 6g
갑각류 : 300 mg
● 전혈: 1 튜브
● 셀 : 106 세포
| conc. (ng/μl) | 양 (μg) | 청정 | 진실성 |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 겔에 표시된 단백질 또는 DNA 오염이 제한적이거나 없음. | 식물의 경우 : RIN≥7.5; 동물의 경우 : RIN≥8.0; 5.0 이상 28S/18S+1.0; 기준선 높이가 제한적이거나 없음 |
권장 샘플 전달
컨테이너: 2ml 원심 분리 튜브 (주석 호일 권장되지 않음)
샘플 라벨링 : 그룹+복제 EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
선적:
1. 드라이 아이스 : 샘플은 가방에 포장되어 드라이 아이스에 묻어 야합니다.
2. RNASTable 튜브 : RNA 샘플은 RNA 안정화 튜브 (예 : RNastable®)에서 건조시키고 실온으로 선적 될 수 있습니다.
서비스 작업 흐름
실험 설계
샘플 전달
RNA 추출
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
애프터 판매 서비스
다음 분석을 포함합니다.
● 원시 데이터 품질 관리
● 대안 폴리아 데 닐화 분석 (APA)
● 퓨전 전사 분석
● 대체 스 플라이 싱 분석
● 벤치마킹 Universal Single-Copy Orthologs (Busco) 분석
● 새로운 전사 분석 : 코딩 시퀀스 (CDS) 및 기능성 주석의 예측
● LNCRNA 분석 : lncRNA 및 표적의 예측
● Microsatelite 식별 (SSR)
Busco 분석
대체 스 플라이 싱 분석
대체 폴리아 데 닐화 분석 (APA)
새로운 전 사체의 기능적 주석
이 특집 간행물에서 BMKGENE의 나노 포어 전장 mRNA 시퀀싱 서비스에 의해 촉진 된 발전을 탐구하십시오.
Ma, Y. et al. (2023) 'Nemopilema nomurai venom 식별을위한 Pacbio 및 Ont RNA 시퀀싱 방법의 비교 분석', Genomics, 115 (6), p. 110709. doi : 10.1016/j.ygeno.2023.110709.
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