BMKMANU S3000_spatial Transcriptome
BMKMANU S3000 공간 전 사체 기술 체계
특징
- 해상도 : 3.5 µm
- 스팟 직경 : 2.5 µm
- 스팟 수 : 약 4 백만
-2 개의 가능한 캡처 영역 형식 : 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm 또는 15 mm * 20 mm
- 각 바코드 비드에는 4 개의 섹션으로 구성된 프라이머가 있습니다.
• mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을위한 폴리 (DT) 꼬리,
• 증폭 바이어스를 수정하기위한 고유 한 분자 식별자 (UMI)
• 공간 바코드
• 부분 읽기 1 시퀀싱 프라이머의 결합 서열
- 섹션의 H & E 및 형광 염색
- 세포 분할 기술 사용 가능성 : 각 세포의 경계를 결정하고 각 세포에 유전자 발현을 정확하게 할당하기 위해 H & E 염색, 형광 염색 및 RNA 시퀀싱의 통합. 세포 빈에 기초한 다운 스트림 공간 프로파일 링 분석 처리.
- 다단계 해상도 분석을 달성 할 수 있습니다. 최적의 해상도에서 다양한 조직 기능을 해결하기 위해 100UM에서 3.5 UM 범위의 유연한 다중 레벨 분석.
BMKMANU S3000의 장점
-캡처 스팟을 4 백만으로 두 배로 늘립니다: 3.5 UM의 분해능이 향상되어 세포 당 더 높은 유전자 및 UMI 검출로 이어집니다. 이로 인해 전사 프로파일에 기초한 세포의 클러스터링이 개선되었으며 조직 구조와 일치하는 더 세밀한 세부 사항이 있습니다.
- 하위 세포 해상도 :각 캡처 영역에는 직경이 2.5 µm이고 스팟 중심 사이의 5 µm 간격을 갖는> 2 백만 개의 공간 바코드 스팟이 포함되어있어 서브 세포 해상도 (5 µm)로 공간 전 사체 분석이 가능합니다.
-다단계 해상도 분석 :최적의 해상도에서 다양한 조직 특징을 해결하기 위해 100 μm 내지 5 μm 범위의 유연한 다중 레벨 분석.
-"하나의 한 슬라이드 중 3 개"셀 세그먼테이션 기술을 사용할 가능성 :단일 슬라이드에서 형광 염색, H & E 염색 및 RNA 시퀀싱을 결합하여, "3-in-one"분석 알고리즘은 후속 세포 기반 전 사체학에 대한 셀 경계의 식별을 강조합니다.
-여러 시퀀싱 플랫폼과 호환됩니다: NGS 및 장거리 시퀀싱이 모두 사용 가능합니다.
-1-8 활성 캡처 영역의 유연한 디자인: 캡처 영역의 크기는 유연하며 3 개의 형식 (6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm 및 15 mm * 20 mm)을 사용할 수 있습니다.
-원 스톱 서비스: 냉동 섹션, 염색, 조직 최적화, 공간 바코드, 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 생물 정보학을 포함한 모든 경험 및 기술 기반 단계를 통합합니다.
-포괄적 인 생물 정보학 및 사용자 친화적 인 결과 시각화 :패키지에는 29 개의 분석 및 100 개 이상의 고품질 수치가 포함되어 있으며, 내부 개발 소프트웨어 사용과 함께 셀 분할 및 스팟 클러스터링을 시각화하고 사용자 정의합니다.
-맞춤형 데이터 분석 및 시각화: 다른 연구 요청에 사용할 수 있습니다
-고도로 숙련 된 기술 팀: 인간, 마우스, 포유류, 물고기 및 식물을 포함한 250 개가 넘는 조직 유형과 100 종 이상의 종에 대한 경험.
-전체 프로젝트에서 실시간 업데이트: 실험 진행을 완전히 제어합니다.
-단일 세포 mRNA 시퀀싱을 사용한 선택적 관절 분석
서비스 사양
| 샘플 요구 사항 | 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터가 권장됩니다 | 품질 관리 |
| 옥당이 강화 된 냉동 샘플 (최적의 직경 : 약. 6 × 6 × 6 mm³) 샘플 당 2 블록 1 실험의 경우 1, 백업의 경우 1 | S3000 cDNA 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 160K PE는 100 (250GB) 당 160K PE를 읽습니다. | 린> 7 |
샘플 준비 안내 및 서비스 워크 플로에 대한 자세한 내용은bmkgene 전문가
서비스 작업 흐름
샘플 준비 단계에서, 초기 벌크 RNA 추출 시험이 수행되어 고품질 RNA가 수득 될 수있다. 조직 최적화 단계에서 섹션이 염색되고 시각화되고 조직으로부터의 mRNA 방출에 대한 투과 조건이 최적화된다. 그런 다음 라이브러리 구성 중에 최적화 된 프로토콜을 적용한 후 시퀀싱 및 데이터 분석을 적용합니다.
완전한 서비스 워크 플로에는 실시간 업데이트 및 클라이언트 확인이 포함되어 응답 형 피드백 루프를 유지하여 부드러운 프로젝트 실행을 보장합니다.
BMKMANU S3000에 의해 생성 된 데이터는 BMKGENE에 의해 독립적으로 설계된 소프트웨어 "BSTMATRIX"를 사용하여 분석되어 세포 수준 및 다단계 해상도 유전자 발현 매트릭스를 생성합니다. 여기에서 데이터 품질 관리, 내부 샘플 분석 및 그룹 간 분석을 포함하는 표준 보고서가 생성됩니다.
- 데이터 품질 관리 :
- 데이터 출력 및 품질 점수 분포
- 지점 당 유전자 검출
- 조직 적용 범위
- 내부 샘플 분석 :
- 유전자 풍부
- 치수 분석 감소를 포함한 스팟 클러스터링
- 클러스터 간의 차등 발현 분석 : 마커 유전자의 확인
- 마커 유전자의 기능성 주석 및 농축
- 그룹 간 분석
-샘플 (예 : 병에 걸린 및 제어) 및 리 클러스터의 스팟의 재배치
- 각 클러스터에 대한 마커 유전자 확인
- 마커 유전자의 기능성 주석 및 농축
- 그룹간에 동일한 클러스터의 차등 표현
또한 BMKGENE 개발 "BSTViewer"는 사용자가 다른 해상도에서 유전자 발현 및 스팟 클러스터링을 시각화 할 수있는 사용자 친화적 인 도구입니다.
BMKGENE은 정확한 단일 세포 해상도 (100UM에서 3.5UM까지의 셀 빈 또는 다단계 정사각형 빈을 기반으로 한 공간 프로파일 링 서비스를 제공합니다.
S3000 슬라이드의 조직 섹션의 공간 프로파일 링 데이터는 다음과 같이 잘 수행되었습니다.
사례 연구 1 : 마우스 뇌
S3000을 갖는 마우스 뇌 섹션의 분석은 세포 당 ~ 2000 유전자의 중앙 시퀀싱과 함께 ~ 94 000 세포를 식별하게 하였다. 3.5 UM의 개선 된 해상도는 전사 패턴에 기초하여 세포의 매우 상세한 클러스터링을 초래했으며, 세포의 클러스터는 뇌 분화 구조를 모방했다. 이것은 oligodendrocytes 및 microglia 세포로 클러스터링 된 세포의 분포를 각각 거의 전적으로 회색과 백질에 위치 시켜서 쉽게 관찰함으로써 쉽게 관찰됩니다.
사례 연구 2 : 마우스 배아
S3000을 갖는 마우스 배아 섹션의 분석은 세포 당 ~ 1600 유전자의 중앙 시퀀싱과 함께 ~ 2200 000 세포의 확인을 초래 하였다. 3.5 UM의 개선 된 해상도는 전사 패턴에 기초하여 세포의 매우 상세한 클러스터링을 초래했으며, 눈의 영역에 12 개의 클러스터와 뇌 영역에서 28 개의 클러스터가 있습니다.
내부 샘플 분석 셀 클러스터링 :
마커 유전자 확인 및 공간 분포 :
-더 높은 하위 세포 해상도 : S1000 슬라이드와 비교하여 S3000의 각 캡처 영역은 직경이 2.5 µm이고 스팟 센터 사이의 3.5 µm 거리를 갖는> 4 백만 공간 바코드 스팟을 포함하여 하위 세포 해상도가 높은 공간 전사 분석을 가능하게합니다. (정사각형 빈 : 3.5 µm).
- 캡처 효율이 높음 : S1000 슬라이드와 비교하여 Median_umi는 30%에서 70%로 증가하면 Median_gene이 30%에서 60%로 증가합니다.
S1000 칩의 체계 :
S3000 칩의 체계 :
