ನಿರ್ದಿಷ್ಟ-ಲೋಕಸ್ ಆಂಪ್ಲಿಫೈಡ್ ಫ್ರಾಗ್ಮೆಂಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (SLAF-Seq)
ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ತಾಂತ್ರಿಕ ಯೋಜನೆ
ಸೇವೆಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● PE150 ಜೊತೆಗೆ NovaSeq ನಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ.
● ಡಬಲ್ ಬಾರ್‌ಕೋಡಿಂಗ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಲೈಬ್ರರಿ ತಯಾರಿ, 1000 ಮಾದರಿಗಳ ಪೂಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
● ಈ ತಂತ್ರವನ್ನು ಪ್ರತಿ ಪ್ರಕರಣಕ್ಕೂ ವಿಭಿನ್ನ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಪೈಪ್‌ಲೈನ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ರೆಫರೆನ್ಸ್ ಜೀನೋಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲದೆಯೇ ಬಳಸಬಹುದು:
ಉಲ್ಲೇಖದ ಜಿನೋಮ್‌ನೊಂದಿಗೆ: SNP ಮತ್ತು InDel ಅನ್ವೇಷಣೆ
ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ ಇಲ್ಲದೆ: ಮಾದರಿ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್ ಮತ್ತು SNP ಅನ್ವೇಷಣೆ
● ರಲ್ಲಿಸಿಲಿಕೋದಲ್ಲಿಪೂರ್ವ-ವಿನ್ಯಾಸ ಹಂತದ ಬಹು ನಿರ್ಬಂಧದ ಕಿಣ್ವ ಸಂಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಜೀನೋಮ್ ಉದ್ದಕ್ಕೂ SLAF ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳ ಏಕರೂಪದ ವಿತರಣೆಯನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುವದನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ಪ್ರದರ್ಶಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
● ಪೂರ್ವ ಪ್ರಯೋಗದ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, 9 SLAF ಲೈಬ್ರರಿಗಳನ್ನು ರಚಿಸಲು 3 ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಮೂರು ಕಿಣ್ವ ಸಂಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಪರೀಕ್ಷಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಯೋಜನೆಗೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ನಿರ್ಬಂಧಿತ ಕಿಣ್ವ ಸಂಯೋಜನೆಯನ್ನು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಲು ಈ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
●ಹೈ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮಾರ್ಕರ್ ಡಿಸ್ಕವರಿ: ಹೈ-ಥ್ರೋಪುಟ್ ಡಬಲ್ ಬಾರ್‌ಕೋಡ್ ಸಿಸ್ಟಮ್ ಅನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುವುದು ದೊಡ್ಡ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಏಕಕಾಲಿಕ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಲೊಕಸ್-ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ವರ್ಧನೆಯು ದಕ್ಷತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುತ್ತದೆ, ಟ್ಯಾಗ್ ಸಂಖ್ಯೆಗಳು ವಿವಿಧ ಸಂಶೋಧನಾ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸುತ್ತದೆ ಎಂದು ಖಚಿತಪಡಿಸುತ್ತದೆ.
● ಜಿನೋಮ್ ಮೇಲೆ ಕಡಿಮೆ ಅವಲಂಬನೆ: ಇದನ್ನು ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ ಹೊಂದಿರುವ ಅಥವಾ ಇಲ್ಲದೆ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸಬಹುದು.
●ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವ ಸ್ಕೀಮ್ ವಿನ್ಯಾಸ: ಏಕ-ಕಿಣ್ವ, ಡ್ಯುಯಲ್-ಕಿಣ್ವ, ಬಹು-ಕಿಣ್ವ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆ, ಮತ್ತು ವಿವಿಧ ರೀತಿಯ ಕಿಣ್ವಗಳನ್ನು ವಿವಿಧ ಸಂಶೋಧನಾ ಗುರಿಗಳು ಅಥವಾ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಪೂರೈಸಲು ಆಯ್ಕೆ ಮಾಡಬಹುದು. ದಿಸಿಲಿಕೋದಲ್ಲಿಸೂಕ್ತ ಕಿಣ್ವ ವಿನ್ಯಾಸವನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು ಪೂರ್ವ ವಿನ್ಯಾಸವನ್ನು ಕೈಗೊಳ್ಳಲಾಗುತ್ತದೆ.
● ಎಂಜೈಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಜೀರ್ಣಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ದಕ್ಷತೆ: ಒಂದು ವಹನಸಿಲಿಕೋದಲ್ಲಿಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ (1 SLAF ಟ್ಯಾಗ್/4Kb) ಮತ್ತು ಕಡಿಮೆ ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮ (<5%) ನಲ್ಲಿ SLAF ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳ ಸಮ ವಿತರಣೆಯೊಂದಿಗೆ ಪೂರ್ವ-ವಿನ್ಯಾಸ ಮತ್ತು ಪೂರ್ವ-ಪ್ರಯೋಗದ ಖಚಿತವಾದ ಅತ್ಯುತ್ತಮ ವಿನ್ಯಾಸ.
●ವ್ಯಾಪಕ ಪರಿಣತಿ: ಸಸ್ಯಗಳು, ಸಸ್ತನಿಗಳು, ಪಕ್ಷಿಗಳು, ಕೀಟಗಳು ಮತ್ತು ಜಲಚರಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ನೂರಾರು ಜಾತಿಗಳ ಮೇಲೆ 5000 SLAF-Seq ಯೋಜನೆಗಳನ್ನು ಮುಚ್ಚಿದ ದಾಖಲೆಯೊಂದಿಗೆ ನಮ್ಮ ತಂಡವು ಪ್ರತಿ ಯೋಜನೆಗೆ ಅನುಭವದ ಸಂಪತ್ತನ್ನು ತರುತ್ತದೆ.
● ಸ್ವಯಂ-ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ: BMKGENE ಅಂತಿಮ ಔಟ್‌ಪುಟ್‌ನ ವಿಶ್ವಾಸಾರ್ಹತೆ ಮತ್ತು ನಿಖರತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸಿಕೊಳ್ಳಲು SLAF-Seq ಗಾಗಿ ಸಮಗ್ರ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಪ್ರಕಾರ | ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಪ್ರಮಾಣ | ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ | |
| ಟ್ಯಾಗ್ ಅನುಕ್ರಮದ ಆಳ | ಟ್ಯಾಗ್ ಸಂಖ್ಯೆ | ||
| ಜೆನೆಟಿಕ್ ನಕ್ಷೆಗಳು | 2 ಪೋಷಕರು ಮತ್ತು > 150 ಸಂತತಿ | ಪೋಷಕರು: 20x WGS ಆಫ್ಸ್ಪಿಂಗ್: 10x | ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರ: <400 Mb: WGS ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ <1Gb: 100K ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳು 1-2Gb :: 200K ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳು >2Gb: 300K ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳು ಗರಿಷ್ಠ 500k ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳು |
| ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಸ್ಟಡೀಸ್ (GWAS) | ≥200 ಮಾದರಿಗಳು | 10x | |
| ಜೆನೆಟಿಕ್ ಎವಲ್ಯೂಷನ್ | ಪ್ರತಿ ಉಪಗುಂಪಿನಿಂದ >10 ಮಾದರಿಗಳೊಂದಿಗೆ ≥30 ಮಾದರಿಗಳು | 10x | |
ಸೇವೆಯ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು
ಏಕಾಗ್ರತೆ ≥ 5 ng/µL
ಒಟ್ಟು ಮೊತ್ತ ≥ 80 ng
ನ್ಯಾನೊಡ್ರಾಪ್ OD260/280=1.6-2.5
ಅಗರೋಸ್ ಜೆಲ್: ಇಲ್ಲ ಅಥವಾ ಸೀಮಿತ ಅವನತಿ ಅಥವಾ ಮಾಲಿನ್ಯ
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಕಂಟೇನರ್: 2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್
(ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ, ಎಥೆನಾಲ್ನಲ್ಲಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸದಂತೆ ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ)
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಬೇಕು ಮತ್ತು ಸಲ್ಲಿಸಿದ ಮಾದರಿ ಮಾಹಿತಿ ಫಾರ್ಮ್‌ಗೆ ಒಂದೇ ಆಗಿರಬೇಕು.
ಸಾಗಣೆ: ಡ್ರೈ-ಐಸ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಚೀಲಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡ್ರೈ-ಐಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
ಸೇವೆಯ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಮಾದರಿ QC
ಪೈಲಟ್ ಪ್ರಯೋಗ
SLAF-ಪ್ರಯೋಗ
ಗ್ರಂಥಾಲಯದ ತಯಾರಿ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಕೆಳಗಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ:
- ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾ QC
- SLAF ಟ್ಯಾಗ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ
ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್‌ಗೆ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್
ಉಲ್ಲೇಖ ಜಿನೋಮ್ ಇಲ್ಲದೆ: ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್
- SLAF ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.: ಅಂಕಿಅಂಶಗಳು, ಜೀನೋಮ್‌ನಾದ್ಯಂತ ವಿತರಣೆ
- ಮಾರ್ಕರ್ ಅನ್ವೇಷಣೆ: SNP, InDel, SNV, CV ಕರೆ ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿ
ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಮೇಲೆ SLAF ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳ ವಿತರಣೆ:
ವರ್ಣತಂತುಗಳ ಮೇಲೆ SNP ಗಳ ವಿತರಣೆ:
SNP ಟಿಪ್ಪಣಿ
| ವರ್ಷ | ಜರ್ನಲ್ | IF | ಶೀರ್ಷಿಕೆ | ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್‌ಗಳು |
| 2022 | ಪ್ರಕೃತಿ ಸಂವಹನ | 17.694 | ಗಿಗಾ-ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಆಧಾರ ಮತ್ತು ಮರದ ಪಿಯೋನಿಯ ಗಿಗಾ-ಜೀನೋಮ್ ಪಯೋನಿಯಾ ಒಸ್ಟಿ | SLAF-GWAS |
| 2015 | ಹೊಸ ಸಸ್ಯಶಾಸ್ತ್ರಜ್ಞ | 7.433 | ದೇಶೀಯ ಹೆಜ್ಜೆಗುರುತುಗಳು ಕೃಷಿ ಪ್ರಾಮುಖ್ಯತೆಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಪ್ರದೇಶಗಳನ್ನು ಆಂಕರ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ ಸೋಯಾಬೀನ್ | SLAF-GWAS |
| 2022 | ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಅಡ್ವಾನ್ಸ್ಡ್ ರಿಸರ್ಚ್ | 12.822 | ಜಿ. ಹಿರ್ಸುಟಮ್‌ಗೆ ಗಾಸಿಪಿಯಮ್ ಬಾರ್ಬಡೆನ್ಸ್‌ನ ಜಿನೋಮ್-ವೈಡ್ ಕೃತಕ ಒಳನುಗ್ಗುವಿಕೆ ಹತ್ತಿ ನಾರಿನ ಗುಣಮಟ್ಟ ಮತ್ತು ಇಳುವರಿಯನ್ನು ಏಕಕಾಲದಲ್ಲಿ ಸುಧಾರಿಸಲು ಉನ್ನತ ಸ್ಥಾನವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳು | SLAF-ಎವಲ್ಯೂಷನರಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ |
| 2019 | ಆಣ್ವಿಕ ಸಸ್ಯ | 10.81 | ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಡಿ ನೊವೊ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯು ವೀಡಿಯ ಮೂಲವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ ವಿಕಸನೀಯ ಆಟವಾಗಿ ಅಕ್ಕಿ | SLAF-ಎವಲ್ಯೂಷನರಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ |
| 2019 | ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ | 31.616 | ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಸಾಮಾನ್ಯ ಕಾರ್ಪ್, ಸಿಪ್ರಿನಸ್ ಕಾರ್ಪಿಯೊದ ಆನುವಂಶಿಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆ | SLAF-ಲಿಕೇಜ್ ನಕ್ಷೆ |
| 2014 | ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ | 25.455 | ಬೆಳೆಸಿದ ಕಡಲೆಕಾಯಿಯ ಜೀನೋಮ್ ದ್ವಿದಳ ಧಾನ್ಯಗಳ ಕ್ಯಾರಿಯೋಟೈಪ್‌ಗಳು, ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್‌ಗಳ ಒಳನೋಟವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ವಿಕಾಸ ಮತ್ತು ಬೆಳೆ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆ. | SLAF-ಲಿಕೇಜ್ ನಕ್ಷೆ |
| 2022 | ಪ್ಲಾಂಟ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಜರ್ನಲ್ | 9.803 | ST1 ನ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯು ಬೀಜ ರೂಪವಿಜ್ಞಾನದ ಹಿಚ್ಹೈಕಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಸೋಯಾಬೀನ್ ಸಾಕಣೆ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ತೈಲ ಅಂಶ | SLAF-ಮಾರ್ಕರ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ |
| 2022 | ಇಂಟರ್ನ್ಯಾಷನಲ್ ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಸೈನ್ಸಸ್ | 6.208 | ಗೋಧಿ-ಲೇಮಸ್ ಮೊಲ್ಲಿಸ್ 2Ns (2D) ಗಾಗಿ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ ಮತ್ತು DNA ಮಾರ್ಕರ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಡಿಸೊಮಿಕ್ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಪರ್ಯಾಯ | SLAF-ಮಾರ್ಕರ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ |
| ವರ್ಷ | ಜರ್ನಲ್ | IF | ಶೀರ್ಷಿಕೆ | ಅಪ್ಲಿಕೇಶನ್‌ಗಳು |
| 2023 | ಸಸ್ಯ ವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಗಡಿಗಳು | 6.735 | ಪೈರಸ್ ಪೈರಿಫೋಲಿಯ ಹಣ್ಣು ಹಣ್ಣಾಗುವ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಸಕ್ಕರೆ ಅಂಶದ QTL ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಪ್ರತಿಲೇಖನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ | ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮ್ಯಾಪ್ |
| 2022 | ಪ್ಲಾಂಟ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಜರ್ನಲ್ | 8.154 | ST1 ನ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಯು ಸೋಯಾಬೀನ್ ಪಳಗಿಸುವಿಕೆಯ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಬೀಜದ ರೂಪವಿಜ್ಞಾನ ಮತ್ತು ಎಣ್ಣೆಯ ಅಂಶಗಳ ಹಿಚ್ಹೈಕಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ
| SNP ಕರೆ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತಿದೆ |
| 2022 | ಸಸ್ಯ ವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಗಡಿಗಳು | 6.623 | ಜಿನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಆಫ್ ಹಲ್ಲೆಸ್ ಬೇರ್ಲಿ ಫಿನೋಟೈಪ್ಸ್ ಇನ್ ಡ್ರಾಟ್ ಎನ್ವಿರಾನ್ಮೆಂಟ್.
| GWAS |
