ಸಸ್ಯ/ಪ್ರಾಣಿ ಡಿ ನೊವೊ ಜಿನೋಮ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್
ಡಿ ನೋವೊಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಎನ್ನುವುದು ಉಲ್ಲೇಖದ ಜೀನೋಮ್‌ನ ಅನುಪಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಜಾತಿಯ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್‌ನ ನಿರ್ಮಾಣವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ. ಮೂರನೇ-ಪೀಳಿಗೆಯ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್‌ನ ಪರಿಚಯ ಮತ್ತು ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಅಳವಡಿಕೆ, ದೀರ್ಘವಾದ ಓದುವಿಕೆಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದ್ದು, ರೀಡ್‌ಗಳ ನಡುವೆ ಅತಿಕ್ರಮಣವನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವ ಮೂಲಕ ಜಿನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಗಣನೀಯವಾಗಿ ವರ್ಧಿಸಿದೆ. ಸವಾಲಿನ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ವ್ಯವಹರಿಸುವಾಗ ಈ ವರ್ಧನೆಯು ವಿಶೇಷವಾಗಿ ಸಂಬಂಧಿತವಾಗಿದೆ, ಉದಾಹರಣೆಗೆ ಹೆಚ್ಚಿನ ಹೆಟೆರೋಜೈಗೋಸಿಟಿಯನ್ನು ಪ್ರದರ್ಶಿಸುವ, ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಹೆಚ್ಚಿನ ಅನುಪಾತ, ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅಂಶಗಳು, ಅಸಹಜ ಜಿಸಿ ವಿಷಯಗಳು ಅಥವಾ ಹೆಚ್ಚಿನ ಸಂಕೀರ್ಣತೆ ಹೊಂದಿರುವ ಪ್ರದೇಶಗಳು ಅಥವಾ ಕಡಿಮೆ-ಓದುವ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಕಳಪೆಯಾಗಿ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಒಬ್ಬಂಟಿಯಾಗಿ.
ನಮ್ಮ ಏಕ-ನಿಲುಗಡೆ ಪರಿಹಾರವು ಸಂಯೋಜಿತ ಅನುಕ್ರಮ ಸೇವೆಗಳು ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ ಅದು ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಡಿ ನೊವೊ ಜೋಡಿಸಲಾದ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ತಲುಪಿಸುತ್ತದೆ. ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಜೊತೆಗಿನ ಆರಂಭಿಕ ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆಯು ಜೀನೋಮ್ ಗಾತ್ರ ಮತ್ತು ಸಂಕೀರ್ಣತೆಯ ಅಂದಾಜುಗಳನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ, ಮತ್ತು ಈ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು PacBio HiFi ನೊಂದಿಗೆ ದೀರ್ಘ-ಓದುವ ಅನುಕ್ರಮದ ಮುಂದಿನ ಹಂತವನ್ನು ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ಮಾಡಲು ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.ಡಿ ನೋವೋಕಾಂಟಿಗ್ಸ್ ಜೋಡಣೆ. HiC ಜೋಡಣೆಯ ನಂತರದ ಬಳಕೆಯು ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳನ್ನು ಆಂಕರ್ ಮಾಡುವುದನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ ಜೋಡಣೆಯನ್ನು ಪಡೆಯುತ್ತದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ಜೀನ್ ಮುನ್ಸೂಚನೆಯಿಂದ ಮತ್ತು ವ್ಯಕ್ತಪಡಿಸಿದ ವಂಶವಾಹಿಗಳನ್ನು ಅನುಕ್ರಮಗೊಳಿಸುವುದರ ಮೂಲಕ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ, ಸಣ್ಣ ಮತ್ತು ದೀರ್ಘವಾದ ಓದುವಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಪ್ರತಿಲೇಖನಗಳನ್ನು ಆಶ್ರಯಿಸುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು
● ಏಕ-ನಿಲುಗಡೆ ಪರಿಹಾರದಲ್ಲಿ ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ಸೇವೆಗಳ ಏಕೀಕರಣ:
ಜಿನೋಮ್ ಗಾತ್ರವನ್ನು ಅಂದಾಜು ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ನಂತರದ ಹಂತಗಳಿಗೆ ಮಾರ್ಗದರ್ಶನ ನೀಡಲು ಇಲ್ಯುಮಿನಾದೊಂದಿಗೆ ಜಿನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ;
ದೀರ್ಘ ಓದುವ ಅನುಕ್ರಮಡಿ ನೋವೋಕಾಂಟಿಗ್ಸ್ ಜೋಡಣೆ;
ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಆಂಕರ್‌ಗಾಗಿ ಹೈ-ಸಿ ಅನುಕ್ರಮ;
ವಂಶವಾಹಿಗಳ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ mRNA ಅನುಕ್ರಮ;
ಅಸೆಂಬ್ಲಿಯ ಮಾನ್ಯತೆ.
● ಕಾದಂಬರಿ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ನಿರ್ಮಿಸಲು ಅಥವಾ ಆಸಕ್ತಿಯ ಜಾತಿಗಳಿಗೆ ಅಸ್ತಿತ್ವದಲ್ಲಿರುವ ಉಲ್ಲೇಖ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳ ಸುಧಾರಣೆಗೆ ಸೂಕ್ತವಾದ ಸೇವೆ.
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆಗಳು ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಅಭಿವೃದ್ಧಿಡಿ ನೋವೋಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ
(ಅಮರಸಿಂಗ್ ಎಸ್ ಎಲ್ ಮತ್ತು ಇತರರು,ಜೀನೋಮ್ ಬಯಾಲಜಿ, 2020)
●ವ್ಯಾಪಕ ಪರಿಣತಿ ಮತ್ತು ಪ್ರಕಟಣೆ ದಾಖಲೆ: BMKGene ಡಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಮತ್ತು ಅಲೋಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಜಾತಿಗಳ ಹೆಚ್ಚು ಸಂಕೀರ್ಣ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಜಾತಿಗಳ ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆಯಲ್ಲಿ ಬೃಹತ್ ಅನುಭವವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದೆ. 2018 ರಿಂದ, ನಾವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡಿದ್ದೇವೆ300 ಹೆಚ್ಚಿನ ಪ್ರಭಾವದ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳಲ್ಲಿ 20+ ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್‌ನಲ್ಲಿ ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ.
● ಒಂದು ನಿಲುಗಡೆ ಪರಿಹಾರ: ನಮ್ಮ ಸಂಯೋಜಿತ ವಿಧಾನವು ಬಹು ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳು ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳನ್ನು ಒಂದು ಸುಸಂಘಟಿತ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ ಆಗಿ ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ, ಉತ್ತಮ-ಗುಣಮಟ್ಟದ ಜೋಡಣೆಗೊಂಡ ಜೀನೋಮ್ ಅನ್ನು ತಲುಪಿಸುತ್ತದೆ.
●ನಿಮ್ಮ ಅಗತ್ಯಗಳಿಗೆ ತಕ್ಕಂತೆ: ನಮ್ಮ ಸೇವೆಯ ವರ್ಕ್‌ಫ್ಲೋ ಗ್ರಾಹಕೀಯಗೊಳಿಸಬಲ್ಲದು, ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂಶೋಧನೆಯ ಅಗತ್ಯತೆಗಳೊಂದಿಗೆ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳಿಗೆ ಹೊಂದಿಕೊಳ್ಳುವಿಕೆಯನ್ನು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ಇದು ದೈತ್ಯ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು, ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳು, ಹೆಚ್ಚು ಭಿನ್ನಲಿಂಗೀಯ ಜಿನೋಮ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚಿನವುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ.
●ಹೆಚ್ಚು ನುರಿತ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಯೋಗಾಲಯ ತಂಡ: ಸಂಕೀರ್ಣ ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಳ ಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ಮುಂಭಾಗ ಮತ್ತು ಪೇಟೆಂಟ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಸಾಫ್ಟ್‌ವೇರ್ ಹಕ್ಕುಸ್ವಾಮ್ಯಗಳ ಸರಣಿಯಲ್ಲಿ ಉತ್ತಮ ಅನುಭವದೊಂದಿಗೆ.
●ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಬೆಂಬಲ:ನಮ್ಮ ಬದ್ಧತೆಯು 3-ತಿಂಗಳ ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವಾ ಅವಧಿಯೊಂದಿಗೆ ಯೋಜನೆಯನ್ನು ಪೂರ್ಣಗೊಳಿಸುವುದನ್ನು ಮೀರಿ ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಸಮಯದಲ್ಲಿ, ಫಲಿತಾಂಶಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಯಾವುದೇ ಪ್ರಶ್ನೆಗಳನ್ನು ಪರಿಹರಿಸಲು ನಾವು ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್ ಫಾಲೋ-ಅಪ್, ಟ್ರಬಲ್‌ಶೂಟಿಂಗ್ ನೆರವು ಮತ್ತು ಪ್ರಶ್ನೋತ್ತರ ಅವಧಿಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತೇವೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ | ಜಿನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ | ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್-ಮಟ್ಟದ | ಜಿನೋಮ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS ಹೈಫೈ ಓದುತ್ತದೆ | 100X ಹೈ-ಸಿ | RNA-seq ಇಲ್ಯುಮಿನಾ PE150 10 Gb + (ಐಚ್ಛಿಕ) ಪೂರ್ಣ ಉದ್ದದ RNA-seq PacBio 40 Gb ಅಥವಾ ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ 12 ಜಿಬಿ |
ಸೇವೆಯ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು
ಜಿನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ, ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗಾಗಿ:
| ಅಂಗಾಂಶ ಅಥವಾ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳು | ಜಿನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ | PacBio ಜೊತೆ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ | ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ |
| ಪ್ರಾಣಿ ಒಳಾಂಗಗಳು | 0.5-1 ಗ್ರಾಂ
| ≥ 3.5 ಗ್ರಾಂ | ≥2 ಗ್ರಾಂ |
| ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಸ್ನಾಯು | ≥ 5 ಗ್ರಾಂ | ||
| ಸಸ್ತನಿ ರಕ್ತ | 1.5 ಮಿ.ಲೀ
| ≥ 5 ಮಿಲಿ | ≥2 ಮಿಲಿ |
| ಕೋಳಿ/ಮೀನಿನ ರಕ್ತ | ≥ 0.5 ಮಿ.ಲೀ | ||
| ಸಸ್ಯ - ತಾಜಾ ಎಲೆ | 1-2 ಗ್ರಾಂ | ≥ 5 ಗ್ರಾಂ | ≥ 4 ಗ್ರಾಂ |
| ಸುಸಂಸ್ಕೃತ ಕೋಶಗಳು |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| ಕೀಟ | 0.5-1 ಗ್ರಾಂ | ≥ 3 ಗ್ರಾಂ | ≥ 2 ಗ್ರಾಂ |
| ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ DNA | ಸಾಂದ್ರತೆ: ≥1 ng/ µL ಮೊತ್ತ ≥ 30 ng ಸೀಮಿತ ಅಥವಾ ಯಾವುದೇ ಅವನತಿ ಅಥವಾ ಮಾಲಿನ್ಯ | ಸಾಂದ್ರತೆ: ≥ 50 ng/ µL ಮೊತ್ತ: 10 µg/ಫ್ಲೋ ಸೆಲ್/ಮಾದರಿ OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 ಸೀಮಿತ ಅಥವಾ ಯಾವುದೇ ಅವನತಿ ಅಥವಾ ಮಾಲಿನ್ಯ |
-
|
ಪ್ರತಿಲೇಖನದೊಂದಿಗೆ ಜೀನೋಮ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಗಾಗಿ:
| ಅಂಗಾಂಶ ಅಥವಾ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಿಕ್ ಆಮ್ಲಗಳು | ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ | PacBio ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ | ನ್ಯಾನೊಪೋರ್ ಪ್ರತಿಲೇಖನ |
| ಸಸ್ಯ- ಬೇರು/ಕಾಂಡ/ದಳ | 450 ಮಿಗ್ರಾಂ | 600 ಮಿಗ್ರಾಂ | |
| ಸಸ್ಯ - ಎಲೆ/ಬೀಜ | 300 ಮಿಗ್ರಾಂ | 300 ಮಿಗ್ರಾಂ | |
| ಸಸ್ಯ - ಹಣ್ಣು | 1.2 ಗ್ರಾಂ | 1.2 ಗ್ರಾಂ | |
| ಪ್ರಾಣಿ ಹೃದಯ/ಕರುಳು | 300 ಮಿಗ್ರಾಂ | 300 ಮಿಗ್ರಾಂ | |
| ಪ್ರಾಣಿ ಒಳಾಂಗಗಳು/ಮೆದುಳು | 240 ಮಿಗ್ರಾಂ | 240 ಮಿಗ್ರಾಂ | |
| ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಸ್ನಾಯು | 450 ಮಿಗ್ರಾಂ | 450 ಮಿಗ್ರಾಂ | |
| ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಮೂಳೆಗಳು/ಕೂದಲು/ಚರ್ಮ | 1 ಗ್ರಾಂ | 1 ಗ್ರಾಂ | |
| ಆರ್ತ್ರೋಪಾಡ್ - ಕೀಟ | 6 | 6 | |
| ಆರ್ತ್ರೋಪಾಡ್ - ಕ್ರಸ್ಟೇಶಿಯ | 300 ಮಿಗ್ರಾಂ | 300 ಮಿಗ್ರಾಂ | |
| ಸಂಪೂರ್ಣ ರಕ್ತ | 1 ಟ್ಯೂಬ್ | 1 ಟ್ಯೂಬ್ | |
| ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ RNA | ಸಾಂದ್ರತೆ: ≥ 20 ng/ µL ಮೊತ್ತ ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ಸಾಂದ್ರತೆ: ≥ 100 ng/ µL ಮೊತ್ತ ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ಸಾಂದ್ರತೆ: ≥ 100 ng/ µL ಮೊತ್ತ ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಕಂಟೈನರ್: 2 ಮಿಲಿ ಸೆಂಟ್ರಿಫ್ಯೂಜ್ ಟ್ಯೂಬ್ (ಟಿನ್ ಫಾಯಿಲ್ ಅನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುವುದಿಲ್ಲ)
(ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾದರಿಗಳಿಗೆ, ಎಥೆನಾಲ್ನಲ್ಲಿ ಸಂರಕ್ಷಿಸದಂತೆ ನಾವು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡುತ್ತೇವೆ.)
ಮಾದರಿ ಲೇಬಲಿಂಗ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸ್ಪಷ್ಟವಾಗಿ ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಬೇಕು ಮತ್ತು ಸಲ್ಲಿಸಿದ ಮಾದರಿ ಮಾಹಿತಿ ಫಾರ್ಮ್‌ಗೆ ಒಂದೇ ಆಗಿರಬೇಕು.
ಸಾಗಣೆ: ಡ್ರೈ-ಐಸ್: ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಮೊದಲು ಚೀಲಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ಯಾಕ್ ಮಾಡಬೇಕಾಗುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಡ್ರೈ-ಐಸ್ನಲ್ಲಿ ಹೂಳಬೇಕು.
ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಡಿಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೈವಿಕ ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, 4 ಹಂತಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸಲಾಗಿದೆ:
1) ಜಿನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ, NGS ನೊಂದಿಗೆ k-mer ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ:
ಜಿನೋಮ್ ಗಾತ್ರದ ಅಂದಾಜು
ಹೆಟೆರೋಜೈಗೋಸಿಟಿಯ ಅಂದಾಜು
ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಪ್ರದೇಶಗಳ ಅಂದಾಜು
2) PacBio ಹೈಫೈ ಜೊತೆಗೆ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ:
ಡಿ ನೋವೊಸಭೆ
ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ: ಜಿನೋಮ್ ಸಂಪೂರ್ಣತೆಗಾಗಿ BUSCO ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು NGS ಮತ್ತು PacBio ಹೈಫೈ ರೀಡ್‌ಗಳ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಬ್ಯಾಕ್ ಸೇರಿದಂತೆ
3) ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ:
ಹೈ-ಸಿ ಲೈಬ್ರರಿ ಕ್ಯೂಸಿ: ಮಾನ್ಯವಾದ ಹೈ-ಸಿ ಸಂವಹನಗಳ ಅಂದಾಜು
ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ: ಗುಂಪುಗಳಲ್ಲಿ ಕಾಂಟಿಗ್‌ಗಳ ಕ್ಲಸ್ಟರಿಂಗ್, ನಂತರ ಪ್ರತಿ ಗುಂಪಿನೊಳಗೆ ಕಾಂಟಿಗ್ ಆರ್ಡರ್ ಮಾಡುವುದು ಮತ್ತು ಕಾಂಟಿಗ್ ಓರಿಯಂಟೇಶನ್ ಅನ್ನು ನಿಯೋಜಿಸುವುದು
ಹೈ-ಸಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
4) ಜೀನೋಮ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ:
ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಭವಿಷ್ಯ
ಪುನರಾವರ್ತಿತ ಅನುಕ್ರಮಗಳ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ (ಪರಿವರ್ತನೆಗಳು ಮತ್ತು ಟಂಡೆಮ್ ಪುನರಾವರ್ತನೆಗಳು)
ಜೀನ್ ಭವಿಷ್ಯ
§ಡಿ ನೋವೊ: ಅಬ್ ಇನಿಶಿಯೊ ಅಲ್ಗಾರಿದಮ್ಸ್
§ ಹೋಮಾಲಜಿಯನ್ನು ಆಧರಿಸಿದೆ
§ ಪ್ರತಿಲೇಖನವನ್ನು ಆಧರಿಸಿ, ದೀರ್ಘ ಮತ್ತು ಸಣ್ಣ ಓದುವಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ: ಓದುತ್ತದೆಡಿ ನೋವೋಡ್ರಾಫ್ಟ್ ಜೀನೋಮ್‌ಗೆ ಜೋಡಿಸಲಾಗಿದೆ ಅಥವಾ ಮ್ಯಾಪ್ ಮಾಡಲಾಗಿದೆ
§ ಬಹು ಡೇಟಾಬೇಸ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಊಹಿಸಲಾದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಟಿಪ್ಪಣಿ
1) ಜೀನೋಮ್ ಸಮೀಕ್ಷೆ- ಕೆ-ಮರ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
2) ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ
2) ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ - ಪ್ಯಾಕ್‌ಬಯೋ ಹೈಫೈ ಡ್ರಾಫ್ಟ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿಗೆ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಓದುತ್ತದೆ
2) ಹೈ-ಸಿ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ - ಹೈ-ಸಿ ಮಾನ್ಯ ಸಂವಹನ ಜೋಡಿಗಳ ಅಂದಾಜು
3) ಹೈ-ಸಿ ನಂತರದ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ
4) ಜಿನೋಮ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ - ಊಹಿಸಲಾದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಏಕೀಕರಣ
4) ಜೀನೋಮ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ - ಊಹಿಸಲಾದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಟಿಪ್ಪಣಿ
BMKGene ನ ಡಿ ನೊವೊ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹಣೆಯ ಮೂಲಕ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಿ:
ಲಿ, ಸಿ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2021) 'ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಜಾಗತಿಕ ಪ್ರಸರಣ ಮಾರ್ಗಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತವೆ ಮತ್ತು ಸಮುದ್ರ ಕುದುರೆ ವಿಕಸನದಲ್ಲಿ ಒಮ್ಮುಖ ಅನುವಂಶಿಕ ರೂಪಾಂತರಗಳನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತವೆ', ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ಲಿ, ವೈ ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ದೊಡ್ಡ-ಪ್ರಮಾಣದ ವರ್ಣತಂತು ಬದಲಾವಣೆಗಳು ಜೀನೋಮ್-ಲೆವೆಲ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ಮಾರ್ಪಾಡುಗಳಿಗೆ ಕಾರಣವಾಗುತ್ತವೆ, ಪರಿಸರದ ಅಡಾಪ್ಟೇಶನ್ ಮತ್ತು ಗಯಾಲ್ (ಬಾಸ್ ಫ್ರಂಟಾಲಿಸ್) ನಲ್ಲಿ ವಿಶೇಷತೆ', ಆಣ್ವಿಕ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ವಿಕಾಸ, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
ಟಿಯಾನ್, ಟಿ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಜಿನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಪ್ರಮುಖ ಬರ-ನಿರೋಧಕ ಜೋಳದ ಜರ್ಮ್ಪ್ಲಾಸಂನ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಡಿಸೆಕ್ಷನ್', ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ 2023 55:3, 55(3), ಪುಟಗಳು. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ಜಾಂಗ್, ಎಫ್. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಸೋಲನೇಸಿ ಕುಟುಂಬದಲ್ಲಿ ಎರಡು ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ವಿಶ್ಲೇಷಿಸುವ ಮೂಲಕ ಟ್ರೋಪೇನ್ ಆಲ್ಕಲಾಯ್ಡ್ ಜೈವಿಕ ಸಂಶ್ಲೇಷಣೆಯ ವಿಕಸನವನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವುದು', ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್ 2023 14:1, 14(1), ಪುಟಗಳು. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ಸವಾಲಿನ ಕೇಸ್-ಸ್ಟಡೀಸ್:
ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ:ಫೂ, ಎ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಟೆಲೋಮಿಯರ್-ಟು-ಟೆಲೋಮಿಯರ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಆಫ್ ಹಾಗಲಕಾಯಿ (ಮೊಮೊರ್ಡಿಕಾ ಚರಂಟಿಯಾ ಎಲ್. ವರ್. ಅಬ್ಬ್ರೆವಿಯಾಟಾ ಸೆರ್.) ಹಣ್ಣಿನ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ, ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಮಾಗಿದ ಆನುವಂಶಿಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ', ತೋಟಗಾರಿಕೆ ಸಂಶೋಧನೆ, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ಹ್ಯಾಪ್ಲೋಟೈಪ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ:ಹೂ, ಡಬ್ಲ್ಯೂ ಮತ್ತು ಇತರರು. (2021) 'ಆಲಿಲ್-ಡಿಫೈನ್ಡ್ ಜೀನೋಮ್ ಕ್ಯಾಸವಾ ಎವಲ್ಯೂಷನ್ ಸಮಯದಲ್ಲಿ ಬೈಯಲಿಕ್ ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯೇಷನ್ ಅನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುತ್ತದೆ', ಮಾಲಿಕ್ಯುಲರ್ ಪ್ಲಾಂಟ್, 14(6), ಪುಟಗಳು. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
ದೈತ್ಯ ಜೀನೋಮ್ ಜೋಡಣೆ:ಯುವಾನ್, ಜೆ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2022) 'ಗಿಗಾ-ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್‌ಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಆಧಾರ ಮತ್ತು ಗಿಗಾ-ಜೀನೋಮ್ ಆಫ್ ಟ್ರೀ ಪಿಯೋನಿ ಪಯೋನಿಯಾ ಒಸ್ಟಿ', ನೇಚರ್ ಕಮ್ಯುನಿಕೇಷನ್ಸ್ 2022 13:1, 13(1), ಪುಟಗಳು. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
ಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಜೀನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ:ಜಾಂಗ್, ಕ್ಯೂ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2022) 'ಜೀನೋಮಿಕ್ ಒಳನೋಟಗಳು ಇತ್ತೀಚಿನ ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ರಿಡಕ್ಷನ್ ಆಫ್ ಆಟೋಪಾಲಿಪ್ಲಾಯ್ಡ್ ಕಬ್ಬಿನ ಸ್ಯಾಕರಮ್ ಸ್ಪಾಂಟನಿಯಮ್', ನೇಚರ್ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ 2022 54:6, 54(6), ಪುಟಗಳು. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
