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*여기에 표시된 데모 결과는 모두 바이오 마커 기술로 출판 된 게놈에서 나온 것입니다.

1.LTR 삽입 시간 추정 : 그림은 다른 종에 비해 호밀 게놈에 대한 LTR-RTS 삽입 시간에서 독특한 바이 모달 분포를 보여 주었다. 가장 최근의 최고점은 약 5 천 5 백만 년 전에 나타났습니다.

Li Guang et al.,자연 유전학, 2021

2. Chayote (Sephium Edule)에 대한 신비 및 유전자 패밀리 분석 : Chayote 및 유전자 패밀리의 다른 13 개의 관련 종을 분석하여 Chayote는 뱀 조롱박 (Trichosanthes Anguina)과 가장 밀접한 관련이있는 것으로 밝혀졌습니다. 약 27-45 MYA에서 뱀 조롱박에서 유래 한 Chayote와 전체 게놈 복제 (WGD)는 Chayote에서 25 ± 4 MYA에서 관찰되었으며, 이는 Cucuibitaceae의 세 번째 WGD 이벤트입니다.

Fu A et al.,원예 연구, 2021

3. Synteny Analysis : 과일 발달에서 식물 호르몬과 관련된 일부 유전자는 Chayote, Snake 조롱박 및 스쿼시에서 발견되었습니다. Chayote와 Squash의 상관 관계는 Chayote와 Snake 조롱박의 상관 관계보다 약간 높습니다.

Fu A et al.,원예 연구, 2021

4. Gene 가족 분석 : G.thurberi 및 G.Davidsonii 게놈에서의 유전자 패밀리 확장 및 수축에 대한 KEGG 강화는 스테로이드 생합성 및 브라시 스테로이드 생합성 관련 유전자가 확장 된 것으로 나타났다.

Yang Z et al.,BMC 생물학, 2021

5. Whole 게놈 복제 분석 : 4DTV 및 KS 분포 분석 전체 게놈 복제 이벤트가 나타났습니다. intraspecies의 피크는 복제 이벤트를 보여주었습니다. 종간의 피크는 종종 이벤트를 보여 주었다. 이 분석은 다른 세 가지 밀접하게 관련된 종과 비교하여 O. Europaea가 더 최근에 대규모 유전자 복제를 거쳤음을 나타냅니다.

Rao G et al.,원예 연구, 2021

BMK 케이스

Prickle없이 장미 : 수분 적응과 관련된 게놈 통찰력

게시 : 국립 과학 검토, 2021

시퀀싱 전략 :

'바 세스가시가 없습니다'(R.Wichurainan) 게놈 :
대략 93 x Pacbio + 약. 90 x 나노 포어 + 267 x 일루미나

주요 결과

1. 고품질 R.wichuraiana 게놈은 장거리 시퀀싱 기술을 사용하여 구성되었으며, 이는 530.07MB의 조립을 생성했다 (추정 게놈 크기는 유세포 분석법에 의해 약 525.9MB이고 게놈 조사에 의해 525.5는 약 1.03%였음). Busco 추정 점수는 93.9%였습니다. "Old Blush"(Haploob)와 비교하여,이 게놈의 품질과 완전성은 기본 단일 기반 정확도 및 LTR 어셈블리 지수 (LAI = 20.03)에 의해 확인되었다. R.wichchuraiana 게놈에는 32,674 개의 단백질 코딩 유전자가 들어 있습니다.

2. 비교 유전체학, 전 사체학, 유전자 집단의 QTL 분석으로 구성된 Multi-omics Joint Analysis는 R. Wichuraiana와 Rosa Chinensis 사이의 중요한 종을 나타냈다. 또한, QTL에서 관련 유전자의 발현 변화는 줄기 가시 패터닝과 관련이있을 가능성이있다.

Synteny 분석, 유전자 패밀리 군집, 확장 및 수축 분석을 포함한 Basye와 Rosa Chinensis 사이의 비교 유전체학 anaysis는 장미의 중요한 특성과 관련된 많은 변형을 드러 냈습니다. NAC 및 FAR1/FRS 유전자 패밀리의 독특한 확장은 검은 점에 대한 저항과 관련이있을 가능성이 높았다.

Zhong, M., et al. "Prickle없이 장미 : 수분 적응과 관련된 게놈 통찰력"국립 과학 검토, 2021;, NWAB092.