BMKMANU S1000 공간 전사체
BMKMANU S1000 공간 전사체 기술 체계
특징
● 분해능: 5μM
● 스폿 직경: 2.5 µM
● 스팟 수: 약 200만 개
● 3가지 가능한 캡처 영역 형식: 6.8mm * 6.8mm, 11mm * 11mm 또는 15mm * 20mm
● 각 바코드 비드는 4개 섹션으로 구성된 프라이머로 로드됩니다.
mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을 위한 폴리(dT) 꼬리
증폭 편향을 교정하기 위한 고유 분자 식별자(UMI)
공간 바코드
부분 판독 1 시퀀싱 프라이머의 결합 순서
● H&E 및 단면 형광염색
● 사용 가능성세포 분할 기술: H&E 염색, 형광 염색, RNA 시퀀싱을 통합하여 각 세포의 경계를 확인하고 각 세포에 유전자 발현을 올바르게 할당합니다.
BMKMANU S1000의 장점
●세포 내 분해능: 각 캡처 영역에는 직경이 2.5μm이고 스팟 중심 사이의 간격이 5μm인 2백만 개가 넘는 공간 바코드 스팟이 포함되어 있어 세포 이하 해상도(5μm)로 공간 전사체 분석이 가능합니다.
●다단계 해상도 분석:100μm~5μm 범위의 유연한 다단계 분석을 통해 최적의 해상도로 다양한 조직 특징을 확인할 수 있습니다.
●“Three in one 슬라이드” 세포 분할 기술 사용 가능성:단일 슬라이드에 형광 염색, H&E 염색 및 RNA 시퀀싱을 결합한 당사의 "3-in-1" 분석 알고리즘은 후속 세포 기반 전사체학을 위한 세포 경계 식별을 지원합니다.
●다중 시퀀싱 플랫폼과 호환 가능: NGS와 long-read sequencing이 모두 가능합니다.
●1-8 활성 캡처 영역의 유연한 설계: 캡처 영역의 크기는 유연하며 3가지 형식(6.8mm * 6.8mm, 11mm * 11mm 및 15mm * 20mm)을 사용할 수 있습니다.
●원스톱 서비스: 냉동 절편, 염색, 조직 최적화, 공간 바코드, 라이브러리 준비, 시퀀싱, 생물정보학 등 모든 경험과 기술 기반 단계를 통합합니다.
●포괄적인 생물정보학 및 사용자 친화적인 결과 시각화:패키지에는 29개의 분석과 100개 이상의 고품질 수치가 포함되어 있으며, 세포 분할 및 스팟 클러스터링을 시각화하고 사용자 정의하기 위해 자체 개발한 소프트웨어를 사용합니다.
●맞춤형 데이터 분석 및 시각화: 다양한 연구 요청에 사용 가능
●고도로 숙련된 기술팀: 인간, 생쥐, 포유류, 어류 및 식물을 포함하여 250개 이상의 조직 유형과 100개 이상의 종에 대한 경험을 보유하고 있습니다.
●전체 프로젝트에 대한 실시간 업데이트: 실험 진행을 완벽하게 제어합니다.
●단일 세포 mRNA 서열 분석을 통한 선택적 공동 분석
서비스 사양
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견본 요구사항
| 도서관 |
시퀀싱 전략
| 권장되는 데이터 | 품질 관리 |
| OCT 내장 극저온 샘플, 샘플당 블록 3개 | S1000 cDNA 라이브러리 | Illumina PE150(다른 플랫폼 사용 가능) | 100uM당 100K PE 읽기 (60-150GB) | 린>7 |
샘플 준비 지침 및 서비스 워크플로에 대한 자세한 내용은 언제든지 담당자에게 문의하세요.BMKGENE 전문가
서비스 작업 흐름
샘플 준비 단계에서는 고품질 RNA를 얻을 수 있는지 확인하기 위해 초기 벌크 RNA 추출 시험이 수행됩니다. 조직 최적화 단계에서는 단면이 염색되고 시각화되며 조직에서 mRNA 방출을 위한 투과성 조건이 최적화됩니다. 그런 다음 라이브러리 구성 중에 최적화된 프로토콜이 적용된 다음 시퀀싱 및 데이터 분석이 수행됩니다.
전체 서비스 워크플로우에는 응답 피드백 루프를 유지하기 위한 실시간 업데이트 및 클라이언트 확인이 포함되어 원활한 프로젝트 실행을 보장합니다.
BMKMANU S1000에서 생성된 데이터는 BMKGENE이 독자적으로 설계한 소프트웨어인 "BSTMatrix"를 사용하여 분석되어 Gene Expression Matrix를 생성합니다. 여기에서 데이터 품질 관리, 내부 샘플 분석 및 그룹 간 분석을 포함하는 표준 보고서가 생성됩니다.
● 데이터 품질 관리:
데이터 출력 및 품질 점수 분포
스팟별 유전자 검출
조직 적용 범위
● 내부 표본 분석:
유전자 풍부함
축소된 차원 분석을 포함한 스팟 클러스터링
클러스터 간 차등 발현 분석: 마커 유전자 식별
마커 유전자의 기능적 주석 및 농축
● 그룹 간 분석:
두 샘플(예: 질병이 있는 샘플과 대조군)의 스팟과 재클러스터의 재결합
각 클러스터에 대한 마커 유전자 식별
마커 유전자의 기능적 주석 및 농축
그룹 간 동일한 클러스터의 차등 표현
또한 BMKGENE이 개발한 "BSTViewer"는 사용자가 다양한 해상도에서 유전자 발현 및 스팟 클러스터링을 시각화할 수 있는 사용자 친화적인 도구입니다.
BMKGen은 사용자 친화적인 시각화를 위한 소프트웨어를 개발했습니다.
다단계 해상도의 BSTViewer 스팟 클러스터링
BSTCellViewer: 자동 및 수동 셀 분할
내부표본 분석
스팟 클러스터링:
마커 유전자 식별 및 공간 분포:
그룹 간 분석
그룹과 재클러스터의 데이터 조합:
새로운 클러스터의 마커 유전자:
이 특집 간행물에서 BMKManu S1000 기술을 통해 BMKGen의 공간 전사체학 서비스를 통해 촉진된 발전을 살펴보세요.
Song, X. et al. (2023) '공간 전사체학은 토마토 캘러스의 싹 재생 촉진에 관여하는 빛으로 유도된 클로렌치마 세포를 밝힙니다',미국 국립과학원회보, 120(38), p. e2310163120. 도이: 10.1073/pnas.2310163120
당신, Y. 외. (2023) '시퀀싱 기반 공간 전사체 방법의 체계적 비교',bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. 도이: 10.1101/2023.12.03.569744.
