10x 유전체학 Visium 공간 전 사체
기술 체계
특징
● 해상도 : 100 µm
● 스팟 직경 : 55 µm
● 지점 수 : 4992
● 캡처 영역 : 6.5 x 6.5 mm
● 각 바코드 스팟은 4 개의 섹션으로 구성된 프라이머가 있습니다.
- mRNA 프라이밍 및 cDNA 합성을위한 폴리 (DT) 꼬리
- 증폭 바이어스를 수정하기위한 고유 한 분자 식별자 (UMI)
- 공간 바코드
- 부분 읽기 1 시퀀싱 프라이머의 결합 서열
● 섹션의 H & E 염색
장점
●원 스톱 서비스: 냉동 섹션, 염색, 조직 최적화, 공간 바코드, 라이브러리 준비, 시퀀싱 및 생물 정보학을 포함한 모든 경험 및 기술 기반 단계를 통합합니다.
● 숙련 된 기술 팀: 인간, 마우스, 포유류, 물고기 및 식물을 포함한 250 개가 넘는 조직 유형과 100 종 이상의 종에 대한 경험.
●전체 프로젝트에 대한 실시간 업데이트: 실험 진행을 완전히 제어합니다.
●포괄적 인 표준 생물 정보학 :패키지에는 29 개의 분석과 100 개 이상의 고품질 수치가 포함됩니다.
●맞춤형 데이터 분석 및 시각화: 다른 연구 요청에 사용할 수 있습니다.
●단일 세포 mRNA 시퀀싱을 사용한 선택적 관절 분석
명세서
| 샘플 요구 사항 | 도서관 | 시퀀싱 전략 | 데이터가 권장됩니다 | 품질 관리 |
| 옥당이 강화 된 냉동 샘플 (최적의 직경 : 약 6x6x6 mm³) 샘플 당 2 블록 | 10x Visium cDNA 라이브러리 | 일루미나 PE150 | 50k PE는 지점 당 읽습니다 (60GB) | 린> 7 |
샘플 준비 안내 및 서비스 워크 플로에 대한 자세한 내용은bmkgene 전문가
서비스 워크 플로
샘플 준비 단계에서, 초기 벌크 RNA 추출 시험이 수행되어 고품질 RNA가 수득 될 수있다. 조직 최적화 단계에서 섹션이 염색되고 시각화되고 조직으로부터의 mRNA 방출에 대한 투과 조건이 최적화된다. 그런 다음 라이브러리 구성 중에 최적화 된 프로토콜을 적용한 후 시퀀싱 및 데이터 분석을 적용합니다.
완전한 서비스 워크 플로에는 실시간 업데이트 및 클라이언트 확인이 포함되어 응답 형 피드백 루프를 유지하여 부드러운 프로젝트 실행을 보장합니다.
다음 분석을 포함합니다.
데이터 품질 관리 :
o 데이터 출력 및 품질 점수 분포
O 지점 당 유전자 검출
o 조직 커버리지
내부 샘플 분석 :
O 유전자 풍부함
o 치수 분석 감소를 포함한 스팟 클러스터링
o 클러스터 간의 차등 발현 분석 : 마커 유전자의 확인
o 마커 유전자의 기능성 주석 및 농축
그룹 간 분석
o 두 샘플 (예 : 병든 및 제어) 및 리 클러스터의 반점의 재합매
o 각 클러스터에 대한 마커 유전자의 식별
o 마커 유전자의 기능성 주석 및 농축
o 그룹간에 동일한 클러스터의 차등 표현
내부 샘플 분석
스팟 클러스터링
마커 유전자 확인 및 공간 분포
그룹 간 분석
두 그룹과 리 클러스터의 데이터 조합
새로운 클러스터의 마커 유전자
이 특집 간행물에서 10x Visium의 BMKGENE의 공간 전 사체 서비스에 의해 촉진 된 진보를 탐색하십시오.
Chen, D. et al. (2023) '포유 동물 접착력 GPCR의 잠재적 인 초파리 상 동체 인 MTHL1은 파리에서 주사 된 발암 세포에 대한 항 종양 반응에 관여한다',미국 국립 과학 아카데미의 절차, 120 (30), p. E2303462120. doi : /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) '스틸은 시공간 전 사체 데이터의 고해상도 묘사를 가능하게한다',생물 정보학 브리핑, 24 (2), pp. 1–10. doi : 10.1093/bib/bbad068.
Liu, C. et al. (2022) '난초 꽃의 발달에있어서의 시공간적 아틀라스',핵산 연구, 50 (17), pp. 9724–9737. doi : 10.1093/nar/gkac773.
Wang, J. et al. (2023) '공간 전 사체학 및 단일-핵 RNA 시퀀싱 통합 자궁 동맹종에 대한 잠재적 치료 전략을 보여준다',국제 생물학 과학 저널, 19 (8), pp. 2515–2530. doi : 10.7150/ijbs.83510.
