De novo 박테리아 게놈 어셈블리
0 gap을 보장하는 완벽한 세균 게놈 조립 서비스를 제공합니다. 이는 조립을 위한 Nanopore 및 PacBio와 같은 긴 판독 시퀀싱 기술과 ONT 판독의 오류 수정 및 조립 검증을 위한 Illumina와의 짧은 판독 시퀀싱을 통합함으로써 가능합니다. 당사의 서비스는 특정 연구 목표를 달성하면서 조립, 기능 주석 및 고급 생물정보학 분석까지 완벽한 생물정보학 워크플로우를 제공합니다. 이 서비스를 통해 다양한 유전학 및 게놈 연구에 필요한 정확한 참조 게놈을 개발할 수 있습니다. 또한 이는 균주 최적화, 유전공학, 미생물 기술 개발과 같은 응용 분야의 기초를 형성하여 과학적 통찰력과 생명공학 혁신을 발전시키는 데 중요한 신뢰할 수 있고 빈틈 없는 게놈 데이터를 보장합니다.
서비스 특징
● 원하는 게놈 완성도에 따라 선택할 수 있는 두 가지 옵션이 있습니다.
● 초안 게놈 옵션: Illumina NovaSeq PE150을 사용한 짧은 읽기 시퀀싱.
● 0 gap 게놈을 완성합니다.
● 게놈 조립을 위해 Nanopore PromethION 48 또는 PacBio Revio에서 장시간 판독 시퀀싱.
● 게놈 검증 및 오류 수정(Nanopore) 또는 초안 게놈 생성을 위한 Illumina NovaSeq의 단기 판독 시퀀싱.
서비스 장점
●제로 갭 게놈 보장: 이는 Illumina 시퀀싱과 긴 판독 시퀀싱(Nanopore 또는 PacBio)의 통합 때문입니다.
●완전한 생물정보학 작업흐름:여기에는 다중 게놈 요소의 게놈 조립 및 예측, 기능적 유전자 주석, Circos 플롯과 같은 게놈 시각화가 포함됩니다.
●광범위한 전문성: 20,000개 이상의 미생물 게놈을 조립한 BMKGENE은 10년 이상의 경험, 고도로 숙련된 분석 팀, 포괄적인 컨텐츠 및 탁월한 판매 후 지원을 제공합니다.
●판매 후 지원:우리의 약속은 프로젝트 완료 이후에도 3개월의 판매 후 서비스 기간으로 확장됩니다. 이 기간 동안 우리는 결과와 관련된 모든 질문을 해결하기 위해 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원 및 Q&A 세션을 제공합니다.
●다양한 시퀀싱 전략 사용 가능:다양한 연구 목표와 게놈 완전성에 대한 요구 사항.
서비스 사양
| 서비스 | 시퀀싱 전략 |
| 초안 게놈 | 일루미나 PE150 100x |
| 0 갭 게놈 | 나노포어 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x(옵션) |
샘플 요구사항:
| 농도(ng/μL) | 총량(μg) | 볼륨(μL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| 팩바이오 | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| 나노기공 | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| 일루미나 | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· 박테리아: ≥3.5x1010 세포
서비스 작업 흐름
샘플 배송
도서관 건립
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
다음 분석이 포함됩니다.
● 시퀀싱 데이터 품질 관리
● 게놈 조립
● 게놈 구성 요소 분석: CDS 및 다중 게놈 요소 예측
● 여러 일반 데이터베이스(GO, KEGG 등) 및 고급 데이터베이스(CARD, VFDB 등)를 사용한 기능 주석
● 게놈 시각화
우리는 쉽게 접근할 수 있는 fasta 형식과 게놈 주석 파일(gff)로 게놈을 제공합니다.
유전자 주석 – GO
유전자 주석 – CAZY 탄수화물
게놈 시각화 – Circos 플롯
엄선된 출판물 컬렉션을 통해 BMKGen의 박테리아 게놈 조립 서비스를 통해 촉진된 발전을 살펴보세요.
Dai, W. et al. (2023) '건강한 인간 대장의 궤양성 대장염 치료를 위한 안전하고 새로운 프로바이오틱 박테리아인 Bacteroides 유니폼 F18-22의 발견',국제 분자 과학 저널, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) '중국의 야생동물로부터 blaOXA-1 및 blaNDM-1을 운반하는 다약제 내성 Proteus mirabilis 분리: 공중 보건 위험 증가',통합동물학, 16(6), pp. 798–809. 도이: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TTet al. (2017) '내생식물인 Bacillus flexus KLBMP 4941의 완전한 게놈 서열을 통해 식물 성장 촉진 메커니즘과 내염성에 대한 유전적 기초가 밝혀졌습니다.',생명공학 저널, 260, 38~41페이지. 도이: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Klebsiella의 다중 복제 저항성 플라스미드는 항균 유전자의 광범위한 보급을 중재합니다',미생물학의 개척지, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
